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- PDB-8p2p: Polymeric form of the BTB domain of human ZBTB18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p2p
タイトルPolymeric form of the BTB domain of human ZBTB18
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription regulation / BTB domain / polymerisation
機能・相同性
機能・相同性情報


heterochromatin / skeletal muscle tissue development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...heterochromatin / skeletal muscle tissue development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.15 Å
データ登録者Coste, F. / Mance, L. / Pukalo, Z. / Suskiewicz, M.J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2024
タイトル: Dynamic BTB-domain filaments promote clustering of ZBTB proteins.
著者: Mance, L. / Bigot, N. / Zhamungui Sanchez, E. / Coste, F. / Martin-Gonzalez, N. / Zentout, S. / Biliskov, M. / Pukalo, Z. / Mishra, A. / Chapuis, C. / Arteni, A.A. / Lateur, A. / Goffinont, S. ...著者: Mance, L. / Bigot, N. / Zhamungui Sanchez, E. / Coste, F. / Martin-Gonzalez, N. / Zentout, S. / Biliskov, M. / Pukalo, Z. / Mishra, A. / Chapuis, C. / Arteni, A.A. / Lateur, A. / Goffinont, S. / Gaudon, V. / Talhaoui, I. / Casuso, I. / Beaufour, M. / Garnier, N. / Artzner, F. / Cadene, M. / Huet, S. / Castaing, B. / Suskiewicz, M.J.
履歴
登録2023年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月18日Group: Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
C: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
H: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9488
ポリマ－143,9488
非ポリマー00
水00
1
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9872
ポリマ－35,9872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
D: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9872
ポリマ－35,9872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
F: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9872
ポリマ－35,9872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18
H: Zinc finger and BTB domain-containing protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9872
ポリマ－35,9872
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.908, 188.908, 139.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_5ens_1(chain "E" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_6ens_1(chain "F" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))
d_7ens_1(chain "G" and resid 3 through 119)
d_8ens_1(chain "H" and (resid 3 through 84 or resid 91 through 119))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PHEPHEAB3 - 843 - 84
d_12ASPASPAB91 - 11991 - 119
d_21PHEPHEBA3 - 843 - 84
d_22ASPASPBA91 - 11991 - 119
d_31PHEPHECC3 - 843 - 84
d_32ASPASPCC91 - 11991 - 119
d_41PHEPHEDD3 - 843 - 84
d_42ASPASPDD91 - 11991 - 119
d_51PHEPHEEE3 - 843 - 84
d_52ASPASPEE91 - 11991 - 119
d_61PHEPHEFF3 - 843 - 84
d_62ASPASPFF91 - 11991 - 119
d_71PHEPHEGG3 - 1193 - 119
d_81PHEPHEHH3 - 843 - 84
d_82ASPASPHH91 - 11991 - 119

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.010587562567, -0.994799910402, -0.101296800458), (-0.995020318729, -0.0205217188744, 0.097536784705), (-0.0991083691473, 0.0997596978674, -0.990063398903)24.548053332, 33.7854660662, -86.0172314845
2given(-0.784173409184, 0.21441465444, -0.582321578074), (-0.203533729322, 0.797624390616, 0.567775794238), (0.586213344575, 0.563756762669, -0.581835223399)-17.6148819919, 42.2290826404, -82.1873579547
3given(-0.180026439631, 0.685783188736, 0.705189264723), (-0.860153352737, 0.238042456742, -0.451078705508), (-0.477207178077, -0.687777003712, 0.547024773074)22.3271035042, 16.1133492444, 1.99253935753
4given(-0.027890529972, -0.27501171264, -0.961036251267), (-0.283780609724, -0.919676160709, 0.271411725924), (-0.958483533444, 0.280293270228, -0.0523927359694)-10.0445110226, 95.81537665, -37.737129958
5given(0.390831658158, -0.0662749357892, 0.918073116842), (0.869447852233, 0.354017424556, -0.344575239038), (-0.302177178537, 0.932887611664, 0.195983817635)62.434153391, 32.1914594148, -46.5055526019
6given(0.500747218819, -0.13455211011, 0.85507189903), (-0.795697211532, -0.460441294923, 0.39352225031), (0.340761163287, -0.877433498103, -0.337627436683)32.6825511585, 96.7891153021, -9.73729562152
7given(0.0376344059083, -0.404191067208, -0.913900012409), (0.431334452238, 0.831534680129, -0.350000951505), (0.901406812601, -0.381024483376, 0.205635846253)-33.6894023574, 28.7451893914, -0.833121410032

-
要素

#1: タンパク質
Zinc finger and BTB domain-containing protein 18 / 58 kDa repressor protein / Transcriptional repressor RP58 / Translin-associated zinc finger protein ...58 kDa repressor protein / Transcriptional repressor RP58 / Translin-associated zinc finger protein 1 / TAZ-1 / Zinc finger protein 238 / Zinc finger protein C2H2-171


分子量: 17993.477 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB18, RP58, TAZ1, ZNF238 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99592
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MgCl2, EtOH, imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.15→57.36 Å / Num. obs: 18588 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 212.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 4.15→4.22 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 886 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.472 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
autoPROCdata processing
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.15→57.36 Å / SU ML: 0.8558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 53.9325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3599 938 5.05 %
Rwork0.3451 17634 -
obs0.3458 18572 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 134.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.15→57.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4760 0 0 0 4760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00284775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62586676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0364924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.46631010
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.998274641186
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.667606503928
ens_1d_4DX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.829438224589
ens_1d_5EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.03404699738
ens_1d_6FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07439096669
ens_1d_7GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19984102497
ens_1d_8HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.15033329141
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.15-4.370.4381430.43662490X-RAY DIFFRACTION99.96
4.37-4.640.44151370.41812510X-RAY DIFFRACTION100
4.64-50.46261360.44212507X-RAY DIFFRACTION100
5-5.50.46521360.4762505X-RAY DIFFRACTION100
5.5-6.30.47241160.4592538X-RAY DIFFRACTION100
6.3-7.930.35571270.37492543X-RAY DIFFRACTION100
7.93-57.360.29251430.2562541X-RAY DIFFRACTION99.37

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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