PDB-8raw: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3_G901...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8raw

タイトル

The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3_G901D) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2

要素

(DNA mismatch repair protein ...) x 2
DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*T)-3')
DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA repair / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Costanzi, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. ...

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8raw.cif.gz	759.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8raw.ent.gz	614.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8raw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8raw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8raw	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似性 (1)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
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類似性 (2)
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類似性 (1)
#131 - 2010年11月
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類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA mismatch repair protein Msh2

B: DNA mismatch repair protein Msh3

C: DNA (5'-D(P*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*T)-3')

ヘテロ分子

224 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.376, 90.396, 96.323
Angle α, β, γ (deg.)	67.90, 86.99, 74.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh2 / hMSH2 / MutS protein homolog 2 分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh3 分子量: 104347.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20585

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPCPTPGPAPAPGPCPCPGPAPTPCPGPAPTPG)-3') 分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPAPTPCPGPAPTPCPGPCPAPGPCPTPTPCPAPGPAPT)-3') 分子量: 7369.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 57分子

#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M MES pH 6.5 -7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 20 - 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→47.3 Å / Num. obs: 53080 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 13.16
反射シェル	解像度: 2.69→2.94 Å / Num. unique obs: 12483 / R_sym value: 0.437

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→47.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 45.76 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26525	765	1.4 %	RANDOM
R_work	0.22834	-	-	-
obs	0.22888	52315	95.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.25 Å²	-0.57 Å²	1.5 Å²
2-	-	0.8 Å²	0.84 Å²
3-	-	-	-2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.69→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13586	774	31	55	14446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	14249
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.604	19457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.079	1.621	30390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.086	5	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.915	23.307	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.155	15	2289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.804	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.547	4.752	6825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.547	4.752	6824
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.979	7.127	8509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.979	7.128	8510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.422	4.786	7424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.422	4.786	7423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.753	7.169	10949
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	1.863	54.867	15188
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.861	54.863	15185
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.488	49	-
R_work	0.4	3930	-
obs	-	-	96.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1637	-2.8002	-0.3473	6.4679	1.8043	5.5807	-0.3227	-0.7677	-0.0033	0.658	0.3212	-0.583	0.4201	0.3015	0.0015	0.25	0.1561	0.0186	0.2314	-0.029	0.2244	0.703	-2.943	27.555
2	4.6382	0.0022	1.6083	7.0111	-1.2845	12.3341	-0.0751	-0.1719	-0.4727	-0.446	-0.2131	-0.268	0.9963	0.4938	0.2881	0.4191	0.1449	0.1233	0.0923	0.1037	0.1402	12.495	-20.095	1.845
3	11.7805	7.6175	1.9713	5.6134	6.437	39.5303	0.2213	-0.085	-0.334	0.2328	0.0251	-0.2146	0.4647	0.8879	-0.2464	0.4964	0.0693	0.0195	0.4826	0.0793	0.6495	26.258	-12.272	3.901
4	4.161	-2.1895	1.3124	8.5338	-3.5325	9.2194	-0.1097	-0.2883	-0.5624	-0.2511	0.1141	-0.2096	0.9584	-0.0366	-0.0044	0.2779	0.1463	0.1421	0.3288	0.051	0.2248	12.068	-25.767	10.351
5	5.5999	3.2077	-0.3927	3.2977	-1.0172	4.7701	0.1666	0.0021	0.3051	-0.0503	-0.1857	0.5133	0.2485	-0.4624	0.0191	0.4752	-0.0479	0.1137	0.2367	-0.0245	0.1708	-6.647	-19.192	-9.16
6	1.9833	-0.7246	-0.1278	3.5337	-1.7914	11.0545	-0.0918	-0.0077	0.2165	-0.1302	0.0914	0.2239	0.1987	-1.2326	0.0004	0.342	-0.2639	0.1554	0.5663	0.0133	0.4128	-20.238	-30.893	6.547
7	13.6632	1.2847	4.3705	10.5552	0.0502	1.4133	0.362	-1.8774	0.3561	0.056	-0.4892	0.5287	0.089	-0.5855	0.1271	0.6624	-0.0158	0.0488	0.707	0.0239	0.592	-30.864	-22.323	23.028
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9	12.9188	-3.0545	-11.4361	12.014	4.6803	10.7097	-0.1082	1.3996	0.8923	0.1022	0.3161	0.2169	0.1142	-1.1931	-0.2079	0.7595	0.6159	0.1983	0.7325	0.1675	1.2303	-37.639	-13.532	49.915
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11	2.8602	-3.6339	-0.4737	33.0328	-25.9136	24.9136	0.5383	-0.5727	0.1146	1.0642	0.3762	1.0212	-1.6027	0.5753	-0.9145	0.5873	0.1006	0.1214	0.7085	0.1266	0.6956	-38.554	-5.747	61.341
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15	9.9263	5.0269	1.9122	2.6005	1.2141	5.3572	-0.4441	-0.0948	0.0617	-0.3479	-0.0338	-0.0397	-0.5515	0.1612	0.4779	0.4572	0.1244	0.2464	0.1376	0.0691	0.2956	13.937	-7.734	-16.584
16	3.7149	0.1826	0.251	2.3097	-1.7166	2.1411	-0.3127	0.1894	0.333	-0.7417	0.2925	-0.0209	0.3765	-0.325	0.0203	0.4802	0.0724	0.0773	0.2496	0.082	0.0711	9.046	-1.407	-29.806
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21	6.2756	0.1661	2.4555	2.6201	0.057	5.606	0.0791	0.1097	-0.1591	-0.5354	0.0026	0.2623	0.3711	-1.0635	-0.0816	0.1935	-0.0224	-0.0005	0.3698	0.0123	0.1335	-29.355	8.105	20.585
22	2.8691	0.0407	-0.7504	2.5771	-0.1961	4.6122	-0.1036	0.1676	-0.2859	-0.2543	0.2204	0.0539	0.1875	-0.582	-0.1167	0.1252	0.0552	0.0346	0.1978	0.0494	0.0519	-24.149	11.188	25.471
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30	3.4471	0.0682	-0.2227	3.5167	2.2235	8.6306	0.251	-0.0114	0.1811	-0.0223	0.0892	-0.0914	-0.3468	0.5135	-0.3402	0.127	0.0037	0.1182	0.1658	-0.0271	0.1203	11.251	27.984	8.531
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38	6.9668	1.7417	1.7326	7.5744	-0.3202	4.5721	0.2008	0.0204	-0.2928	-0.4124	0.4315	-0.9239	-0.2744	1.1147	-0.6323	0.3192	-0.0009	0.2331	0.4246	-0.1687	0.2821	26.114	17.894	-20.54
39	1.7922	0.3722	0.1263	10.9243	-10.046	12.0152	-0.2215	0.0672	0.3301	-0.0599	-0.1796	-0.2425	-0.8946	0.4612	0.4011	0.5744	0.0489	0.0821	0.4031	0.0367	0.1915	26.55	9.089	-34.488
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	204 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	211 - 296
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8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	468 - 498
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	499 - 523
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	524 - 529
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	530 - 536
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	537 - 543
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	544 - 580
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	581 - 708
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	709 - 749
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	750 - 821
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	822 - 826
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	827 - 874
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	875 - 897
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	898 - 930
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	227 - 274
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	275 - 319
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	320 - 356
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	357 - 363
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	364 - 445
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	446 - 452
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	453 - 474
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	475 - 494
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	495 - 530
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	531 - 613
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	614 - 703
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	704 - 789
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	790 - 841
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	876 - 890
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	891 - 998
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	999 - 1006
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	1007 - 1071
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	1072 - 1116
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	7 - 23
41	X-RAY DIFFRACTION	41	D	26 - 46

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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