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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r9d | ||||||
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タイトル | Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 399 fs time delay | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE / Free-electron laser / time-resolved crystallography / serial crystallography | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barends, T. / Schlichting, I. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Influence of pump laser fluence on ultrafast myoglobin structural dynamics. 著者: Barends, T.R.M. / Gorel, A. / Bhattacharyya, S. / Schiro, G. / Bacellar, C. / Cirelli, C. / Colletier, J.P. / Foucar, L. / Grunbein, M.L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Holton, J.M. / ...著者: Barends, T.R.M. / Gorel, A. / Bhattacharyya, S. / Schiro, G. / Bacellar, C. / Cirelli, C. / Colletier, J.P. / Foucar, L. / Grunbein, M.L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Holton, J.M. / Johnson, P.J.M. / Kloos, M. / Knopp, G. / Marekha, B. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Ozerov, D. / Stricker, M. / Weik, M. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Milne, C.J. / Huix-Rotllant, M. / Cammarata, M. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8bkhC ![]() 8bknC ![]() 8r8fC ![]() 8r8gC ![]() 8r8hC ![]() 8r8iC ![]() 8r8jC ![]() 8r8wC ![]() 8r8xC ![]() 8r8yC ![]() 8r8zC ![]() 8r90C ![]() 8r91C ![]() 8r92C ![]() 8r93C ![]() 8r94C ![]() 8r95C ![]() 8r9cC ![]() 8r9eC ![]() 8r9fC ![]() 8r9gC ![]() 8r9hC ![]() 8r9iC ![]() 8r9jC ![]() 8r9kC ![]() 8r9lC ![]() 8r9mC ![]() 8r9nC ![]() 8r9pC ![]() 8r9qC ![]() 8ra1C ![]() 8ra2C ![]() 8ra3C ![]() 8ra4C ![]() 8ra5C ![]() 8ra6C ![]() 8ra7C ![]() 8ra8C ![]() 8ra9C ![]() 8raaC ![]() 8rabC ![]() 8racC ![]() 8radC ![]() 8raeC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16926.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 3.1 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→10 Å / Num. obs: 25103 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 83 % / Biso Wilson estimate: 14.26 Å2 / CC star: 0.981 / R split: 0.229 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.35 Å / Num. unique obs: 1925 / R split: 0.881 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→9.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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