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万見
- PDB-8rhn: Structure of the 55LCC ATPase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rhn
タイトルStructure of the 55LCC ATPase complex
要素
  • ATPase family gene 2 protein homolog A
  • ATPase family gene 2 protein homolog B
  • Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
  • cDNA FLJ55172
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA replication / AAA+ ATPases / proteostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


preribosome binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / DNA replication / spermatogenesis / cell differentiation / cell division / DNA repair ...preribosome binding / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / ribosomal large subunit biogenesis / brain development / spindle / DNA replication / spermatogenesis / cell differentiation / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Ribosome biogenesis protein C1orf109-like / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ55172 / ATPase family gene 2 protein homolog A / ATPase family gene 2 protein homolog B / Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Foglizzo, M. / Degtjarik, O. / Zeqiraj, E.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/T029471/1 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust221524/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: The SPATA5-SPATA5L1 ATPase complex directs replisome proteostasis to ensure genome integrity.
著者: Vidhya Krishnamoorthy / Martina Foglizzo / Robert L Dilley / Angela Wu / Arindam Datta / Parul Dutta / Lisa J Campbell / Oksana Degtjarik / Laura J Musgrove / Antonio N Calabrese / Elton ...著者: Vidhya Krishnamoorthy / Martina Foglizzo / Robert L Dilley / Angela Wu / Arindam Datta / Parul Dutta / Lisa J Campbell / Oksana Degtjarik / Laura J Musgrove / Antonio N Calabrese / Elton Zeqiraj / Roger A Greenberg /
要旨: Ubiquitin-dependent unfolding of the CMG helicase by VCP/p97 is required to terminate DNA replication. Other replisome components are not processed in the same fashion, suggesting that additional ...Ubiquitin-dependent unfolding of the CMG helicase by VCP/p97 is required to terminate DNA replication. Other replisome components are not processed in the same fashion, suggesting that additional mechanisms underlie replication protein turnover. Here, we identify replisome factor interactions with a protein complex composed of AAA+ ATPases SPATA5-SPATA5L1 together with heterodimeric partners C1orf109-CINP (55LCC). An integrative structural biology approach revealed a molecular architecture of SPATA5-SPATA5L1 N-terminal domains interacting with C1orf109-CINP to form a funnel-like structure above a cylindrically shaped ATPase motor. Deficiency in the 55LCC complex elicited ubiquitin-independent proteotoxicity, replication stress, and severe chromosome instability. 55LCC showed ATPase activity that was specifically enhanced by replication fork DNA and was coupled to cysteine protease-dependent cleavage of replisome substrates in response to replication fork damage. These findings define 55LCC-mediated proteostasis as critical for replication fork progression and genome stability and provide a rationale for pathogenic variants seen in associated human neurodevelopmental disorders.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: ATPase family gene 2 protein homolog A
L: ATPase family gene 2 protein homolog A
M: ATPase family gene 2 protein homolog A
N: ATPase family gene 2 protein homolog A
O: ATPase family gene 2 protein homolog B
P: ATPase family gene 2 protein homolog B
A: cDNA FLJ55172
B: cDNA FLJ55172
C: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
D: Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
E: ATPase family gene 2 protein homolog A
F: ATPase family gene 2 protein homolog A
G: ATPase family gene 2 protein homolog A
H: ATPase family gene 2 protein homolog A
I: ATPase family gene 2 protein homolog B
J: ATPase family gene 2 protein homolog B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,257,71716
ポリマ－1,257,71716
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
ATPase family gene 2 protein homolog A / AFG2 AAA ATPase homolog A / Ribosome biogenesis protein SPATA5 / Spermatogenesis-associated factor ...AFG2 AAA ATPase homolog A / Ribosome biogenesis protein SPATA5 / Spermatogenesis-associated factor protein / Spermatogenesis-associated protein 5


分子量: 101307.883 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFG2A, SPAF, SPATA5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB90, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#2: タンパク質
ATPase family gene 2 protein homolog B / AFG2 AAA ATPase homolog B / Ribosome biogenesis protein SPATA5L1 / Spermatogenesis-associated ...AFG2 AAA ATPase homolog B / Ribosome biogenesis protein SPATA5L1 / Spermatogenesis-associated protein 5-like protein 1


分子量: 83362.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AFG2B, SPATA5L1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BVQ7, non-chaperonin molecular chaperone ATPase
#3: タンパク質 cDNA FLJ55172


分子量: 29439.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: B4DRQ5
#4: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein / CDK2-interacting protein


分子量: 27462.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CINP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BW66

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the 55LCC ATPase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.649 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM Tris pH 7.5, 400 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM EGTA, 2 mM ADP, 2 mM MgCl2 and 1 mM TCEP
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
2400 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMegtazic acidEGTA1
42 mMadenosine diphosphateADP1
52 mMmagnesium chlorideMgCl21
61 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 3.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R3.5/1 200-mesh grids (Quantifoil Micro Tools GmbH) were glow-discharged for 30 s at 12 mA and 0.38 mBar pressure using a PELCO easiGlow system (Ted Pella).
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot force = 0 N blot time = 8 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.99 sec. / 電子線照射量: 37.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 27595
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2EPU3.3画像取得
4RELION4CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.0.1最終オイラー角割当
11RELION4分類
12cryoSPARC4.0.1３次元再構成
13PHENIX1.17.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4182380
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 165778 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 127.55 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00639017
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7752843
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.7145355
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0456169
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056842

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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