PDB-8rhi: Lytic Transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa in a ternar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rhi

タイトル

Lytic Transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa in a ternary complex bound to Bulgecin A and chito-tetraose

要素

LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

キーワード

LYASE / Lytic transglycosylase / Bacterial cell-wall / bulgecin A

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of lytic transglycosylase MltD of Pseudomonas aeruginosa, a target for the natural product bulgecin A.
著者: Miguel-Ruano, V. / Feltzer, R. / Batuecas, M.T. / Ramachandran, B. / El-Araby, A.M. / Avila-Cobian, L.F. / De Benedetti, S. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2023年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rhi.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rhi.ent.gz	196.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/8rhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rheC 8rhfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (4)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

B: LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein

ヘテロ分子

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, Velocity sedimentation analytical ultracentrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.248, 117.036, 120.146
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細 (eV)
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 63 - 337 / Label seq-ID: 8 - 282

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein / Membrane-bound lytic murein transglycosylase D / Murein transglycosylase 分子量: 38579.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Histidine tag and TEV cleavage site in the N-t region. MltD construction form residues 76 to 393. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: mltD, CAZ10_25765, CGU42_31890, GNQ48_00460, GUL26_19730, IPC1295_05870, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06006 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: A0A0C7CWY9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する

#1: タンパク質

LysM peptidoglycan-binding domain-containing protein / Membrane-bound lytic murein transglycosylase D / Murein transglycosylase

分子量: 38579.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Histidine tag and TEV cleavage site in the N-t region. MltD construction form residues 76 to 393.
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: mltD, CAZ10_25765, CGU42_31890, GNQ48_00460, GUL26_19730, IPC1295_05870, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_06006
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: A0A0C7CWY9, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 197分子

#4: 化合物	ChemComp-BLG / 4-O-(4-O-SULFONYL-N-ACETYLGLUCOSAMININYL)-5-METHYLHYDROXY-L-PROLINE-TAURINE / BULGECIN A 分子量: 552.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀N₃O₁₄S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 25% w/v PEG 550 MME, and 10 mM zinc sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→83.84 Å / Num. obs: 47136 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 13.13 % / CC_1/2: 0.9992 / Net I/σ(I): 16.72
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.696 / Num. unique obs: 2355 / CC_1/2: 0.6743 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→83.835 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 7.824 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2155	2232	4.937 %
R_work	0.1902	42976	-
all	0.191	-	-
obs	-	45208	99.634 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.081 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.478 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.603 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→83.835 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4423	0	165	186	4774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.026	1.682	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.364	1.593	9953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.778	5	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.231	5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.188	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.229	10	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.908	10	240
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.248	3.942	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.248	3.942	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.717	7.075	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.716	7.075	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.788	4.317	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.785	4.316	2508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.604	7.775	3681
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.603	7.775	3682
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.986	39.442	5424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.975	39.258	5385
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.119	0.05	8733

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11888	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11888	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.98-2.031	0.302	136	0.266	2984	0.267	3282	0.932	0.95	95.064	0.252
2.031-2.087	0.274	137	0.245	3096	0.247	3233	0.952	0.961	100	0.224
2.087-2.147	0.279	164	0.232	2984	0.235	3148	0.95	0.965	100	0.209
2.147-2.214	0.229	146	0.226	2874	0.226	3020	0.968	0.968	100	0.199
2.214-2.286	0.23	153	0.21	2824	0.211	2977	0.97	0.972	100	0.18
2.286-2.366	0.222	142	0.197	2720	0.198	2862	0.972	0.977	100	0.162
2.366-2.456	0.222	137	0.181	2604	0.183	2741	0.968	0.98	100	0.15
2.456-2.556	0.241	132	0.191	2552	0.193	2684	0.966	0.978	100	0.159
2.556-2.669	0.213	154	0.185	2430	0.187	2584	0.975	0.981	100	0.156
2.669-2.799	0.241	122	0.177	2327	0.18	2449	0.97	0.982	100	0.155
2.799-2.951	0.183	117	0.189	2188	0.189	2305	0.979	0.979	100	0.165
2.951-3.129	0.252	98	0.202	2137	0.204	2235	0.964	0.975	100	0.184
3.129-3.345	0.222	109	0.204	1988	0.205	2097	0.963	0.973	100	0.192
3.345-3.613	0.206	107	0.184	1842	0.185	1950	0.98	0.98	99.9487	0.179
3.613-3.957	0.231	107	0.18	1687	0.183	1794	0.969	0.981	100	0.183
3.957-4.422	0.182	75	0.162	1596	0.163	1671	0.982	0.984	100	0.174
4.422-5.104	0.185	72	0.169	1396	0.17	1468	0.983	0.984	100	0.189
5.104-6.246	0.195	37	0.19	1218	0.19	1255	0.978	0.98	100	0.21
6.246-8.808	0.208	50	0.172	951	0.173	1003	0.98	0.983	99.8006	0.199
8.808-83.835	0.198	36	0.216	567	0.215	604	0.979	0.963	99.8344	0.277

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4406	0.113	-0.1252	0.1861	0.1953	0.5043	-0.0093	0.0205	-0.0275	0.0076	0.0158	-0.0203	0.0184	0.0009	-0.0065	0.0042	0.0176	0.0118	0.1025	0.03	0.1209	15.3046	-19.4359	-11.1922
2	0.2238	-0.2816	0.5463	1.0513	-0.2147	1.6579	-0.124	-0.0328	0.0384	-0.0035	0.0434	-0.0803	-0.3898	-0.0593	0.0806	0.1098	0.0066	-0.0273	0.0737	0.0657	0.0845	9.8783	4.4411	-26.9914

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 197分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-糖 , 2種, 2分子

-非ポリマー , 3種, 197分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
糖 , 2種, 2分子

-
非ポリマー , 3種, 197分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)