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- PDB-8rd2: Trypanosoma brucei Invariant Surface Glycoprotein 75 (ISG75) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rd2
タイトルTrypanosoma brucei Invariant Surface Glycoprotein 75 (ISG75)
要素Invariant surface glycoprotein
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / receptor / inhibitor / immunoglobulin / parasite / invariant
機能・相同性Trypanosome invariant surface glycoprotein / Invariant surface glycoprotein / membrane / Invariant surface glycoprotein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Stodkilde-Jorgensen, K. / Mikkelsen, J.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Other governmentAUFF-E-2015-FLS-8-64 デンマーク
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: Trypanosoma brucei Invariant Surface Glycoprotein 75 Is an Immunoglobulin Fc Receptor Inhibiting Complement Activation and Antibody-Mediated Cellular Phagocytosis.
著者: Mikkelsen, J.H. / Stodkilde, K. / Jensen, M.P. / Hansen, A.G. / Wu, Q. / Lorentzen, J. / Graversen, J.H. / Andersen, G.R. / Fenton, R.A. / Etzerodt, A. / Thiel, S. / Andersen, C.B.F.
履歴
登録2023年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invariant surface glycoprotein
B: Invariant surface glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4422
ポリマ－98,4422
非ポリマー00
水00
1
A: Invariant surface glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2211
ポリマ－49,2211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Invariant surface glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2211
ポリマ－49,2211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.010, 120.010, 107.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Invariant surface glycoprotein


分子量: 49220.949 Da / 分子数: 2 / 変異: N134A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
株: Lister 427 / 遺伝子: ISG75 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): Superman5 / 参照: UniProt: Q26769
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG3350 100 mM HEPES pH 7.5 20 mM Sorbitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→53.67 Å / Num. obs: 22111 / % possible obs: 53.3 % / 冗長度: 4.65 % / Biso Wilson estimate: 82.72 Å2 / CC1/2: 0.9982 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.38
反射 シェル解像度: 2.7→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.004 / Num. unique obs: 1106 / CC1/2: 0.5407 / % possible all: 10.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→53.67 Å / SU ML: 0.3787 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 37.8899
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 1222 5.53 %
Rwork0.2284 20889 -
obs0.2308 22111 52.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→53.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 0 0 6261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48138508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.36322460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.80.2772130.3979237X-RAY DIFFRACTION5.36
2.8-2.920.4114250.4177489X-RAY DIFFRACTION11.03
2.92-3.080.3199610.3683871X-RAY DIFFRACTION19.91
3.08-3.270.3818800.33911314X-RAY DIFFRACTION29.89
3.27-3.520.35821210.33031942X-RAY DIFFRACTION43.54
3.52-3.880.33131870.27923178X-RAY DIFFRACTION71.55
3.88-4.440.28212350.23394037X-RAY DIFFRACTION90.64
4.44-5.590.27682460.22984410X-RAY DIFFRACTION97.59
5.59-53.670.22222540.18064411X-RAY DIFFRACTION97.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.953488163120.06082577945840.8088866152773.922648490112.379001875576.946982049160.300094952348-0.003125718208950.217473575857-0.2155016121930.0294020649422-0.509360173488-0.002187905897310.707805071147-0.2527883475240.278754714892-0.1832867520560.04061336343120.3712143767640.1233074949990.3632125677722.6721642069-48.122871066514.8161325008
21.452676064761.112641921181.720473843981.138992353171.617193900562.20436381531-0.103438331451-0.7537818720520.2528975245510.024096331045-0.6541515803880.203778866668-0.144961916-0.9058600640670.7111694842690.5423856187150.152337778713-0.1190674911890.827529016061-0.2002774863260.580364242921-0.541576463592-44.786032585810.0959186408
34.715129070430.1231294916671.926312809771.99420426058-0.1881613208192.961095830320.024417245636-0.127391294221-0.386240920647-0.219369409602-0.4274977652140.1464770504170.8116495051260.02548417962380.03990914237050.550885340559-0.4693472606310.04883963074570.5609994231140.005415814159780.23745046430744.4517648019-26.3911970269-3.93367530563
43.39920604536-0.5385319799081.686140027950.673423182481-0.3107803007883.180972868470.2565839766491.01693845944-0.756134948915-0.178935684138-0.4159112003080.4027832026810.560193627742-0.827253960992-0.3665006781140.899331088015-0.887575894253-0.2643012778631.43566188111-0.2500133626420.79773085710517.9292465513-32.4844975891-27.1275705531
55.443380389070.424594948863-1.046080952592.922181049890.5174446612863.399028054290.0203025571877-1.1998829111-0.2642991926270.387292448794-0.01493617467140.5415475123980.351465171006-0.4790198273290.2236474605960.553279589417-0.4854090571840.1411922173810.649713620721-0.07867842431090.42429659862235.8739734056-23.13264517393.30305084701
68.30229142412.61039322382-2.199602833643.033562156951.950863801994.10057592879-0.0550065381865-1.30075732933-1.669027955520.2441009035660.238653272825-0.393257880651.33664632570.389857572535-0.02435706118750.619629011488-0.03894037562910.0796165820210.4283090465910.1594474899570.58668125764755.2137662174-30.8105225789-1.40681008127
70.9747890831420.473439554969-0.5177242070151.958069103740.5427610767923.00742386581-0.102496480150.634541920392-0.0430204500366-0.755057452170.1344891765480.728495913931-0.178987457275-1.089642320990.2407105810810.79772184764-0.724269297638-0.3183174658791.14395115103-0.2545250887670.75020862132518.813594646-23.3741155501-29.7934135857
81.69823007506-0.1404165419652.453231085441.8297782116-0.4253262355917.881980955450.133015094615-0.26048349820.2016625545130.0369129066645-0.06042519639480.372849636303-0.343707341915-0.889106390236-0.09124173154350.510327016015-0.1496734879650.1508463957460.899524752754-0.2536703194760.92025800031622.4778814356-9.12983501453.64228018467
91.468867190760.2316136397821.23305607042.08731890357-0.160196369355.442857348020.13505084866-0.3054612929350.177150519610.264581721573-0.04966869254390.4086879134730.242441037993-1.40962984331-0.1633153572130.464487689504-0.2311909825020.1105838052641.05099013497-0.1814934797210.97918351025721.6505459326-12.97196157910.8171548404
100.13187104315-0.1086672602980.4784097229971.42022485996-2.308321527364.474259987960.02313318124880.907306308590.162709376497-1.151143570720.1247858759080.01328969634970.0363470049003-0.4037309401570.06312885789541.34643138971-0.598667096859-0.1349986663491.46664142882-0.06641383308390.93550141042321.8626705092-21.0057043398-38.5917852632
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 29 through 291 )AA29 - 2911 - 254
22chain 'A' and (resid 292 through 435 )AA292 - 435255 - 398
33chain 'B' and (resid 29 through 63 )BB29 - 631 - 35
44chain 'B' and (resid 64 through 145 )BB64 - 14536 - 117
55chain 'B' and (resid 146 through 218 )BB146 - 218118 - 183
66chain 'B' and (resid 219 through 252 )BB219 - 252184 - 217
77chain 'B' and (resid 253 through 295 )BB253 - 295218 - 260
88chain 'B' and (resid 296 through 354 )BB296 - 354261 - 319
99chain 'B' and (resid 355 through 416 )BB355 - 416320 - 381
1010chain 'B' and (resid 417 through 435 )BB417 - 435382 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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