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- PDB-8rca: W-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Co-crystall... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rca
タイトルW-formate dehydrogenase from Desulfovibrio vulgaris - Co-crystallized with Formate and Reoxidized by exposure to air for 1 h in the absence of Formate
要素(Formate dehydrogenase, ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Formate / CO2 / Molybdenum and Tungsten enzymes / DMSO reductase family / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


formate dehydrogenase (cytochrome-c-553) activity / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / molybdenum ion binding / molybdopterin cofactor binding / cell envelope / anaerobic respiration / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate dehydrogenase-N, alpha subunit / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 3. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain ...Formate dehydrogenase-N, alpha subunit / : / 4Fe-4S dicluster domain / Molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin cofactor binding site / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 1. / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 3. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROSULFURIC ACID / Chem-MGD / IRON/SULFUR CLUSTER / : / Formate dehydrogenase, beta subunit, putative / Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.664 Å
データ登録者Vilela-Alves, G. / Manuel, R.R. / Pereira, I.C. / Romao, M.J. / Mota, C.
資金援助 ポルトガル, 8件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BII-BBF/2050/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04378/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04378/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDB/04612/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaUIDP/04612/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLA/P/0140/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaLA/P/0087/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia2023.00286.BD ポルトガル
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Substrate-dependent oxidative inactivation of a W-dependent formate dehydrogenase involving selenocysteine displacement.
著者: Vilela-Alves, G. / Manuel, R.R. / Viegas, A. / Carpentier, P. / Biaso, F. / Guigliarelli, B. / Pereira, I.A.C. / Romao, M.J. / Mota, C.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing
B: Formate dehydrogenase, beta subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,01617
ポリマ－136,2952
非ポリマー3,72015
水10,251569
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10440 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area37700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.558, 128.006, 148.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Formate dehydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing


分子量: 112437.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: fdnG-1, DVU_0587
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株 (発現宿主): Hildenborough / 参照: UniProt: Q72EJ1, formate dehydrogenase
#2: タンパク質 Formate dehydrogenase, beta subunit, putative


分子量: 23858.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株: Hildenborough / 遺伝子: DVU_0588
発現宿主: Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
株 (発現宿主): Hildenborough / 参照: UniProt: Q72EJ0

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非ポリマー , 7種, 584分子

#3: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE


分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: W / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 1M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.664→97.258 Å / Num. obs: 108396 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.66 % / CC1/2: 0.9956 / Net I/σ(I): 7.992
反射 シェル解像度: 1.664→1.792 Å / Num. unique obs: 5420 / CC1/2: 0.6281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCdata processing
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
pointlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SDV

6sdv


解像度: 1.664→97.258 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.321 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 5448 5.026 %
Rwork0.1939 102948 -
all0.196 --
obs-108396 74.709 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.649 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.321 Å20 Å2-0 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.664→97.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9234 0 168 569 9971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0139666
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0158923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.6513153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2691.58420604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34251178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36522.284486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.003151557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7531557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21991
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1850.28866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.24642
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.24296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0520.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0960.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1620.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2353.1224721
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2353.1224720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1964.6785896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1964.6785897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4523.3084945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4523.3084946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7544.8657209
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7544.8647210
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.00936.24510966
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.97536.15310884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.664-1.7070.291180.269423X-RAY DIFFRACTION4.1447
1.707-1.7540.288790.2791833X-RAY DIFFRACTION18.4609
1.754-1.8050.2822060.284086X-RAY DIFFRACTION42.749
1.805-1.860.3183180.2695697X-RAY DIFFRACTION61.3525
1.86-1.9210.2893420.2586412X-RAY DIFFRACTION71.3727
1.921-1.9880.2843510.2536751X-RAY DIFFRACTION77.0449
1.988-2.0640.2743790.2467197X-RAY DIFFRACTION85.5079
2.064-2.1480.3014100.2377575X-RAY DIFFRACTION93.0544
2.148-2.2430.2914040.2367645X-RAY DIFFRACTION97.9912
2.243-2.3530.2653940.2257361X-RAY DIFFRACTION98.8402
2.353-2.480.263700.2196956X-RAY DIFFRACTION97.4461
2.48-2.630.2613300.2096521X-RAY DIFFRACTION97.0947
2.63-2.8120.2683140.1986202X-RAY DIFFRACTION96.849
2.812-3.0370.2493470.2055749X-RAY DIFFRACTION98.0537
3.037-3.3270.2352810.1965354X-RAY DIFFRACTION97.8129
3.327-3.7190.2062630.1864832X-RAY DIFFRACTION97.3629
3.719-4.2940.1722380.1414285X-RAY DIFFRACTION96.873
4.294-5.2580.1581800.1293558X-RAY DIFFRACTION94.9695
5.258-7.4320.21440.1572873X-RAY DIFFRACTION96.544
7.432-97.2580.173800.1561638X-RAY DIFFRACTION94.137

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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