PDB-8rey: Cuniculiplasma divulgatum filament

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rey

タイトル

Cuniculiplasma divulgatum filament

要素

Flagellin-like protein

キーワード

PROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / N-glycosylation

機能・相同性

Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Flagellin/pilin, N-terminal / membrane / Flagellin-like protein

機能・相同性情報

生物種

Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / McLaren, M.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM reveals the structure of an archaeal pilus involved in twitching motility
著者: Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B. / Hanus, C.

履歴

登録	2023年12月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rey.cif.gz	954.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rey.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rey_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rey_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8rey_validation.xml.gz	105.5 KB	表示
CIF形式データ	8rey_validation.cif.gz	180.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8rey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8rey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	19112MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

M: Flagellin-like protein

C: Flagellin-like protein

A: Flagellin-like protein

B: Flagellin-like protein

D: Flagellin-like protein

E: Flagellin-like protein

F: Flagellin-like protein

G: Flagellin-like protein

H: Flagellin-like protein

I: Flagellin-like protein

J: Flagellin-like protein

K: Flagellin-like protein

L: Flagellin-like protein

N: Flagellin-like protein

O: Flagellin-like protein

P: Flagellin-like protein

Q: Flagellin-like protein

R: Flagellin-like protein

S: Flagellin-like protein

T: Flagellin-like protein

U: Flagellin-like protein

V: Flagellin-like protein

W: Flagellin-like protein

X: Flagellin-like protein

Y: Flagellin-like protein

Z: Flagellin-like protein

a: Flagellin-like protein

b: Flagellin-like protein

c: Flagellin-like protein

d: Flagellin-like protein

e: Flagellin-like protein

f: Flagellin-like protein

g: Flagellin-like protein

h: Flagellin-like protein

i: Flagellin-like protein

j: Flagellin-like protein

ヘテロ分子

576 kDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質

...
Flagellin-like protein

分子量: 13504.127 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Cuniculiplasma divulgatum (古細菌) / 参照: UniProt: A0A1N5V6R6

#2: 多糖

...
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[D-glycero- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1247.091 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
緩衝液	pH: 1
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 51.4 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
9	REFMAC	5.8.0267	モデル精密化
10	UCSF ChimeraX		モデル精密化
11	ISOLDE		モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: 106.047 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.188 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 645487 / 対称性のタイプ: HELICAL

精密化

解像度: 2.61→2.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.862 / SU B: 4.838 / SU ML: 0.094 / ESU R: 0.133
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.39763	-	-
obs	0.39763	2982175	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.31 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-1.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 合計: 40140

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.006	0.013	40932
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	1.593	1.839	56808
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	5.744	5	4824
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	23.426	25	792
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	9.607	15	5220
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.091	0.2	8172
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	24660
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	2.587	8.602	19404
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	4.754	12.902	24192
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	2.869	12.043	21528
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_refined	13.171		150489
ELECTRON MICROSCOPY	r_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPY	r_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPY	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0	0	-
R_work	1.069	221710	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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