PDB-8rah: Crystal structure of class Ie ribonucleotide reductase R2 subunit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rah

タイトル

Crystal structure of class Ie ribonucleotide reductase R2 subunit with post-translational modification of Y150 into a DOPA from Gardnerella vaginalis

要素

ribonucleoside-diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase R2e / Class Ie RNR / ferritin-like superfamily / NrdF / RNR beta-subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gardnerella vaginalis ATCC 14019 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

John, J. / Hogbom, M.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Characterization of a second class Ie ribonucleotide reductase.
著者: John, J. / Lundin, D. / Branca, R.M. / Kumar, R. / Srinivas, V. / Lebrette, H. / Hogbom, M.

履歴

登録	2023年12月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8rah.ent.gz	456.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8rah_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rah_full_validation.pdf.gz	466 KB	表示
XML形式データ	8rah_validation.xml.gz	59.5 KB	表示
CIF形式データ	8rah_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/8rah	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8ragC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ribonucleoside-diphosphate reductase

B: ribonucleoside-diphosphate reductase

C: ribonucleoside-diphosphate reductase

D: ribonucleoside-diphosphate reductase

171 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ribonucleoside-diphosphate reductase

C: ribonucleoside-diphosphate reductase

登録者が定義した集合体
根拠: homology
85.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ribonucleoside-diphosphate reductase

D: ribonucleoside-diphosphate reductase

登録者が定義した集合体
85.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	173.710, 173.710, 157.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	ribonucleoside-diphosphate reductase 分子量: 42844.707 Da / 分子数: 4 / 変異: Y151DAH / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gardnerella vaginalis ATCC 14019 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF0421_21333 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E3D8A3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 754 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.9 % / 解説: transparent rhombohedron
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus G4 condition (0.1 M Carboxylic acids, 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5, 37.5% v/v Precipitant Mix 4) + 4% tert-butanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.68 Å / Num. obs: 215066 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 16.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1316 / R_pim(I) all: 0.03279 / R_rim(I) all: 0.1357 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 4.584 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 21342 / CC_1/2: 0.271 / CC star: 0.653 / R_pim(I) all: 1.275 / R_rim(I) all: 4.761 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→49.68 Å / SU ML: 0.2844 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4292
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1892	1839	0.86 %
R_work	0.171	212458	-
obs	0.1712	214297	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10562	0	0	754	11316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	10950
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7585	14875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	1631
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.0992	4085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.4367	136	0.405	15586	X-RAY DIFFRACTION	95.62
1.95-2.01	0.3188	142	0.3361	16252	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.01-2.07	0.3178	142	0.2813	16271	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.07-2.15	0.2186	137	0.2474	16288	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.15-2.23	0.2585	141	0.2309	16310	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.23-2.34	0.2294	137	0.1909	16288	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.34-2.46	0.19	142	0.1744	16339	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.46-2.61	0.2037	140	0.1705	16421	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.61-2.81	0.1951	142	0.1771	16353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.1	0.1781	143	0.1834	16450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.55	0.1977	142	0.1673	16448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-4.47	0.1553	145	0.1407	16537	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-49.68	0.1703	150	0.1473	16915	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.11720780128	-0.495508158079	0.34552208365	2.27467237226	-0.108630344617	1.79816146263	-0.0500738613346	0.216695546606	-0.181835566248	-0.249603649775	-0.036355840223	0.205475825595	0.173318509729	-0.117512570227	0.0703608941694	0.554903661402	-0.118833933543	0.0183596994672	0.378038422898	-0.0263659009866	0.429469086357	75.523	-29.945	-84.06
2	1.22566346902	0.667702321826	1.89568467546	2.36891585532	1.34776107776	6.89180850607	-0.00708993898855	-0.0776681888704	-0.01293193305	0.201230952844	0.00617385808642	-0.0374019717716	-0.140236062465	-0.0141484293821	-0.0115124395286	0.36328281674	0.00318364224495	0.0973712957904	0.273863872209	0.00502806749416	0.328521262738	82.514	-20.511	-51.898
3	0.645425581552	0.260399280939	0.483067771911	0.931842494634	0.112061655278	1.88128986149	-0.0790097460665	0.00108420789799	-0.056203665663	0.134139029607	0.0696664086819	0.035763972496	-0.0276759873828	0.0493867704642	0.00928573574113	0.485303156977	0.00066481378641	0.0682741381436	0.35572953342	-0.00317765653553	0.427801919496	83.088	-26.889	-54.422
4	0.92540538243	0.568261280017	0.397686965173	2.0283672435	0.510802371934	1.87852120795	-0.0431828005107	-0.0407430510975	-0.040074227319	0.144749253316	-0.0110820081283	0.248820222371	-0.00117241391437	-0.253080747551	0.0487257636685	0.44471965723	0.0129665958746	0.0917548186961	0.410025856852	-0.0108178959737	0.440302049666	69.067	-26.594	-54.225
5	3.76548252738	2.18241701001	3.7237239425	2.65092433337	2.78955790861	6.31892178526	0.0864451459486	-0.644093833967	0.138846382064	0.536572640117	-0.157469508022	0.370965471015	0.133061599825	-0.680638968593	0.135077601993	0.587780227303	0.0413787529007	0.172711157844	0.560311538077	-0.0331554603684	0.522810006073	64.316	-22.475	-44.019
6	1.53343677568	1.03444388814	-0.0838984895804	2.72490189541	0.193926944594	2.04667644265	-0.210981313342	0.523746811541	-0.0440015179294	-0.274463463172	0.210200306733	-0.204201345022	-0.153025653701	0.378685540134	-0.0165040662761	0.444029433172	-0.198372535811	0.027269007781	0.710437293846	-0.0139044257308	0.410009543738	70.837	-63.867	-111.105
7	3.14640031338	0.940008301252	-3.07539872612	0.987800269686	0.219144776529	6.91790837003	0.0989480621124	-0.160689136924	0.0266592629544	0.118519234361	-0.0972008293578	0.0487423501	-0.00255961707026	0.0354154415957	-0.004197336153	0.397395597304	-0.0527470002212	-0.0287722827861	0.331327879913	0.0462944058104	0.390286199645	59.16	-65.265	-78.782
8	1.16904698171	0.332395725493	-0.0546769844467	0.77397112713	0.42521768962	1.00989323936	0.0533835293213	-0.0259137336467	0.0457416088028	0.0789433186692	-0.0175774291087	-0.0445676327241	0.0385851957502	-0.0469152021974	-0.0325798119146	0.46771085791	-0.0984658742652	-0.00360853169332	0.419945290084	0.0168881367572	0.437153184619	63.202	-60.295	-81.07
9	2.45361302951	0.777180538404	-0.87252770402	0.766983397896	-0.217352998379	2.27170073012	0.0331285824927	-0.104573003562	-0.174005821268	0.128744095699	-0.0599037318633	-0.110808730257	0.195478974776	0.0481308317835	0.0292068571635	0.46752204659	-0.0354194072857	-0.0370085250839	0.340935817548	0.0355045905822	0.417808155588	73.097	-70.728	-81.052
10	7.56690590704	-0.336941514633	-5.73020751109	2.8537256823	-1.0843287314	7.67357135431	0.0202347177766	-0.884246659604	-0.485382174775	0.48061856024	0.0558363189589	-0.0121205732516	0.360108276473	0.384727547501	-0.0433906020684	0.570837647169	-0.079343904637	-0.091038645493	0.469575020195	0.116619476189	0.462601356926	73.14	-76.899	-70.654
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12	0.772076364961	-0.50665018897	0.90454762881	3.18524658141	-1.97024575898	4.25136181508	-0.0603918963387	0.0980715970265	-0.0030061589373	-0.418171684561	0.0304832207438	0.0731816021525	0.0785919613164	0.0663855758822	0.0273566454193	0.471142670984	-0.086210428469	0.0463430602768	0.349160156219	-0.0390419174408	0.348316331776	83.15	-16.181	-84.032
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22	2.35233867965	1.67294591384	1.20170550348	7.22126401331	4.35777781024	5.34674495779	-0.390238999478	0.591528303114	0.259794572053	-1.12200720606	0.115111405194	0.539519163837	-0.90390355897	-0.297776047995	0.26465249922	0.678644717458	-0.101771305337	-0.140576883347	0.680798813113	0.147730197006	0.473683101128	46.529	-53.194	-120.094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 8:73 )	A	8 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 74:129 )	A	74 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 130:188 )	A	130 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 189:285 )	A	189 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 286:332 )	A	286 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 8:73 )	B	8 - 73
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 74:129 )	B	74 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 130:188 )	B	130 - 188
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 189:285 )	B	189 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 286:332 )	B	286 - 332
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 8:73 )	C	8 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 74:129 )	C	74 - 129
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 130:188 )	C	130 - 188
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 189:254 )	C	189 - 254
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 255:285 )	C	255 - 285
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 286:332 )	C	286 - 332
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 8:73 )	D	8 - 73
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 74:129 )	D	74 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 130:188 )	D	130 - 188
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 189:254 )	D	189 - 254
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 255:285 )	D	255 - 285
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 286:332 )	D	286 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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