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- PDB-8rbe: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rbe
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 in apo form
要素Mycolic acid methyltransferase MmaA1
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / enzyme / fatty acid / bacterium / pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mycolic acid methyltransferase MmaA1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Chaudhary, B. / Mazumdar, P.A. / Madhurantakam, C. / Dong, G.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundI5960-B2 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of the mycolic acid methyl transferase 1 (MmaA1) from Mycobacterium tuberculosis in the apo-form and in complex with different cofactors reveal unique features for substrate binding.
著者: Chaudhary, B. / Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Mazumdar, P.A. / Dong, G. / Madhurantakam, C.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年6月4日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1
B: Mycolic acid methyltransferase MmaA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8354
ポリマ－66,6512
非ポリマー1842
水11,638646
1
A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4182
ポリマ－33,3261
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mycolic acid methyltransferase MmaA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4182
ポリマ－33,3261
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.616, 74.840, 97.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Mycolic acid methyltransferase MmaA1 / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / AdoMet-MT / SAM-MT


分子量: 33325.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cmaD, mma1, mmaA1, mmas-1, BQ2027_MB0664C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5Q1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 10% (v/v) 2-propanol 20% (w/v) polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 47320 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 9.13
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.198 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 4673 / CC1/2: 0.533 / CC star: 0.834 / Rpim(I) all: 0.599 / Rrim(I) all: 1.344 / % possible all: 99.83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.79 Å / SU ML: 0.2288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9993
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2022 2005 4.24 %
Rwork0.1738 45315 -
obs0.175 47320 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4424 0 12 646 5082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61736142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.74614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.30241420.26883165X-RAY DIFFRACTION98.75
1.94-20.31191470.27143227X-RAY DIFFRACTION99.82
2-2.060.29781430.2353199X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.120.28391430.21343224X-RAY DIFFRACTION99.91
2.12-2.20.25581450.20293274X-RAY DIFFRACTION99.91
2.2-2.290.25981430.19653180X-RAY DIFFRACTION99.82
2.29-2.390.24071410.1883244X-RAY DIFFRACTION99.91
2.39-2.520.23961420.1843235X-RAY DIFFRACTION99.94
2.52-2.670.22451500.17513251X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.880.21161380.17853225X-RAY DIFFRACTION99.82
2.88-3.170.20541460.1753256X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.620.18461400.15093242X-RAY DIFFRACTION99.85
3.62-4.560.1321390.13573272X-RAY DIFFRACTION99.8
4.56-19.790.16621460.15973321X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7080268205210.0881425895183-0.2098452704040.9561763569640.5209336363681.090217184950.0148011652721-0.0303076021810.03629954223060.060937312047-0.005716527463070.02276713655960.02682057091750.002073217351256.76993929588E-50.1857801559680.0217658500007-0.01049019570390.1932783983460.0003741653039550.2033642830615.21779229873.9357059334740.395356068
21.377946164560.8445059649451.346421600230.5201527754620.8171715300411.33788844832-0.1597998852410.237759714830.3189566257750.1586631338440.3219697345070.553173018946-0.23208142530.1317912585860.1003078027280.2762055756920.07390732073720.07143250118070.3255334890520.07714261900520.3936461073662.08086876503-5.3739191333620.1457017696
30.433245501394-0.0313922644880.1233253219220.8015256044910.1508094048880.491234995993-0.04189255589230.0859975145599-0.0367006201931-0.118594788590.0886278030286-0.03221443302420.01450537201710.0298521968023.73815104444E-50.2106892929910.0111546185624-0.001757070931440.224229354316-0.004281637494750.2131260054296.42752529413-6.2505541601332.1274145429
40.01809904926020.02048503223480.02533724326930.1765292791910.1255088115590.09694833410460.0117383377339-0.0577813146599-0.1469682358760.1069552304880.0310764199626-0.1428562908620.1795365061820.2454921254810.0001899674033680.3040453190170.0194303011613-0.0269610294740.349826050899-0.02108488880450.3092938012120.603250842587-36.829982444721.780116843
50.252637342566-0.2535388191530.1787183246960.7951500373650.2961046855260.5455269775730.0351388165986-0.14862113344-0.09772942130770.2138887123820.0484578801806-0.05169092983130.2025213831140.128167966941-8.46236352547E-50.302838054129-0.00139508907656-0.001895600763210.2996957374610.01088164425230.263971126815-8.38822374262-47.576029409917.1489738971
60.372566637331-0.01327053214720.02513216601240.1524526625980.162902947860.2171907321840.1284372346510.181000560135-0.311289875103-0.1739260538670.0943231409634-0.3105851785460.3464844197880.2136095577070.001935895990850.3606217366530.0313887624309-0.005802423877140.326582527682-0.003201670052740.322779016346-4.26644313308-51.62682631014.03746705583
70.473284011896-0.47501466072-0.2462997051150.4754914019060.249326399280.4207061537360.02539753613250.1090021387520.0462727139136-0.18104843267-0.0283298995683-0.0744470718907-0.03526736425890.009410392731247.2101590613E-50.270156383386-0.01987362385860.0004442104599210.2691021372860.005073841119950.262423038985-16.2851681605-34.26144366485.01525710574
80.4517512271920.5574756347850.04935115121170.8651500751890.08084438451940.0304574202334-0.152009405820.4467791825970.38913220487-0.3617606775110.0333370859660.125219513040.1399976956020.645966755869-0.006123597192930.3564851011110.0430332558909-0.01028864706670.4352926479580.0125144673320.354083427862-6.73487178485-19.969308640711.4144174063
90.40376296017-0.226146612840.02465536442340.6175863784360.6238458318440.826410666354-0.0926140006147-0.09146047945390.155262855677-0.0233433355525-0.0208501180360.0554261121845-0.111369578114-0.0455560912261-0.0001954776274680.2515958819350.00686425540342-0.005613755261440.242341142770.01385874259920.226965339766-10.7003493496-30.355498406217.451967355
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 16 through 184 )AA16 - 1841 - 169
22chain 'A' and (resid 185 through 206 )AA185 - 206170 - 191
33chain 'A' and (resid 207 through 286 )AA207 - 286192 - 271
44chain 'B' and (resid 16 through 34 )BC16 - 341 - 19
55chain 'B' and (resid 35 through 109 )BC35 - 10920 - 94
66chain 'B' and (resid 110 through 130 )BC110 - 13095 - 115
77chain 'B' and (resid 131 through 184 )BC131 - 184116 - 169
88chain 'B' and (resid 185 through 206 )BC185 - 206170 - 191
99chain 'B' and (resid 207 through 286 )BC207 - 286192 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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