PDB-8rax: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_G674D/MSH...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rax

タイトル

The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_G674D/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation, nucleotide free

要素

DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*A)-3')
DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')
DNA mismatch repair protein Msh2
DNA mismatch repair protein Msh3

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA binding / DNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.162 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Costanzi, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. ...

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rax.cif.gz	745.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rax.ent.gz	603.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rax.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rax	HTTPS FTP

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類似性 (1)
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登録構造単位

A: DNA mismatch repair protein Msh2

B: DNA mismatch repair protein Msh3

C: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*A)-3')

224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.899, 90.998, 96.162
Angle α, β, γ (deg.)	67.68, 86.73, 73.86
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh2 分子量: 104919.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh3 分子量: 104289.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20585
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PAPTPCPTPGPAPAPGPCPCPGPAPTPCPGPAPTPG)-3') 分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPAPTPCPGPAPTPCPGPCPAPGPCPTPTPCPAPGPAPTPA)-3') 分子量: 7369.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M MES pH 6.5 -7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 20 - 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.162→75.93 Å / Num. obs: 31196 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 3.162→3.217 Å / Num. unique obs: 1540 / CC_1/2: 0.786

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.162→75.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 86.631 / SU ML: 0.637 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.647 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29247	1521	4.9 %	RANDOM
R_work	0.25734	-	-	-
obs	0.25901	29667	90.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 118.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.06 Å²	-3.11 Å²	2.63 Å²
2-	-	0.42 Å²	0.07 Å²
3-	-	-	-3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.162→75.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13116	816	0	35	13967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	13440
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.26	1.6	18381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	1.624	28314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.688	5	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.517	22.985	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.741	15	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.928	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.566	5.608	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.566	5.607	6566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.037	8.409	8172
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.037	8.41	8173
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.339	5.568	6873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.339	5.569	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.655	8.35	10210
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.955	65.06	14257
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.951	65.052	14255
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.162→3.244 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	109	-
R_work	0.349	2193	-
obs	-	-	90.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2621	-0.9537	2.3147	6.022	1.5764	8.0694	-0.1058	-0.5728	0.1514	0.5409	0.4901	-0.5222	0.4036	0.3474	-0.3842	0.4791	0.1583	0.0567	0.1246	-0.0286	0.1041	1.027	-2.847	27.739
2	0.6222	-0.8495	1.8194	5.5025	-0.3945	10.8076	0.2562	-0.004	-0.2159	-0.4857	-0.4845	-0.0516	0.615	0.4669	0.2284	0.7151	0.1085	0.0749	0.1894	0.2336	0.3845	10.694	-19.706	2.787
3	147.6333	101.3271	18.9803	69.5566	13.0276	2.4402	-0.11	0.5893	-1.7141	-0.038	0.3286	-1.1593	-0.0155	0.0706	-0.2187	0.6276	0.0189	0.2161	0.7767	0.259	0.7858	24.855	-13.433	0.911
4	3.7502	0.3507	-0.2329	6.8537	-3.1691	9.0897	0.0202	-0.164	-0.4364	-0.4123	-0.2885	-0.47	1.1288	0.444	0.2683	0.6381	0.1898	0.1119	0.2234	0.1632	0.1594	11.409	-25.642	10.562
5	13.76	3.374	0.8898	1.9962	2.1228	3.3359	-0.4424	0.3484	0.2024	-0.0918	0.0275	0.4012	0.3026	-0.3059	0.4148	1.1454	-0.198	-0.0517	0.4111	0.3103	0.379	-7.255	-18.324	-9.048
6	2.2317	-1.2541	4.2993	1.6252	-0.6774	12.4469	0.0467	0.1035	0.3347	0.0321	-0.3021	-0.1557	0.5557	-0.9715	0.2555	0.8029	-0.3513	0.211	0.8194	0.182	0.649	-20.742	-29.533	6.957
7	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.5135	0	0	0.5135	0	0.5135	0	0	0
8	6.6992	1.9204	-6.0487	2.9869	3.2625	15.7322	1.0051	0.7681	0.3146	-0.1472	-0.5254	-0.012	-1.6436	-2.2847	-0.4796	1.401	0.07	0.4172	1.5294	0.0682	0.5973	-32.535	-29.003	40.24
9	0.827	-0.728	1.7394	1.0063	-1.0428	4.3863	0.0055	0.0245	0.0445	0.07	-0.3516	0.0825	-0.0112	-0.5753	0.3461	0.7244	0.1101	0.0503	0.9126	-0.0955	0.8321	-37.996	-13.662	50.078
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20	3.8277	2.2048	-0.969	3.8191	0.1387	7.0864	-0.0595	-0.069	0.4933	0.066	0.0475	-0.0516	-0.1975	-0.2411	0.0119	0.517	0.0562	-0.006	0.439	0.1636	0.4256	25.977	23.699	-56.298
21	7.4801	2.1446	1.8474	1.9382	0.2338	5.2461	-0.2307	0.8174	-0.1794	-0.343	0.1874	0.3317	0.0946	-1.5307	0.0434	0.5608	0.1058	0.0493	0.8036	-0.0393	0.1704	-28.768	8.194	20.402
22	6.9945	1.3621	-1.1389	3.5897	-0.5982	0.3297	-0.0389	0.726	-0.4756	-0.0222	0.0928	0.4226	-0.0829	-0.3384	-0.0539	0.5673	0.1237	0.0306	0.5935	0.1093	0.1666	-23.782	11.201	25.124
23	0.3717	1.2179	0.6002	5.0488	-0.8478	10.1613	-0.049	-0.0568	0.1547	-0.0073	-0.3452	0.2917	-0.9065	0.0254	0.3942	0.7817	0.2014	0.1529	0.119	0.1117	0.252	-18.035	19.172	25.982
24	8.5244	-2.8842	20.97	1.0116	-7.0618	51.6651	-1.2959	-1.0675	0.5013	0.4367	0.1414	-0.2368	-2.9701	-2.8679	1.1545	1.2034	-0.0019	-0.1391	1.6084	0.0929	0.9181	-1.594	16.467	15.095
25	5.0889	1.9638	-1.2625	6.0739	-0.4934	8.7058	-0.013	1.2669	0.0635	-0.6268	0.7725	-0.3445	-0.8522	-0.5567	-0.7595	0.9586	0.2812	0.2327	0.4449	0.0593	0.1086	-9.591	24.883	-2.171
26	18.327	-9.8826	9.388	14.0401	6.9978	53.8585	-0.6139	0.3342	-1.2091	-0.9504	-0.8497	0.0576	1.2619	0.1288	1.4636	0.8133	0.1007	0.1251	0.3602	0.0441	0.8309	-7.605	8.258	5.501
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31	8.4213	2.3747	-1.7903	2.0776	-0.2665	3.7676	0.3918	-1.0261	0.5289	0.1862	-0.1075	0.1307	-0.9391	0.8184	-0.2843	0.9392	-0.1035	0.2055	0.2553	-0.0791	0.0695	0.518	34.528	30.152
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37	14.9039	-4.1346	2.6631	17.1231	-5.649	18.8337	0.1804	-0.2403	0.3612	0.098	-0.3042	0.0796	-1.2854	0.7091	0.1239	0.4975	-0.0748	0.193	0.3318	0.0499	0.3386	16.786	31.28	-18.836
38	12.9412	-6.907	-1.5976	10.3495	2.2148	4.681	0.2334	-0.2435	-0.9949	-0.8309	0.5084	-0.8945	-0.6727	2.6711	-0.7419	1.2011	-0.2471	0.38	1.6008	-0.3927	0.491	26.832	16.806	-19.45
39	1.1266	-0.2173	-0.5202	7.4867	-6.1706	5.6736	-0.0201	-0.1474	0.1676	0.1114	-0.3647	-0.4154	-0.2913	0.5041	0.3849	0.5714	0.0417	-0.0499	0.4741	0.0427	0.3646	26.452	8.675	-34.519
40	1.9163	1.195	-1.8509	3.2015	2.8366	9.0766	0.2718	-0.3757	-0.622	1.2334	-0.3835	-0.2002	1.1219	-0.1281	0.1117	1.1279	0.0531	0.2303	0.4664	0.4963	1.0945	-28.867	1.894	43.074
41	3.4012	2.47	-1.3354	3.2874	1.8481	6.2514	-0.043	-0.7549	-0.03	0.9408	-0.7368	0.444	1.6145	-0.5673	0.7797	1.3448	0.0755	0.1864	0.8505	0.1578	0.3541	-27.706	1.962	43.172

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	209 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	297 - 373
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	374 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	468 - 498
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	499 - 523
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	524 - 529
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	530 - 536
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	537 - 543
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	544 - 580
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	581 - 708
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	709 - 749
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	750 - 801
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	824 - 826
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	827 - 874
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	875 - 897
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	898 - 930
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	227 - 274
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	275 - 319
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	320 - 356
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	357 - 363
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	364 - 445
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	446 - 452
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	453 - 474
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	475 - 494
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	495 - 530
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	531 - 613
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	614 - 703
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	704 - 789
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	790 - 841
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	842 - 870
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	877 - 890
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	891 - 998
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	999 - 1006
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	1007 - 1071
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	1072 - 1116
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	6 - 23
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	26 - 47

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)