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- PDB-8rfh: CryoEM structure of the plant helper NLR NRC2 in its resting state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rfh
タイトルCryoEM structure of the plant helper NLR NRC2 in its resting state
要素NRC2a
キーワードIMMUNE SYSTEM / NLR protein / Helper NLRl / plant immunity / R-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region ...Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein Winged helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NRC2a
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Selvaraj, M. / Kamoun, S. / Contreras, M.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)V002937/1 英国
引用
ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2024
タイトル: Activation of plant immunity through conversion of a helper NLR homodimer into a resistosome.
著者: Muniyandi Selvaraj / AmirAli Toghani / Hsuan Pai / Yu Sugihara / Jiorgos Kourelis / Enoch Lok Him Yuen / Tarhan Ibrahim / He Zhao / Rongrong Xie / Abbas Maqbool / Juan Carlos De la Concepcion ...著者: Muniyandi Selvaraj / AmirAli Toghani / Hsuan Pai / Yu Sugihara / Jiorgos Kourelis / Enoch Lok Him Yuen / Tarhan Ibrahim / He Zhao / Rongrong Xie / Abbas Maqbool / Juan Carlos De la Concepcion / Mark J Banfield / Lida Derevnina / Benjamin Petre / David M Lawson / Tolga O Bozkurt / Chih-Hang Wu / Sophien Kamoun / Mauricio P Contreras /
要旨: Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat (NLR) proteins can engage in complex interactions to detect pathogens and execute a robust immune response via downstream helper NLRs. However, the ...Nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat (NLR) proteins can engage in complex interactions to detect pathogens and execute a robust immune response via downstream helper NLRs. However, the biochemical mechanisms of helper NLR activation by upstream sensor NLRs remain poorly understood. Here, we show that the coiled-coil helper NLR NRC2 from Nicotiana benthamiana accumulates in vivo as a homodimer that converts into a higher-order oligomer upon activation by its upstream virus disease resistance protein Rx. The cryo-EM structure of NbNRC2 in its resting state revealed intermolecular interactions that mediate homodimer formation and contribute to immune receptor autoinhibition. These dimerization interfaces have diverged between paralogous NRC proteins to insulate critical network nodes and enable redundant immune pathways, possibly to minimise undesired cross-activation and evade pathogen suppression of immunity. Our results expand the molecular mechanisms of NLR activation pointing to transition from homodimers to higher-order oligomeric resistosomes.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Activation of plant immunity through conversion of a helper NLR homodimer into a resistosome
著者: Selvaraj, M. / Kamoun, S. / Contreras, M.P.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NRC2a
B: NRC2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,8994
ポリマ－215,0452
非ポリマー8542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 NRC2a


分子量: 107522.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 組織: leaves / プラスミド: NbNRC2a-HF
詳細 (発現宿主): This plasmid is compatible with agrobacterium tumifacians carrying NRC2 gene with 3xflag tag
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: A0A0S3ANR1
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NRC2 heler NLR dimer with ADP / タイプ: COMPLEX
詳細: This is helper NLR protein NRC2 in inactive state with ADP nucleotide bound state
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMTris HCl1
2150 mMNaCl1
31 mMMagnesium chloride1
41 mMEDTA1
55 PercentageGlycerol1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: the particles are NRC2 purified from plant after over expression. This was suspended in buffer and cryogrids were made on graphene oxide backing
試料支持詳細: The grids were negatively glow discharged / グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: The C-flat grids were coated with grphene oxide, in house and the sample was applied two times inside the vitrobot chamber

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択詳細: Tbhe autopick program picked so many particles including non-protein stuffs
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 229347 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築Chain residue range: 1-880 / 詳細: This is the full length sequence of NRC / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00212054
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75816280
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.721578
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441812
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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