PDB-8rg5: Crystal structure of PbFucA from Planctomycetes bacterium K23_9 i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rg5

タイトル

Crystal structure of PbFucA from Planctomycetes bacterium K23_9 in P 4 21 2

要素

Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / Fucoidan / endo-fucoidanase / endo-fucanase / GH168 / glycosyl hydrolase

機能・相同性

Hypothetical glycosyl hydrolase family 15 / Hypothetical glycosyl hydrolase family 15 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Planctomycetes bacterium K23_9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Perez-Cruz, C. / Moraleda-Montoya, A. / Liebana, R. / Lorizate, M. / Arrizabalaga, U. / Garcia-Alija, M. / Terrones, O. / Contreras, F.X. / Guerin, M.E. / Trastoy, B. / Alonso-Saez, L.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Mechanisms of recalcitrant fucoidan breakdown in marine Planctomycetota.
著者: Perez-Cruz, C. / Moraleda-Montoya, A. / Liebana, R. / Terrones, O. / Arrizabalaga, U. / Garcia-Alija, M. / Lorizate, M. / Martinez Gascuena, A. / Garcia-Alvarez, I. / Nieto-Garai, J.A. / ...

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rg5.cif.gz	407.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rg5.ent.gz	339.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rg5_validation.pdf.gz	457.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rg5_full_validation.pdf.gz	463 KB	表示
XML形式データ	8rg5_validation.xml.gz	31.4 KB	表示
CIF形式データ	8rg5_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rg3C 8rg4C 9f9vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

B: Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein

ヘテロ分子

82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.295, 139.295, 104.686
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Glycoside-hydrolase family GH114 TIM-barrel domain-containing protein 分子量: 41066.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Planctomycetes bacterium K23_9 (バクテリア) 遺伝子: K239x_02140 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A517NMB4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Microseeding of PbFucA-1 Molecular Dimensions (0.12 M alcohols, 0.1 M buffer system 3 pH 8.5, 30% v/v precipitant mix 2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→29.85 Å / Num. obs: 54279 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 27 % / B_iso Wilson estimate: 30.94 Å² / CC_1/2: 0.9 / R_merge(I) obs: 0.15 / R_rim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 20.91
反射シェル	解像度: 2.18→2.26 Å / Num. unique obs: 5322 / CC_1/2: 0.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→29.85 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2446	2648	4.88 %
R_work	0.2032	-	-
obs	0.2052	54279	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→29.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5572	0	52	141	5765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.767	783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	801
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.22	0.2621	118	0.2063	2566	X-RAY DIFFRACTION	96
2.22-2.26	0.212	152	0.201	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.2331	125	0.1984	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.35	0.2554	146	0.2078	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.41	0.2627	143	0.2026	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.47	0.253	131	0.1969	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.54	0.261	150	0.2007	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.2911	130	0.203	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.7	0.2532	145	0.1971	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.79	0.2787	143	0.2002	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.79-2.9	0.2576	120	0.1977	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.03	0.2312	156	0.1985	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.19	0.2403	132	0.1954	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.39	0.2258	131	0.1947	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.66	0.2521	129	0.2003	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.66-4.02	0.2201	148	0.1898	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.6	0.2421	131	0.1958	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-5.79	0.2519	155	0.2122	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
5.79-29.85	0.2405	163	0.2391	2928	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6108	-0.1177	1.7004	3.2881	1.3477	2.972	-0.0559	0.1882	0.0698	-0.1046	0.0704	-0.142	-0.1947	0.1782	-0.046	0.2031	0.0107	0.0258	0.1555	0.0021	0.1773	53.4911	6.1374	7.7691
2	1.4514	-0.2582	0.7077	1.4322	1.8179	5.6784	-0.1892	-0.1314	-0.0121	0.1721	0.1413	-0.1933	-0.1881	0.0878	0.0458	0.2727	0.0337	-0.0694	0.1883	0.0225	0.3088	60.2033	12.7488	26.8527
3	1.5108	-0.1657	0.4405	0.9898	0.8156	1.8531	-0.2814	-0.108	0.2639	0.0446	0.1596	-0.1039	-0.5247	-0.0753	0.1062	0.3975	0.0754	-0.109	0.1968	-0.004	0.2827	52.7211	22.6666	25.654
4	3.6673	1.2248	-0.0856	2.0576	0.2485	2.3767	-0.1537	-0.0305	0.2807	0.0714	0.0209	0.0874	-0.4497	-0.2235	0.1952	0.3317	0.1101	-0.0586	0.282	-0.0229	0.2679	41.5739	17.632	19.5102
5	2.5299	-0.5234	0.4882	3.4481	0.9284	1.6387	-0.1187	-0.1003	-0.0516	0.3105	0.0274	0.1432	-0.1576	-0.4087	0.089	0.255	0.0628	-0.008	0.3268	-0.0268	0.1856	38.0675	6.8365	13.9761
6	3.7225	-1.7062	1.441	7.6314	-1.8731	4.1402	0.0179	0.1565	-0.224	-0.1428	-0.0006	-0.0187	-0.0153	0.0316	0.0339	0.1066	-0.0316	0.0325	0.1707	-0.0414	0.1705	42.9352	3.3841	7.5059
7	6.1749	-1.6307	-5.7721	2.2105	1.3347	6.8361	0.0043	0.3853	-0.0063	-0.1314	-0.2146	0.3471	-0.1913	-1.0164	0.1696	0.2479	0.089	-0.0721	0.4205	-0.0592	0.2903	27.1712	9.2002	4.959
8	4.4419	2.0038	1.0514	3.0335	0.1486	1.5964	0.1476	-0.1856	-0.269	-0.0902	0.0639	-0.0397	0.4539	-0.153	-0.1974	0.3106	-0.0696	-0.0366	0.2193	0.0216	0.2043	48.5124	-34.4424	4.0973
9	2.4721	0.5329	1.501	0.4243	-0.063	1.7835	-0.0361	0.1711	-0.0854	-0.4523	0.3667	0.346	0.4595	-0.3099	-0.1942	0.4926	-0.2124	-0.1184	0.3837	0.0689	0.3397	37.8851	-39.342	-2.531
10	0.0325	-0.0479	0.1198	0.0825	-0.1953	0.4855	-0.2396	0.2302	0.321	-0.4544	0.2272	0.4058	0.0413	-0.1248	-0.1987	0.6075	-0.4053	-0.3367	0.5307	0.2142	0.56	32.8992	-25.2032	-12.1094
11	0.8513	-0.8854	0.8286	0.9483	-0.7119	1.8809	-0.373	0.2318	0.4059	-0.5072	0.4337	0.3626	0.1909	-0.353	-0.1336	0.4364	-0.236	-0.1958	0.3775	0.122	0.4196	38.7057	-19.0619	-10.4
12	0.7284	-0.0443	0.207	0.5176	-0.4916	1.7467	-0.2312	-0.0757	0.5482	-0.3305	0.2179	0.5444	-0.181	-0.2476	0.0358	0.3692	-0.1623	-0.2831	0.5121	0.1516	0.8221	32.4055	-12.3332	-8.55
13	3.8242	0.7742	0.512	2.0545	-0.4836	1.8557	-0.0739	0.0687	0.3272	-0.1701	0.1302	0.2687	0.094	-0.1904	-0.0018	0.2443	-0.0376	-0.0361	0.2168	0.0013	0.2644	50.4298	-15.1278	-3.7568
14	3.29	-0.2148	0.4026	2.8748	0.5889	2.3651	-0.0778	0.3051	-0.2808	-0.3338	0.0372	0.0541	0.3937	0.108	0.0138	0.3121	-0.0316	0.0112	0.187	-0.0362	0.2143	59.2974	-27.8245	-4.1672
15	3.6171	2.4243	1.953	7.1193	2.6465	4.8062	0.0051	0.0869	-0.3363	-0.2392	0.1037	-0.0886	0.4872	-0.136	-0.0677	0.1687	0.007	0.0452	0.1931	-0.0106	0.2212	58.5659	-30.8169	2.5484
16	4.2685	3.7624	-6.2173	5.2779	-5.744	9.2332	-0.0074	-0.27	-0.1038	0.1721	-0.2052	-0.2756	-0.0317	0.6786	0.201	0.1742	0.0041	-0.0505	0.2327	-0.0705	0.2317	69.2972	-17.8848	5.1789

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 158 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 159 through 239 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 240 through 263 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 264 through 335 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 336 through 362 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 363 through 392 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 39 through 78 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 79 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 174 through 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 200 through 221 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 222 through 279 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 280 through 335 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 336 through 362 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 363 through 392 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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