PDB-8rav: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rav

タイトル

The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2

要素

(DNA mismatch repair protein ...) x 2
DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA repair / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. ...

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8rav.ent.gz	630.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rav_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rav_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8rav_validation.xml.gz	65.3 KB	表示
CIF形式データ	8rav_validation.cif.gz	86.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rav	HTTPS FTP

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関連構造データ

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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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類似性 (1)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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登録構造単位

A: DNA mismatch repair protein Msh2

B: DNA mismatch repair protein Msh3

C: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.599, 91.120, 96.482
Angle α, β, γ (deg.)	67.56, 86.81, 74.64
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh2 / hMSH2 / MutS protein homolog 2 分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質	DNA mismatch repair protein Msh3 分子量: 104289.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P20585

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPTPAPTPCPTPGPAPAPGPCPCPGPAPTPCPGPAPTPG)-3') 分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖	DNA (5'-D(TPCPAPTPCPGPAPTPCPGPCPAPGPCPTPTPCPAPGPAPTPAPGPG)-3') 分子量: 7369.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M MES pH 6.5 -7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 20 - 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99989 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→44.94 Å / Num. obs: 57658 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 1.8 % / R_sym value: 0.031 / Net I/σ(I): 14.81
反射シェル	解像度: 2.63→2.88 Å / Num. unique obs: 13737 / R_sym value: 0.464

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→44.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 43.554 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.877 / ESU R Free: 0.38 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28409	830	1.4 %	RANDOM
R_work	0.23898	-	-	-
obs	0.23965	56828	96.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 102.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.96 Å²	-2.01 Å²	2.2 Å²
2-	-	-1.39 Å²	-0.36 Å²
3-	-	-	-0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.63→44.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13698	899	41	50	14688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	14455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	13379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.272	1.6	19756
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.082	1.626	30616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.963	5	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.791	22.896	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.141	15	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.791	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	4.017	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.563	4.015	6875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.015	6.021	8574
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.015	6.024	8575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.507	4.039	7579
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.497	4.039	7577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.669	6.052	11183
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.384	46.223	15441
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.384	46.219	15441
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.63→2.698 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.418	54	-
R_work	0.397	4189	-
obs	-	-	95.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1559	-1.0715	0.7303	7.5474	1.7216	4.324	-0.1406	-0.664	0.2963	0.6648	0.1743	-0.4479	0.2579	0.0141	-0.0337	0.5032	0.2251	-0.0223	0.4319	-0.0005	0.2027	0.903	-2.492	27.694
2	4.6177	-0.0876	1.5311	8.8741	-0.7594	11.1506	0.1087	0.033	-0.4404	-0.4155	-0.3282	-0.423	0.6906	0.333	0.2195	0.6017	0.225	0.0951	0.3472	0.1734	0.1446	11.595	-20.065	2.434
3	18.7157	31.2048	-4.1864	54.6948	-17.3433	42.3164	-0.3841	0.7642	-0.2765	-0.669	1.1698	-0.2759	0.6184	-0.5044	-0.7857	0.5878	0.0122	-0.0227	0.7544	0.0351	0.8881	25.429	-12.323	1.385
4	4.6084	-0.3031	0.5411	6.0162	-3.0007	7.2386	-0.0465	-0.1186	-0.5363	-0.2272	-0.1931	-0.3801	0.6665	0.331	0.2395	0.5792	0.2779	0.1434	0.507	0.1772	0.2491	11.833	-25.684	10.633
5	8.8741	5.3465	-0.0195	3.3665	0.1344	3.1453	-0.4736	-0.0412	0.1361	-0.4752	0.0996	0.2267	0.4391	-0.8097	0.374	0.9573	-0.0144	0.016	0.6203	0.1564	0.2132	-6.763	-19.328	-8.974
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精密化 TLSグループ

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22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	275 - 319
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39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	1072 - 1116
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	4 - 23
41	X-RAY DIFFRACTION	41	D	26 - 49

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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