PDB-8rbd: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 with Sinefu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rbd

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 with Sinefungin (SFG)

要素

Mycolic acid methyltransferase MmaA1

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / enzyme / fatty acid / bacterium / pathogen

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Chaudhary, B. / Mazumdar, P.A. / Madhurantakam, C. / Dong, G.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of the mycolic acid methyl transferase 1 (MmaA1) from Mycobacterium tuberculosis in the apo-form and in complex with different cofactors reveal unique features for substrate binding.
著者: Chaudhary, B. / Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Mazumdar, P.A. / Dong, G. / Madhurantakam, C.

履歴

登録	2023年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年6月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rbd.cif.gz	417.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rbd.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rbd_validation.pdf.gz	1004.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rbd_full_validation.pdf.gz	1007 KB	表示
XML形式データ	8rbd_validation.xml.gz	33.7 KB	表示
CIF形式データ	8rbd_validation.cif.gz	49.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rbd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8raqC 8rbeC 8rblC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

A0A0: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

68.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A0A0: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.230, 74.136, 96.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.430, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Mycolic acid methyltransferase MmaA1 / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / AdoMet-MT / SAM-MT 分子量: 33341.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: cmaD, mma1, mmaA1, mmas-1, BQ2027_MB0664C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A5Q1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.4) 25% (w/v) polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 92976 / % possible obs: 99.72 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.057 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 12.55
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.054 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 8403 / CC_1/2: 0.585 / CC star: 0.859 / R_pim(I) all: 0.543 / R_rim(I) all: 1.188 / % possible all: 98.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1-4487-000	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→19.86 Å / SU ML: 0.2406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.2204
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	2016	2.17 %
R_work	0.1651	90960	-
obs	0.1657	92976	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4426	0	116	708	5250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0095	4638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9169	6255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0705	667
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6722	628

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.4559	144	0.4068	6479	X-RAY DIFFRACTION	99.24
1.54-1.58	0.2962	140	0.3257	6440	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.58-1.63	0.3356	145	0.3012	6466	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.63-1.68	0.3113	138	0.2876	6445	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.68-1.74	0.2688	148	0.2303	6489	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.74-1.81	0.223	145	0.1901	6519	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.81-1.89	0.1988	141	0.1856	6454	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.89-1.99	0.1993	147	0.1744	6472	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.99-2.11	0.1945	144	0.1552	6517	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.11-2.28	0.191	142	0.1478	6496	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.28-2.51	0.1803	144	0.1466	6496	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.51-2.87	0.181	147	0.1492	6525	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.87-3.61	0.1682	145	0.1531	6549	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.61-19.86	0.1743	146	0.1477	6613	X-RAY DIFFRACTION	99.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.778195877845	0.012612557265	-0.157517937816	1.28576794586	-0.274667791971	1.24638723666	0.0194332764919	-0.00206085822669	-0.0811138430424	0.0892031481938	-0.0516674128323	-0.00435712557064	0.00116473925745	0.00130279557392	0.0354508176935	0.192012840708	0.00545485018575	-0.0219497762783	0.203142799923	0.00991688870325	0.203824048259	15.2159275555	-3.70306094288	42.2375475952
2	3.40458866945	0.555346338174	0.817158266974	1.71483054776	-0.181953383333	1.63214136821	-0.173285300881	0.449265265497	-0.304073408249	-0.0890757738913	0.188009899741	0.0843002530064	0.220228867876	0.255232901299	0.0020233239338	0.340284895269	0.0525104386676	-0.0106932265377	0.406319335538	0.0170320001263	0.296550451276	9.12534643203	7.92626101164	16.8580639621
3	0.246539012837	0.155937207003	0.360102569446	2.00166332527	0.00889491967049	1.03344951135	0.0161256370962	0.132682082289	-0.103742689422	-0.156585336584	-0.0209483088391	0.0426236371648	0.0183697205565	-0.0871000274172	0.0446933385673	0.242384472216	0.0121721424069	-0.0448643489855	0.312170787903	-0.0304967882979	0.287196141768	5.97281843226	-4.19415042819	29.5528081388
4	1.08842506372	0.565451916129	-0.344363261505	0.849281753805	-0.121838819948	0.309547555136	0.0384835096701	0.157264028656	0.062639350136	-0.0513837207595	0.0271122375312	0.0103478039619	-0.0550298548128	-0.0582791908405	-0.0514060492224	0.251168723862	0.010113065904	-0.0237303096863	0.266511482168	0.0215427420087	0.226476906244	16.883596938	12.0765396364	31.6098518607
5	0.560392381332	-0.0729149888826	-0.128868996549	1.85877265814	-0.613733371427	0.873416086337	-0.00193126429147	-0.0202646920092	0.0826749835131	0.179209870837	0.110851790083	0.163908627632	-0.15317193643	-0.0478241207398	-0.120914241301	0.266194602373	0.00976030715811	0.0246103054232	0.243941474721	0.021601846689	0.234895832082	29.4782005722	43.4880834387	11.8283304887
6	2.17041865986	0.892891866802	-0.699698525828	1.12668798153	-0.758585428313	1.44178604039	-0.115159584407	0.311244326108	-0.162235732159	-0.321484894658	0.228806836699	0.0785397467515	0.0565663829517	-0.484512483709	-0.0618521073974	0.326049538456	-0.00497653342168	-0.0155100436725	0.364408033092	-0.00982845895751	0.289537662474	26.5356587993	21.4267985333	10.7630058993
7	0.403754128501	0.389964834293	-0.328904382756	1.60878076787	-1.08475996612	1.11854467924	-0.0409753274894	-0.0415756678516	-0.0242470656037	0.0133487044123	0.0258682868958	-0.0593042966287	0.0319003912666	0.0157726337426	0.0162047778435	0.275807896941	0.0276497869415	0.014086661371	0.253575373701	0.0150780553315	0.231344876659	30.7018308021	31.2734782625	17.3435933455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 155
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	156 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 212
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	213 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	K	1 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	K	170 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	K	192 - 271

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