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万見
- PDB-8rf0: WT-CGS sample in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rf0
タイトルWT-CGS sample in nanodisc
要素Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
キーワードANTIBIOTIC / cgs / cyclic glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain ...NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sedzicki, J. / Ni, D. / Lehmann, F. / Stahlberg, H. / Dehio, C.
資金援助 スイス, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_201273 スイス
Swiss National Science FoundationNCCR AntiResist grant 180541 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationSino-Swiss Science and Technology Cooperation SSSTC grant スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of the cyclic β-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Henning Stahlberg / Christoph Dehio /
要旨: The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major ...The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major pathogens of humans (Brucella) and plants (Agrobacterium). CβG is produced by the cyclic glucan synthase (Cgs), a multi-domain membrane protein. So far, its structure as well as the mechanism underlining the synthesis have not been clarified. Here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) and functional approaches to study Cgs from A. tumefaciens. We determine the structure of this complex protein machinery and clarify key aspects of CβG synthesis, revealing a distinct mechanism that uses a tyrosine-linked oligosaccharide intermediate in cycles of polymerization and processing of the glucan chain. Our research opens possibilities for combating pathogens that rely on polysaccharide virulence factors and may lead to synthetic biology approaches for producing complex cyclic sugars.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,9694
ポリマ－315,4481
非ポリマー3,5213
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB


分子量: 315448.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
遺伝子: ndvB, AGTUEHA105_LOCUS2378
発現宿主: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
参照: UniProt: A0A6V6ZZ23
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1477.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,9,8/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1/a2-b1_b2-c1_c2-d1_d2-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1477.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-3DGlcpb1-2DGlcpb1-2DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,9,8/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-1/a3-b1_b2-c1_c2-d1_d3-e1_e2-f1_f2-g1_g2-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H24N2O17P2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00322308
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66530319
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3213078
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433366
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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