PDB-8rd5: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.R5 with bound transition ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rd5

タイトル

Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.R5 with bound transition state analog 6-nitrobenzotriazole

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / Kemp Eliminase / 6-nitrobenzotriazole / Endo-1 / 4-beta-xylanase

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Schaub, D. / Schwander, T. / Hueppi, S. / Buller, R.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Enriching productive mutational paths accelerates enzyme evolution.
著者: Patsch, D. / Schwander, T. / Voss, M. / Schaub, D. / Huppi, S. / Eichenberger, M. / Stockinger, P. / Schelbert, L. / Giger, S. / Peccati, F. / Jimenez-Oses, G. / Mutny, M. / Krause, A. / ...

履歴

登録	2023年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.4	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rd5.cif.gz	623.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rd5.ent.gz	382.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

69.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.414, 50.069, 65.584
Angle α, β, γ (deg.)	100.723, 102.703, 99.299
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase 分子量: 34314.547 Da / 分子数: 2 変異: R2A, Q3E, I12M, Q44M, T46W, M51L, K52Q, T56V, L71V, R83G, H85G, T86M, Q92H, N104E, A127V, N132G, E133S, P156K, N174A, Y176S, R192K, Q209M, H211N, A236S, T238L, E239M, V268S, W269F 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.992777 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.31544 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 100 mM Tris(OHAc), 1.3 M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→48.08 Å / Num. obs: 81699 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.22-48.08	3.4	0.051	513	0.986	0.051	0.072
1.5-1.53	3.3	0.18	3878	0.957	0.18	0.255

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→43.202 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.154 / WR_factor R_work: 0.111 / SU B: 1.759 / SU ML: 0.03 / Average fsc free: 0.988 / Average fsc work: 0.9942 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1423	4133	5.059 %
R_work	0.1029	77565	-
all	0.105	-	-
obs	-	81698	96.374 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.793 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	-0.289 Å²	-0.317 Å²
2-	-	-0.914 Å²	0.205 Å²
3-	-	-	0.485 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4554	0	70	507	5131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	4943
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.634	6762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.595	1.577	10614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.869	5	649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.173	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.788	10	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.187	10	212
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	6066
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	4520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	370
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.188	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.242	0.686	2528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.226	0.685	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.354	1.23	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.357	1.231	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.664	0.856	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.664	0.857	2416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.221	1.489	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.22	1.49	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.474	10.745	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.035	10.344	5920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.532	3	9559

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.141	297	0.097	5482	0.1	6227	0.986	0.993	92.8055	0.089
1.539-1.581	0.134	298	0.083	5518	0.086	6145	0.989	0.996	94.6461	0.078
1.581-1.627	0.14	312	0.086	5330	0.088	5942	0.986	0.995	94.9512	0.081
1.627-1.677	0.133	252	0.082	5212	0.085	5755	0.99	0.996	94.9435	0.079
1.677-1.732	0.129	290	0.081	5061	0.084	5599	0.99	0.996	95.5706	0.078
1.732-1.792	0.13	252	0.085	4927	0.087	5401	0.989	0.996	95.8896	0.084
1.792-1.86	0.134	254	0.087	4813	0.089	5262	0.988	0.995	96.2942	0.088
1.86-1.936	0.134	203	0.09	4594	0.092	4984	0.989	0.994	96.248	0.092
1.936-2.022	0.128	242	0.089	4450	0.091	4846	0.99	0.995	96.8221	0.094
2.022-2.12	0.137	217	0.098	4221	0.1	4590	0.988	0.994	96.6885	0.104
2.12-2.234	0.136	200	0.094	4057	0.096	4370	0.988	0.995	97.4142	0.103
2.234-2.37	0.129	213	0.095	3822	0.096	4142	0.99	0.994	97.4167	0.105
2.37-2.533	0.151	194	0.103	3602	0.105	3886	0.984	0.993	97.684	0.117
2.533-2.735	0.151	187	0.108	3357	0.111	3619	0.988	0.993	97.9276	0.126
2.735-2.995	0.134	180	0.113	3133	0.114	3368	0.989	0.992	98.367	0.136
2.995-3.346	0.139	154	0.117	2785	0.118	2980	0.989	0.992	98.6242	0.138
3.346-3.86	0.155	155	0.121	2485	0.122	2673	0.986	0.992	98.7654	0.149
3.86-4.718	0.162	100	0.121	2141	0.123	2260	0.986	0.992	99.1593	0.156
4.718-6.633	0.193	92	0.158	1626	0.16	1731	0.984	0.99	99.249	0.202
6.633-43.202	0.164	41	0.141	948	0.142	990	0.984	0.99	99.899	0.187

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