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- PDB-8r9r: GDP-bound state of S. putrefaciens FlhF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r9r
タイトルGDP-bound state of S. putrefaciens FlhF
要素Flagellar biosynthesis protein FlhF
キーワードSIGNALING PROTEIN / Flagellum / Assembly / motility / GTP-binding / GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum organization / signal recognition particle binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein transport / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar biosynthesis protein FlhF / : / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Flagellar biosynthesis protein FlhF
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella putrefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Mais, C.N. / Dornes, A. / Bange, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)495924434 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Structure of the GDP-bound state of the SRP GTPase FlhF.
著者: Dornes, A. / Mais, C.N. / Bange, G.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthesis protein FlhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7322
ポリマ－32,2891
非ポリマー4431
水181
1
A: Flagellar biosynthesis protein FlhF
ヘテロ分子

A: Flagellar biosynthesis protein FlhF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4644
ポリマ－64,5782
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.920, 73.920, 159.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthesis protein FlhF


分子量: 32288.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella putrefaciens (バクテリア)
遺伝子: Sputcn32_2561 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4Y8J9
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M citric acid, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→40.97 Å / Num. obs: 100474 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 35.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1142 / Rpim(I) all: 0.01971 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 21.75
反射 シェル解像度: 2.42→2.507 Å / Rmerge(I) obs: 2.228 / Num. unique obs: 1001 / CC1/2: 0.754 / Rpim(I) all: 0.3613 / Rrim(I) all: 2.258

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→40.97 Å / SU B: 18.967 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.492 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25034 524 5 %RANDOM
Rwork0.2062 ---
obs0.20844 9955 99.81 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å2-0 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 28 0 1 1965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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