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- PDB-8rb6: Structure of Aldo-Keto Reductase 1C3 (AKR1C3) in complex with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rb6
タイトルStructure of Aldo-Keto Reductase 1C3 (AKR1C3) in complex with an inhibitor M689, with the 3-hydroxy-benzoisoxazole moiety. Resolution 2.0A
要素Aldo-keto reductase family 1 member C3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / AKR1C3 / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / macromolecule metabolic process / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / prostanoid biosynthetic process / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / regulation of testosterone biosynthetic process / ketosteroid monooxygenase activity / RA biosynthesis pathway / testosterone biosynthetic process / cellular response to prostaglandin D stimulus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / : / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / aldose reductase (NADPH) activity / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / response to nutrient / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / : / Aldo-keto reductase family 1 member C3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Frydenvang, K. / Mirza, O.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-guided optimization of 3-hydroxybenzoisoxazole derivatives as inhibitors of Aldo-keto reductase 1C3 (AKR1C3) to target prostate cancer.
著者: Pippione, A.C. / Kovachka, S. / Vigato, C. / Bertarini, L. / Mannella, I. / Sainas, S. / Rolando, B. / Denasio, E. / Piercy-Mycock, H. / Romalho, L. / Salladini, E. / Adinolfi, S. / Zonari, D. ...著者: Pippione, A.C. / Kovachka, S. / Vigato, C. / Bertarini, L. / Mannella, I. / Sainas, S. / Rolando, B. / Denasio, E. / Piercy-Mycock, H. / Romalho, L. / Salladini, E. / Adinolfi, S. / Zonari, D. / Peraldo-Neia, C. / Chiorino, G. / Passoni, A. / Mirza, O.A. / Frydenvang, K. / Pors, K. / Lolli, M.L. / Spyrakis, F. / Oliaro-Bosso, S. / Boschi, D.
履歴
登録2023年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0608
ポリマ－73,8122
非ポリマー2,2486
水4,306239
1
A: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0304
ポリマ－36,9061
非ポリマー1,1243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aldo-keto reductase family 1 member C3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0304
ポリマ－36,9061
非ポリマー1,1243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.343, 93.191, 83.008
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C3 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha- ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 / 17-beta-HSD 5 / 3-alpha-HSD type II / brain / 3-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase type 2 / 3-alpha-HSD type 2 / Chlordecone reductase homolog HAKRb / Dihydrodiol dehydrogenase 3 / DD-3 / DD3 / Dihydrodiol dehydrogenase type I / HA1753 / Prostaglandin F synthase / PGFS / Testosterone 17-beta-dehydrogenase 5


分子量: 36906.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-YMC / 4-[[4-(3-hydroxyphenyl)phenyl]amino]-1,2-benzoxazol-3-ol / 4-[(3'-hydroxy[1,1'-biphenyl]-4-yl)amino]-1,2-benzoxazol-3-ol


分子量: 318.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MESH, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→61.85 Å / Num. obs: 42384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 296998
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Num. measured all: 21558 / Num. unique obs: 3131 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.652 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6f2u

6f2u


解像度: 2→61.85 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.42 / 位相誤差: 26.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 2147 5.09 %
Rwork0.1899 --
obs0.1917 42198 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→61.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4969 0 152 239 5360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6037206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5992049
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044782
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004918
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.31231480.24652674X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.27511330.22362642X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.150.26721430.21032692X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.220.24581510.20522625X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.24961580.22272660X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.370.25471490.20012650X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.470.26451380.2022656X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.23011480.2032686X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.710.23261620.19062613X-RAY DIFFRACTION99
2.71-2.880.20761520.18712652X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.110.22761380.19812699X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.420.24171240.18972699X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.910.19951350.18052675X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.930.18581180.15672708X-RAY DIFFRACTION99
4.93-61.850.22491500.19122720X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6705-0.40910.0911.62760.83530.4837-0.17590.0987-0.6252-0.02730.34070.06470.9594-0.19570.07450.8656-0.154-0.02640.2587-0.0510.3841-4.6908-33.612635.4902
22.79730.5799-0.11623.0740.75380.81140.10090.1833-0.6913-0.088-0.11750.38730.8811-0.32340.04780.8108-0.238-0.05440.434-0.08230.449-11.5042-34.166228.3149
33.05080.54790.19372.29610.10912.9328-0.02560.5179-0.0365-0.32880.01110.20940.065-0.29940.02410.45360.0116-0.07680.3604-0.00230.2203-5.4877-16.906125.0599
44.2908-1.4006-1.84833.23591.95994.90430.14940.57970.7799-0.6082-0.0541-0.2777-0.9871-0.147-0.02380.64280.0428-0.04370.35070.09780.29-1.2139-1.074522.7166
53.98110.09190.36452.8275-1.00164.14310.00940.10820.50440.0304-0.1150.3164-0.5303-0.59490.12820.42650.0987-0.05760.30650.00650.2495-7.112-4.515131.5933
60.2873-0.2083-0.33918.65523.65491.82220.26410.1855-0.16410.2038-0.5998-0.51650.42260.26560.3490.85790.0812-0.10860.69480.00520.38481.8442-21.707216.8918
71.9555-0.49640.81442.1957-0.53323.086-0.05690.20810.0651-0.40040.05380.0804-0.1414-0.1094-0.00330.2807-0.0234-0.04150.2035-0.01490.208-15.0044-18.101-18.674
83.4959-1.30931.47778.7452-6.88467.83-0.06590.304-0.5171-0.45970.17090.46920.1989-0.4101-0.25420.4413-0.0679-0.10220.2455-0.04840.3502-18.577-34.0465-18.5445
92.04610.22750.74624.3037-0.36655.1957-0.0109-0.0402-0.3047-0.27690.02350.22810.4186-0.2969-0.00050.2113-0.0175-0.03340.16520.01190.243-13.1606-32.2927-10.5419
104.8387-2.5314-0.00867.38521.07023.60130.2199-0.0462-0.81110.0869-0.0362-0.4130.8650.0637-0.20950.26940.0508-0.05280.26030.0150.3843-0.8367-34.1341-5.0539
114.6291-3.5013-0.24287.59321.78893.8054-0.0997-0.49620.1570.33750.108-0.46310.03990.2263-0.05470.2016-0.0102-0.03630.22780.01750.2342-2.8514-18.6001-0.2317
122.7851-2.42580.77027.06130.99323.8724-0.2275-0.5181-0.09680.04560.12640.2537-0.0775-0.35410.18170.1739-0.0209-0.04580.21410.01830.1744-13.5422-15.0207-3.3836
137.20232.7333-2.97544.984-4.23119.0806-0.2203-0.49330.81320.0601-0.19860.2231-0.5576-0.28160.35330.29730.0956-0.11690.2704-0.13540.3879-11.703-1.44611.0644
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156.16441.53791.12025.31251.07564.0472-0.21030.04010.46060.15730.0214-0.8956-0.51040.79940.18150.3747-0.0865-0.12530.3147-0.02940.47011.4866-2.1579-1.184
160.06120.91110.04918.59550.29450.0497-0.0432-0.5854-0.08521.10550.18910.21980.0533-0.4314-0.18190.5357-0.0027-0.0150.65110.08320.3245-13.7301-22.59347.8143
173.0517-0.1170.27931.76290.38363.5864-0.075-0.0599-0.08030.271-0.0307-0.00090.15080.07090.09930.3756-0.0106-0.0470.18980.02170.18052.579-18.091242.058
182.9954-0.2630.4274.58630.14590.3345-0.0264-0.1731-0.38560.40270.0306-0.09380.86290.1586-0.00570.64090.0498-0.03620.25270.01470.27083.7445-30.427439.9301
194.07531.7687-1.16025.11770.88763.67480.05120.2082-0.7118-0.0364-0.041-0.5021.08670.6135-0.27690.95710.2066-0.0560.465-0.19890.446911.1323-35.205325.5198
精密化 TLSグループ
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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