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- PDB-8rck: CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rck
タイトルCryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy.
要素
  • Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
  • Regulatory-associated protein of mTOR
  • Serine/threonine-protein kinase mTOR
  • Target of rapamycin complex subunit LST8
キーワードSIGNALING PROTEIN / Target of Rapamycin / mTOR / Cancer-associated mutants
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC2 signaling ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / negative regulation of lysosome organization / heart valve morphogenesis / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of osteoclast differentiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of lysosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to nutrient / cellular response to L-leucine / energy reserve metabolic process / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / cellular response to methionine / negative regulation of cell size / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / inositol hexakisphosphate binding / cellular response to osmotic stress / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of macroautophagy / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cell size / positive regulation of actin filament polymerization / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / germ cell development / TOR signaling / behavioral response to pain / mTORC1-mediated signalling / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / protein kinase activator activity / social behavior / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / neuronal action potential / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / regulation of cellular response to heat / positive regulation of lamellipodium assembly / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / T cell costimulation / positive regulation of stress fiber assembly / translation initiation factor binding / translation repressor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / 14-3-3 protein binding / cytoskeleton organization / negative regulation of translational initiation / endomembrane system / negative regulation of autophagy / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of translation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function ...Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / HEAT repeat / HEAT repeat / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase mTOR / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / Regulatory-associated protein of mTOR / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Anandapadamanaban, M. / Hay, I.M. / Perisic, O. / Williams, R.L.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKDRCPGM 100014 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184308 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO ALTF 603-2019European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, Focused on one protomer copy.
著者: Anandapadamanaban, M. / Hay, I.M. / Perisic, O. / Williams, R.L.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Serine/threonine-protein kinase mTOR
E: Target of rapamycin complex subunit LST8
Y: Regulatory-associated protein of mTOR
X: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,5167
ポリマ－486,9614
非ポリマー5553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 BEYX

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase mTOR / FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex- ...FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1 / FKBP12-rapamycin complex-associated protein / Mammalian target of rapamycin / mTOR / Mechanistic target of rapamycin / Rapamycin and FKBP12 target 1 / Rapamycin target protein 1


分子量: 289257.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTOR, FRAP, FRAP1, FRAP2, RAFT1, RAPT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P42345, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Target of rapamycin complex subunit LST8 / TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Protein GbetaL / Mammalian lethal with SEC13 ...TORC subunit LST8 / G protein beta subunit-like / Protein GbetaL / Mammalian lethal with SEC13 protein 8 / mLST8


分子量: 35910.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLST8, GBL, LST8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVC4
#3: タンパク質 Regulatory-associated protein of mTOR / Raptor / p150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein


分子量: 149200.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPTOR, KIAA1303, RAPTOR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N122
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / 4E-BP1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by ...4E-BP1 / eIF4E-binding protein 1 / Phosphorylated heat- and acid-stable protein regulated by insulin 1 / PHAS-I


分子量: 12592.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4EBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13541

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8
タイプ: COMPLEX
詳細: This paediatric kidney cancer-associated mTORC1 variant consists of mTOR 1455-EWED-1458 duplication, RAPTOR and mLST8 complex and its bound to a substrate 4EBP1.
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177138 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: This map is a focussed classification with signal subtraction of one protomer of mTORC1 dimer variant. The final reconstruction of the protomer yielded a resolution of 3.4 Angstrom.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 116.5 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
詳細: Initial local fitting was done in Coot and Chimera and then subjected to ROSETTA for model rebuilding. Finally, in Phenix real-space refine was performed for the final model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 116.47 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005827838
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.986337763
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05294285
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00754805
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.67913688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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