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- PDB-8rin: Crystal structure of EccC5 DUF domain of Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rin
タイトルCrystal structure of EccC5 DUF domain of Mycobacterium tuberculosis
要素ESX-5 secretion system protein EccC5
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Type VII secretion systems / DUF / ESX5
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / : / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-5 secretion system protein EccC5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ceballos-Zuniga, F. / Perez-Dorado, I.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Comunidad de Madrid2019-T1/BMD-14774 スペイン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: New insights into the domain of unknown function (DUF) of EccC 5 , the pivotal ATPase providing the secretion driving force to the ESX-5 secretion system.
著者: Ceballos-Zuniga, F. / Menendez, M. / Perez-Dorado, I.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-5 secretion system protein EccC5
B: ESX-5 secretion system protein EccC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3622
ポリマ－65,3622
非ポリマー00
水5,170287
1
A: ESX-5 secretion system protein EccC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6811
ポリマ－32,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ESX-5 secretion system protein EccC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6811
ポリマ－32,6811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.301, 52.236, 57.441
Angle α, β, γ (deg.)88.39, 84.6, 80.17
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ESX-5 secretion system protein EccC5 / ESX conserved component C5 / Type VII secretion system protein EccC5 / T7SS protein EccC5


分子量: 32680.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DUF domain (aminoacids 1-417) N-terminal GP- Residues from PreScission protease cleavage site. Aminoacids 17-118 replaced by GSSG Aminoacids 167-198 replaced by GSG (numbered in pdb as 166a- ...詳細: DUF domain (aminoacids 1-417) N-terminal GP- Residues from PreScission protease cleavage site. Aminoacids 17-118 replaced by GSSG Aminoacids 167-198 replaced by GSG (numbered in pdb as 166a-166b-166c) Sample sequence scheme: GP-1-16-GSSG-119-166-GSG-199-417 GP+(aminoacids 1-123) - Unobserved region Aminoacids 275-283 - Unobserved region Aminoacids 311-315 - Unobserved region
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: eccC5, Rv1783 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNA5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG MME 2000, 0.3 M Trimethylamine N-oxide dihydrate, 0.1 M Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→57.18 Å / Num. obs: 32869 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2122 / CC1/2: 0.869 / Rpim(I) all: 0.242 / Rrim(I) all: 0.432

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
PHENIX1.20-4459精密化
Cootモデル構築
autoPROCdata processing
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→57.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.168
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2242 1645 -RANDOM
Rwork0.1846 ---
obs0.1866 32862 95.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.7297 Å2-3.9873 Å25.8561 Å2
2---9.8938 Å2-4.6486 Å2
3---4.1641 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→57.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 0 287 4219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084088HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.885587HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1333SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes701HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4088HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion522SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3536SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.35
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 36 -
Rwork0.2308 --
obs--69.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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