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Yorodumi- PDB-8rb6: Structure of Aldo-Keto Reductase 1C3 (AKR1C3) in complex with an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8rb6 | ||||||
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Title | Structure of Aldo-Keto Reductase 1C3 (AKR1C3) in complex with an inhibitor M689, with the 3-hydroxy-benzoisoxazole moiety. Resolution 2.0A | ||||||
Components | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / AKR1C3 / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / macromolecule metabolic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / RA biosynthesis pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to nutrient / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Frydenvang, K. / Mirza, O.A. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2024 Title: Structure-guided optimization of 3-hydroxybenzoisoxazole derivatives as inhibitors of Aldo-keto reductase 1C3 (AKR1C3) to target prostate cancer. Authors: Pippione, A.C. / Kovachka, S. / Vigato, C. / Bertarini, L. / Mannella, I. / Sainas, S. / Rolando, B. / Denasio, E. / Piercy-Mycock, H. / Romalho, L. / Salladini, E. / Adinolfi, S. / Zonari, ...Authors: Pippione, A.C. / Kovachka, S. / Vigato, C. / Bertarini, L. / Mannella, I. / Sainas, S. / Rolando, B. / Denasio, E. / Piercy-Mycock, H. / Romalho, L. / Salladini, E. / Adinolfi, S. / Zonari, D. / Peraldo-Neia, C. / Chiorino, G. / Passoni, A. / Mirza, O.A. / Frydenvang, K. / Pors, K. / Lolli, M.L. / Spyrakis, F. / Oliaro-Bosso, S. / Boschi, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8rb6.cif.gz | 381.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8rb6.ent.gz | 320.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8rb6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8rb6_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8rb6_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 8rb6_validation.xml.gz | 26.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8rb6_validation.cif.gz | 36.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rb6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6f2uS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36906.230 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P42330, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid ...References: UniProt: P42330, Oxidoreductases; Acting on the CH-OH group of donors; With NAD+ or NADP+ as acceptor, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, prostaglandin-F synthase, 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+), testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) #2: Chemical | #3: Chemical | Mass: 318.326 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C19H14N2O3 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43 % |
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Crystal grow | Temperature: 279 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 / Details: 0.1 M MESH, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX IV / Beamline: BioMAX / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 22, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→61.85 Å / Num. obs: 42384 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 296998 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Num. measured all: 21558 / Num. unique obs: 3131 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.652 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I) obs: 3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6f2u Resolution: 2→61.85 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.42 / Phase error: 26.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→61.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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