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万見
- PDB-8rh5: Oxiplasma meridianum archaellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rh5
タイトルOxiplasma meridianum archaellum
要素Oxiplasma meridianum archaellum
キーワードPROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation
機能・相同性beta-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Oxyplasma meridianum (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / McLaren, M.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM of Oxiplasma meridianum archaellum
著者: Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / Hanus, C.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Oxiplasma meridianum archaellum
V: Oxiplasma meridianum archaellum
A: Oxiplasma meridianum archaellum
B: Oxiplasma meridianum archaellum
C: Oxiplasma meridianum archaellum
D: Oxiplasma meridianum archaellum
E: Oxiplasma meridianum archaellum
F: Oxiplasma meridianum archaellum
G: Oxiplasma meridianum archaellum
H: Oxiplasma meridianum archaellum
I: Oxiplasma meridianum archaellum
J: Oxiplasma meridianum archaellum
K: Oxiplasma meridianum archaellum
L: Oxiplasma meridianum archaellum
M: Oxiplasma meridianum archaellum
N: Oxiplasma meridianum archaellum
O: Oxiplasma meridianum archaellum
P: Oxiplasma meridianum archaellum
Q: Oxiplasma meridianum archaellum
R: Oxiplasma meridianum archaellum
S: Oxiplasma meridianum archaellum
T: Oxiplasma meridianum archaellum
U: Oxiplasma meridianum archaellum
W: Oxiplasma meridianum archaellum
X: Oxiplasma meridianum archaellum
Y: Oxiplasma meridianum archaellum
a: Oxiplasma meridianum archaellum
b: Oxiplasma meridianum archaellum
c: Oxiplasma meridianum archaellum
d: Oxiplasma meridianum archaellum
e: Oxiplasma meridianum archaellum
f: Oxiplasma meridianum archaellum
g: Oxiplasma meridianum archaellum
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)969,892289
ポリマ－788,29333
非ポリマー181,599256
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Oxiplasma meridianum archaellum


分子量: 23887.668 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oxyplasma meridianum (古細菌)
#2: 多糖...
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-galacto-heptopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[L-glycero-alpha-D-galacto-heptopyranose-(1-2)]6-deoxy-6-sulfo-beta-D-galacto-heptopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1084.950 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp6SH]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖...
L-glycero-alpha-D-galacto-heptopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]6-deoxy-6-sulfo-beta-D- ...L-glycero-alpha-D-galacto-heptopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]6-deoxy-6-sulfo-beta-D-galacto-heptopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 922.809 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp6SH]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖...
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-galacto-heptopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-galacto-heptopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 730.642 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp6SH]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖...
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Oxiplasma meridianum archaellum / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Oxyplasma meridianum (古細菌)
緩衝液pH: 1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Oxiplasma meridianum archaellum
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 51.45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 107.922 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.641 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1374113 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 2.54→2.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / SU B: 5.93 / SU ML: 0.121 / ESU R: 0.156
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.46595 --
obs0.46595 4090443 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 100.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20.01 Å20.02 Å2
2---1.25 Å20.02 Å2
3---2.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 67118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.01368869
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.161.90696183
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.30757557
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.82825.7142079
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.611158844
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg9.3931599
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0590.213439
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0020.0242563
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.0639.12530327
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it1.9813.68437851
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.53810.90638542
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined5.20986770
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork2.432 302888 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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