PDB-8rhe: Lytic Transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa bound to th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rhe

タイトル

Lytic Transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa bound to the Natural Product Bulgecin A

要素

LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

キーワード

LYASE / Lytic transglycosylase / Bacterial cell-wall / bulgecin A

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of lytic transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa, a target for the natural product bulgecin A.
著者: Miguel-Ruano, V. / Feltzer, R. / Batuecas, M.T. / Ramachandran, B. / El-Araby, A.M. / Avila-Cobian, L.F. / De Benedetti, S. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rhe.cif.gz	317.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rhe.ent.gz	196.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rhe_validation.pdf.gz	984.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rhe_full_validation.pdf.gz	992 KB	表示
XML形式データ	8rhe_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	8rhe_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rhfC 8rhiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

B: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Sedimentation-velocity analytical ultracentrifugation
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.224, 113.408, 116.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 62 - 338 / Label seq-ID: 7 - 283

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein / Membrane-bound lytic murein transglycosylase D / Murein transglycosylase 分子量: 38579.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Histidine Tag and TEV site in the N-T region. MltD construction from 76 to 393 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: mltD, CAZ10_25765, CGU42_31890, GNQ48_00460, GUL26_19730, IPC1295_05870, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06006 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0C7CWY9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物	ChemComp-BLG / 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE / BULGECIN A / 2α-[[2-(スルホナト)エチル]カルバモイル]-4α-[[2-(アセチルアミノ)-4-O-(スルホナト)-2-デオ(以下略) 分子量: 552.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀N₃O₁₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 550 MME, and 10 mM zinc sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→42.18 Å / Num. obs: 49604 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.95→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.264 / Num. unique obs: 2480 / CC_1/2: 0.4712

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→42.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 8.355 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	2194	4.912 %
R_work	0.1905	42476	-
all	0.192	-	-
obs	-	44670	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.202 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.116 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4457	0	75	239	4771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	4720
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4358
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.051	1.652	6438
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.359	1.567	9999
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.687	5	568
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.381	5	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.866	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.123	10	758
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.292	10	245
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	3997
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.118	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.013	3.437	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.012	3.437	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.274	6.161	2828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.273	6.161	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.456	3.77	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.453	3.77	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.133	6.763	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.133	6.763	3611
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.817	37.249	5559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.785	36.494	5506
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.128	0.05	8891

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12842	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12842	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.309	170	0.319	3017	0.318	3238	0.924	0.925	98.4249	0.306
2.001-2.055	0.282	144	0.274	3079	0.275	3223	0.941	0.949	100	0.252
2.055-2.115	0.283	151	0.249	2881	0.25	3032	0.941	0.957	100	0.226
2.115-2.18	0.249	127	0.238	2898	0.239	3025	0.956	0.962	100	0.211
2.18-2.251	0.241	141	0.22	2768	0.221	2909	0.967	0.968	100	0.192
2.251-2.33	0.247	139	0.195	2658	0.198	2800	0.961	0.976	99.8929	0.171
2.33-2.417	0.2	151	0.195	2592	0.196	2743	0.971	0.977	100	0.17
2.417-2.516	0.205	109	0.184	2523	0.184	2632	0.969	0.98	100	0.16
2.516-2.627	0.218	136	0.191	2377	0.193	2514	0.969	0.979	99.9602	0.167
2.627-2.755	0.212	118	0.183	2279	0.184	2397	0.969	0.98	100	0.163
2.755-2.903	0.221	113	0.184	2217	0.186	2330	0.965	0.98	100	0.169
2.903-3.078	0.246	109	0.189	2071	0.191	2181	0.964	0.978	99.9542	0.176
3.078-3.29	0.237	96	0.186	1965	0.188	2062	0.964	0.979	99.9515	0.177
3.29-3.551	0.214	86	0.182	1835	0.184	1925	0.969	0.981	99.7922	0.179
3.551-3.888	0.194	86	0.164	1695	0.166	1784	0.978	0.983	99.8318	0.166
3.888-4.342	0.179	86	0.153	1544	0.154	1630	0.979	0.986	100	0.161
4.342-5.005	0.175	78	0.162	1375	0.163	1459	0.983	0.985	99.5888	0.173
5.005-6.108	0.206	79	0.2	1159	0.2	1240	0.976	0.982	99.8387	0.21
6.108-8.549	0.24	43	0.204	948	0.206	994	0.974	0.978	99.6982	0.221
8.549-42.18	0.163	31	0.194	581	0.192	616	0.986	0.976	99.3506	0.216

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4317	0.0045	-0.0123	0.3113	0.1441	0.5189	0.0334	-0.0128	-0.0263	0.0221	-0.0275	0.0171	-0.0675	0.0456	-0.0059	0.0431	-0.0127	-0.0053	0.0396	0.0257	0.0583	16.391	18.6329	11.5597
2	0.5461	0.0152	-0.9281	0.8784	-0.4624	2.0047	-0.2557	0.0051	-0.0644	-0.1035	0.0154	-0.0494	0.5173	-0.0152	0.2402	0.1633	0.0294	0.0852	0.0621	0.0615	0.1257	11.4698	-4.1083	28.5035

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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