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- PDB-8rit: Dimeric mutant S103D of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rit
タイトルDimeric mutant S103D of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / BTB domain / polymerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily ...: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Coste, F. / Suskiewicz, M.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimeric mutant S103D of the BTB domain of ZBTB8A from Xenopus laevis
著者: Coste, F. / Suskiewicz, M.J.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
H: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7086
ポリマ－105,7086
非ポリマー00
水00
1
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2362
ポリマ－35,2362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2362
ポリマ－35,2362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A
H: Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2362
ポリマ－35,2362
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)259.993, 61.993, 71.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 5 through 8 or (resid 9...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 5 through 11 or (resid 12...
d_3ens_1(chain "D" and (resid 5 through 15 or (resid 16...
d_4ens_1(chain "E" and (resid 5 through 15 or (resid 16...
d_5ens_1(chain "G" and (resid 5 through 15 or (resid 16...
d_6ens_1(chain "H" and (resid 5 through 17 or (resid 18...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 5 - 123 / Label seq-ID: 7 - 125

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3DC
d_4ED
d_5GE
d_6HF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.977172207614, 0.141276163253, 0.158667962624), (0.145899402458, -0.0966248467457, 0.984569450752), (0.154427462031, 0.985243464677, 0.0738070070046)-119.767843172, -44.9334826204, 58.9418095873
2given(0.281003792353, -0.224008914164, 0.933197125509), (0.457342977494, -0.823609308115, -0.335417811877), (0.843726418705, 0.521044829129, -0.128988435209)-33.3187526282, 16.3193554986, 86.0428220226
3given(-0.15284286489, 0.981336535697, -0.116694740062), (-0.635492650894, -0.188028047958, -0.748862166116), (-0.756827687992, -0.0402995891701, 0.652370902019)-1.18146513993, -22.5218900963, -45.2756798345
4given(-0.661031725233, 0.424510692982, 0.618730740936), (0.72018176258, 0.127443586693, 0.681979736545), (0.210654425738, 0.896408837392, -0.389969113087)-92.0093643329, 14.2202893309, 37.7156850713
5given(0.822615982543, 0.462701500322, 0.330469766945), (-0.560491873785, 0.757654697421, 0.334377360024), (-0.0956650651248, -0.460289779461, 0.882599294266)6.21152166294, -37.7958807494, -48.4562373286

-
要素

#1: タンパク質
Zinc finger and BTB domain-containing protein 8A.1-A


分子量: 17617.969 Da / 分子数: 6 / 変異: S103D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: zbtb8a.1-a, zbtb8, zbtb8.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0IH98

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MDL MORPHEUS I 1.38 (Alcohols, Buffer 1, EDO_P8K)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98012 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98012 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→129.96 Å / Num. obs: 11929 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 105.88 Å2 / CC1/2: 0.914 / Rpim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.75→3.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 547 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.777 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.75→71.46 Å / SU ML: 0.5397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.2488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 568 4.79 %
Rwork0.2441 11288 -
obs0.2464 11856 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 145.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.75→71.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5226 0 0 0 5226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00115328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.30737260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0326879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0019934
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8551715
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.461044086499
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.487260356963
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.44886146943
ens_1d_5AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.474619982028
ens_1d_6AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.622855745065
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.75-4.130.32961380.30822750X-RAY DIFFRACTION97.53
4.13-4.720.28891480.25062798X-RAY DIFFRACTION99.23
4.72-5.950.33881430.28282822X-RAY DIFFRACTION99.9
5.95-71.460.26421390.2032918X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.567131335152.9016188677-0.4781612715855.37756347006-0.03184471850933.35185545943-0.3876527263270.3267544223750.175820443921-0.00428343573772-0.4061554657180.6510377934520.517539540512-0.330556559953-0.001258904970231.04006995923-0.003905718953080.008010150687180.657682770652-0.1477855064081.39593183093-70.5248877587-24.547963183535.4524140277
25.186302832072.29818360032-0.8471277957824.87277804310.9894814637672.71884532685-0.4027717664220.634103832509-0.299908523635-0.788326413190.32930720078-0.7638347744210.2611685185340.2670049289559.46798986947E-51.190991683810.06741834612650.1032575759760.9570374120460.09425343111661.4235837018-48.4144058271-17.887091359626.1681945658
33.68921091541-1.24451192836-1.364343014181.075297075281.757076428063.044811975490.1021811087950.6453663805810.120640165828-0.383951336453-0.136674184701-0.0603091244843-0.03649323799830.838277862280.0003046356946731.41968773699-0.228143422329-0.06182222958542.094036251280.2444856435431.25601358088-14.6430468988-7.598234447748.86877620303
44.44611860455-0.8933026356781.535238014822.319945495170.7707222827314.06731329935-0.120163789508-0.8259484899010.4491995120620.306623792980.3623044991830.0828423344901-0.1825076514111.60135608714-0.0003349558376861.2111589031-0.328713769456-0.04720136071271.720079799950.07943395814481.36326249345-18.72220010490.29625324949132.5283624582
53.63877345618-0.504917442216-0.2713378369480.630694116498-0.1316806225961.53268412419-0.6409014334351.08099079252-0.416691274229-0.2609635214540.5672784664630.2853365209110.8175936770190.316930755871-0.0002430344047211.596806663270.100718580526-0.1111851007251.862096352380.07231432951681.23624912922-33.407906168-15.6444274823-13.2268376857
62.25574903165-0.655883649474-1.980827726422.518616722980.6368684154323.960542728090.2055162860680.5773634961290.09901520885660.582036659172-0.1057352254470.1523675061060.325529226322-0.9828226762070.0001065393270251.506183921560.0616991076716-0.1041619485381.961264901640.3600336593841.43603276879-51.5296385728-4.992439931121.02609983766
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 3 through 123)AA3 - 1231 - 121
22(chain 'B' and resid 5 through 123)BB5 - 1231 - 119
33(chain 'D' and resid 4 through 123)DC4 - 1231 - 120
44(chain 'E' and resid 4 through 124)ED4 - 1241 - 121
55(chain 'G' and resid 4 through 124)GE4 - 1241 - 121
66(chain 'H' and resid 3 through 123)HF3 - 1231 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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