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- PDB-8rdx: PGGtase I in complex with probe BAY-6092 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rdx
タイトルPGGtase I in complex with probe BAY-6092
要素
  • Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
  • Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / peptide pheromone maturation / protein farnesylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / microtubule associated complex / heterocyclic compound binding / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / positive regulation of cell cycle / : / receptor tyrosine kinase binding / microtubule binding / molecular adaptor activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DIPHOSPHATE / Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta / Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Steuber, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Discovery of YAP1/TAZ pathway inhibitors through phenotypic screening with potent anti-tumor activity via blockade of Rho-GTPase signaling.
著者: Graham, K. / Lienau, P. / Bader, B. / Prechtl, S. / Naujoks, J. / Lesche, R. / Weiske, J. / Kuehnlenz, J. / Brzezinka, K. / Potze, L. / Zanconato, F. / Nicke, B. / Montebaur, A. / Bone, W. / ...著者: Graham, K. / Lienau, P. / Bader, B. / Prechtl, S. / Naujoks, J. / Lesche, R. / Weiske, J. / Kuehnlenz, J. / Brzezinka, K. / Potze, L. / Zanconato, F. / Nicke, B. / Montebaur, A. / Bone, W. / Golfier, S. / Kaulfuss, S. / Kopitz, C. / Pilari, S. / Steuber, H. / Hayat, S. / Kamburov, A. / Steffen, A. / Schlicker, A. / Buchgraber, P. / Braeuer, N. / Font, N.A. / Heinrich, T. / Kuhnke, L. / Nowak-Reppel, K. / Stresemann, C. / Steigemann, P. / Walter, A.O. / Blotta, S. / Ocker, M. / Lakner, A. / von Nussbaum, F. / Mumberg, D. / Eis, K. / Piccolo, S. / Lange, M.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Novel YAP1/TAZ pathway inhibitors identified through phenotypic screening with potent anti-tumor activity via blockade of GGTase-I / Rho-GTPase signaling
著者: Graham, K. / Lienau, P. / Bader, B. / Prechtl, S. / Naujoks, J. / Lesche, R. / Weiske, J. / Kuehnlenz, J. / Brzezinka, K. / Potze, L. / Zanconato, F. / Nicke, B. / Montebaur, A. / Bone, W. / ...著者: Graham, K. / Lienau, P. / Bader, B. / Prechtl, S. / Naujoks, J. / Lesche, R. / Weiske, J. / Kuehnlenz, J. / Brzezinka, K. / Potze, L. / Zanconato, F. / Nicke, B. / Montebaur, A. / Bone, W. / Golfier, S. / Kaulfuss, S. / Kopitz, C. / Pilari, S. / Steuber, H. / Hayat, S. / Kamburov, A. / Steffen, A. / Schlicker, A. / Buchgraber, P. / Braeuer, N. / Font, N. / Heinrich, T. / Kuhnke, L. / Reppel, K. / Stresemann, C. / Steigemann, P. / Walter, A. / Blotta, S. / Ocker, M. / Lakner, A. / Mumberg, D. / Eis, K. / Piccolo, S. / Lange, M.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年7月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
D: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
F: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
H: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
J: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
L: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,93036
ポリマ－462,33812
非ポリマー4,59224
水1086
1
A: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area25560 Å2
手法PISA
2
C: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
D: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
3
E: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
F: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
4
G: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
H: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
5
I: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
J: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA
6
K: Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha
L: Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8226
ポリマ－77,0562
非ポリマー7654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)270.891, 269.263, 185.248
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.77, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Protein farnesyltransferase/geranylgeranyltransferase type-1 subunit alpha


分子量: 37871.570 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q04631
#2: タンパク質
Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta


分子量: 39184.699 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Pggt1b / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P53610

-
非ポリマー , 5種, 30分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#6: 化合物
ChemComp-A1HZ4 / (5~{R})-5-(2-methoxyphenyl)-9-[(2~{R})-3,3,3-tris(fluoranyl)-2-methoxy-2-phenyl-propanoyl]-3,9-diazaspiro[5.5]undecan-2-one


分子量: 490.515 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29F3N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 M K-Na-tartrate, 100 mM (NH4)2SO4, 100 mM MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.67→48.21 Å / Num. obs: 105402 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.86 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.64
反射 シェル解像度: 3.67→3.89 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 15220 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.67→48.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 17.344 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18907 2100 2 %RANDOM
Rwork0.13713 ---
obs0.13817 103301 97.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.55 Å20 Å2-2.46 Å2
2--9.17 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.67→48.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31959 0 276 6 32241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01333003
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01729521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.64544830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.57867942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.00753948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54221.5621927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.328155455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2315270
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.24146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0237108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7298.47115828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.7258.4715827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.09112.70319764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.09112.70319765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3478.9717175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.3478.97117176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.26613.25525066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.36999.4839605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.36999.48139606
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.672→3.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 117 -
Rwork0.213 5738 -
obs--74.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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