PDB-8raq: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 with S-aden...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8raq

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis MmaA1 with S-adenosyl methionine (SAM)

要素

Mycolic acid methyltransferase MmaA1

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / enzyme / fatty acid / bacterium / pathogen

機能・相同性

機能・相同性情報

cis-trans isomerase activity / mycolic acid biosynthetic process / lipid biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Chaudhary, B. / Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Mazumdar, P.A. / Madhurantakam, C. / Dong, G.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2025
タイトル: Crystal structures of the mycolic acid methyl transferase 1 (MmaA1) from Mycobacterium tuberculosis in the apo-form and in complex with different cofactors reveal unique features for substrate binding.
著者: Chaudhary, B. / Kobakhidze, G. / Wachelder, L. / Mazumdar, P.A. / Dong, G. / Madhurantakam, C.

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年6月4日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8raq.cif.gz	418.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8raq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8raq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8raq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8raq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8rbdC 8rbeC 8rblC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

A0A0: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

67.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
34 kDa, 1 ポリマー
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2

A0A0: Mycolic acid methyltransferase MmaA1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.384, 74.734, 96.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.740, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AA0A0

#1: タンパク質	Mycolic acid methyltransferase MmaA1 分子量: 33325.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: mmaA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPB1

-
非ポリマー , 5種, 835分子

#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 30% (w/v) polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 115716 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 17.29 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 1.095 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 11519 / CC_1/2: 0.6 / CC star: 0.866 / R_pim(I) all: 0.599 / R_rim(I) all: 1.253 / % possible all: 99.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHENIX	1.20.1-4487-000	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→19.94 Å / SU ML: 0.1438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4834
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1713	2000	1.73 %
R_work	0.1497	113716	-
obs	0.15	115716	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4424	0	83	826	5333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0109	4610
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1222	6234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0855	668
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	810
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0293	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.349	141	0.2999	7976	X-RAY DIFFRACTION	98.11
1.43-1.47	0.3141	143	0.2659	8172	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.47-1.52	0.264	143	0.2327	8042	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.52-1.56	0.2298	145	0.2189	8104	X-RAY DIFFRACTION	99.3
1.56-1.62	0.2212	135	0.1863	8010	X-RAY DIFFRACTION	98.79
1.62-1.68	0.2073	149	0.1672	8144	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.68-1.76	0.1812	141	0.157	8136	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.76-1.85	0.1646	144	0.1516	8150	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.85-1.97	0.1742	143	0.1452	8144	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.97-2.12	0.1674	144	0.1375	8110	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.12-2.34	0.155	140	0.1323	8169	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.34-2.67	0.1607	144	0.1337	8170	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.67-3.36	0.1564	145	0.1404	8147	X-RAY DIFFRACTION	99.33
3.36-19.94	0.1476	143	0.1365	8242	X-RAY DIFFRACTION	99.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.20029530984	-1.15330852965	-0.0358520009359	1.29014693839	0.666883229711	1.4821808645	0.094889297962	0.0530577780751	-0.13308960681	-0.0746471494747	-0.124656913441	0.124704852645	-0.133511429044	-0.0961570442303	0.0112444350669	0.155173372072	0.00304578213468	-0.0184835246576	0.145153030126	-0.00992079729088	0.155763235691	17.3524274116	-29.0795767454	-39.4897085826
2	1.45813278605	-0.837507866418	-0.0539912064079	2.9925451922	0.466991075833	1.39089101507	0.0372243694062	0.0893426486006	0.128946983863	-0.225207912644	0.0389481440958	-0.196760214327	-0.265892279406	0.13566607013	-0.0602004393611	0.184445661789	-0.0347908223429	0.0106129291029	0.174665595738	-0.00270009499212	0.152063809088	33.8053916801	-29.4465395737	-45.5308095685
3	0.26073754778	-0.00978178572374	-0.0533932961373	0.931772019379	0.572747781964	1.36076761093	0.00633256615819	0.0332195036064	-0.0509473373185	-0.113599789778	-0.0637220536719	0.0652644694018	-0.0259325206991	-0.068593079045	0.064325445588	0.118817022551	-0.00254149812259	-0.0205890488809	0.142498987324	-0.018063157262	0.142782398216	22.3751389718	-44.0006492249	-47.0216276139
4	1.09303448479	0.114906207542	0.39011512415	1.40348621416	0.131793076955	1.94565155025	0.0116139392208	-0.0671698223865	-0.161276957503	0.0818142423293	-0.0157418443551	0.0212086673162	0.180391960452	0.0397452181836	0.00576084798086	0.136183262673	0.0021568786799	-0.00227419461256	0.14279167764	0.0118657857897	0.173105482221	31.1473459816	-48.656077382	-35.2820387443
5	1.90770194778	0.882443880507	-0.22147580624	3.04946663499	0.566788823908	3.78866670623	0.0644585122621	-0.0743795408519	-0.248607942294	0.010230974886	0.201934503127	-0.444481605001	0.319086872413	0.00674635993888	-0.208415319293	0.225100297166	-0.0107528677355	-0.0183584120904	0.222330411803	-0.0441461165726	0.222114741027	40.1192273283	-30.2619434188	-16.7851005022
6	1.82541680969	-1.48587690953	-0.878625254227	2.21015941943	0.714121523146	0.535112050757	-0.15567759647	-0.274018401665	-0.169359150642	0.128507016472	0.165668200813	0.290357677139	0.119184444359	-0.014073218479	-0.0195816461836	0.211421489264	-0.0203822536053	-0.0202721991386	0.272253077875	0.0378872404689	0.197838904791	23.8281634139	-31.3258080698	-19.8931869889
7	0.820651015899	-0.479786081095	-0.15294758174	0.983666821116	0.124811844718	0.291200419564	-0.0143529005272	-0.107541089463	0.0103666470858	0.072091021569	0.0384750924141	-0.07028799155	-0.0176327873956	0.0574999779197	-0.0297170054828	0.131477664031	-0.00989661211689	-0.0225094826409	0.160410605939	-0.00519038344374	0.124417174939	28.46303503	-30.0398219438	-31.5552949377
8	3.2654046293	0.311356109666	-1.23853729583	2.48853376509	0.669964348559	1.44576401184	0.0550774652414	-0.00695998397838	0.0858426249585	-0.302918447003	0.136823193019	-0.389372449946	-0.174979437277	0.142977722241	-0.124321552453	0.25761324912	-0.0428858968596	0.0897915394793	0.199238826845	-0.0587245192888	0.229365170343	22.3052808271	0.397149833785	-21.1721202975
9	1.52733693448	-0.658181339262	-1.10044103968	2.02030863097	1.09521027226	2.95324668348	0.125389038326	0.289932399769	0.0928691847409	-0.661128162755	-0.124946873157	0.0148842652478	-0.325271531597	-0.209045541553	0.0108059443877	0.319633015092	0.0267246882476	0.00748163914224	0.218267221108	-0.00301508577878	0.167896252035	6.13315623537	6.65649483094	-24.3272580283
10	1.23560821252	-0.146220106084	-0.328429351686	1.60260001641	0.272306415456	1.04269673778	0.0694379671172	0.0641231056204	0.16910618987	-0.22714696216	0.0918003862787	-0.204203309199	-0.223651934374	0.0655301719193	-0.151146987022	0.239564906281	-0.0385023794031	0.0749464770286	0.161268080033	-0.031700791535	0.20485341691	16.8148297675	13.7834002567	-13.1872545325
11	1.36108362311	-0.0180348292612	-0.497863745665	0.410418857492	0.518131485108	0.822026598094	0.111590735514	-0.144420040896	0.216346902684	0.0994969341457	0.0914592719305	-0.221720012711	-0.267514687422	0.230609662729	-0.195272059884	0.235642886959	-0.0313257086735	0.0399597557218	0.216108334974	-0.0685906380834	0.250685870867	16.7585447425	15.4400587317	-3.83812471059
12	0.952351655671	0.0990262658023	-0.699688027263	1.47155864764	0.680837757845	2.04657477067	-0.0934111701611	-0.0960446164807	-0.0858124628225	0.233147690451	0.0356663411301	-0.0658671419829	0.321829145787	0.145298200408	0.0380197739635	0.215842965669	0.0108732238106	0.0206382701857	0.167447766083	-0.015980844577	0.176226925429	8.98818381718	3.28896422727	-1.12636380904
13	0.0844164382956	0.24652887478	0.0871570432063	0.687678415407	0.283574705977	0.227313592152	0.0027819548157	-0.0352502409336	0.00131139082664	0.00807384430051	0.017787454052	-0.0195530319712	-0.00113195932716	-0.0431553678185	-0.016526845679	0.215445174604	-0.0110943419503	0.0338672659755	0.195860297834	-0.00767000287029	0.190128187944	0.684309731313	-6.73518099061	-8.82256159078
14	2.72453043878	-1.14739006281	-0.945476078657	1.9273205258	0.669588843988	1.64459536144	-0.0601360169956	-0.360312069447	-0.062346588923	0.348133968378	0.0807018876911	0.0170094762602	-0.0940441883864	0.458044141569	0.00436879508913	0.279480907074	-0.00668552989543	0.0110690157102	0.287813092116	0.0232199955073	0.184660116465	14.6281532991	-15.8194603587	-10.796691577
15	0.670939398044	-0.499909961086	-0.26258306501	1.77398694796	1.20428225128	1.24957727351	-0.00705856002468	0.0961956960337	-0.0432846877954	-0.0170284632212	-0.0678491826845	0.10274910871	0.0113855530722	-0.120320155794	0.0856224735033	0.170500523253	-0.0261415055486	0.0127717007737	0.144451915491	-0.00754224053686	0.14971476374	9.22096912251	-3.37573790118	-16.9783563589
16	0.571107755637	-0.322000303282	-0.512913586529	1.03774188958	0.781930010045	0.899615912799	-0.0467419969138	-0.0608175587068	-0.0312477726783	0.0759821341834	0.0428590475285	0.0266552112919	0.0519680376567	0.048702498766	0.0139214077607	0.187686673622	-0.0151276945202	0.0126725769132	0.183298124825	-0.0105272514574	0.164538094019	12.5592823285	-9.07195603355	-17.7152133553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|16-34 }	A	1 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|35-59 }	A	20 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|60-124 }	A	45 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|125-170 }	A	110 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|171-184 }	A	156 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|185-206 }	A	170 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|207-286 }	A	192 - 271
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A0A0\|16-34 }	H	1 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A0A0\|35-59 }	H	20 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A0A0\|60-109 }	H	45 - 94
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A0A0\|110-130 }	H	95 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A0A0\|131-156 }	H	116 - 141
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A0A0\|157-184 }	H	142 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A0A0\|185-206 }	H	170 - 191
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A0A0\|207-252 }	H	192 - 237
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A0A0\|253-286 }	H	238 - 271

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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