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- PDB-8rd0: HUWE1 WWE domain in complex with compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rd0
タイトルHUWE1 WWE domain in complex with compound 3
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードLIGASE / WWE domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / : / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair ...histone ubiquitin ligase activity / negative regulation of mitochondrial fusion / : / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / membrane fusion / cell differentiation / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / UBA-like domain / WWE domain / WWE domain superfamily ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / UBA-like domain / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-51X / E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.765 Å
データ登録者Muenzker, L. / Boettcher, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)875510European Union
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: A ligand discovery toolbox for the WWE domain family of human E3 ligases.
著者: Munzker, L. / Kimani, S.W. / Fowkes, M.M. / Dong, A. / Zheng, H. / Li, Y. / Dasovich, M. / Zak, K.M. / Leung, A.K.L. / Elkins, J.M. / Kessler, D. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L. / Bottcher, J.
履歴
登録2023年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
C: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
D: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,70112
ポリマ－42,0784
非ポリマー6238
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.795, 62.795, 231.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1977-

HOH

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要素

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量: 10519.563 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6Z7
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-51X / (1,3-dioxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)acetic acid / フタルイミジル酢酸


分子量: 205.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Na Acetate pH 4.83, 2.9 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.765→60.61 Å / Num. obs: 42066 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 23 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.765→1.86 Å / Num. unique obs: 2102 / CC1/2: 0.601

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS(VERSION Jan 31データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
BUSTER2.11.8 (26-JUL-2023)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.765→25.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU R Cruickshank DPI: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.123 / SU Rfree Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.103
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT ELECTRON-CLOUD POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2146 2067 4.92 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1975 42039 89.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0063 Å20 Å20 Å2
2---0.0063 Å20 Å2
3---0.0126 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.765→25.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 36 380 2892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095002HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.888886HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1548SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes832HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5002HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion322SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5104SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.765→1.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 -4.52 %
Rwork0.2549 803 -
obs--18.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7507-0.3401-0.2460.209-0.0980.06210.07290.38750.0855-0.0866-0.06250.0239-0.06810.0258-0.0103-0.01640.0158-0.01710.09260.0012-0.041-9.63091.9104-19.5192
20.27890.13671.21040.26450.05141.6362-0.0041-0.127-0.00280.0853-0.02470.0974-0.0651-0.2960.0288-0.0410.02110.0270.0807-0.03030.0268-16.99252.8315-2.2285
33.04881.4705-1.5181.3789-0.579900.1857-0.33220.02350.1519-0.2392-0.0318-0.00940.08510.0534-0.044-0.0218-0.00290.08190.0461-0.0274-41.34193.5196-11.8128
40-0.32431.00752.5373-1.50721.62160.01410.1680.1297-0.1943-0.085-0.22250.13270.10790.071-0.06250.00340.04530.06630.0678-0.0093-34.84298.2311-28.659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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