PDB-8r97: Crystal structure of the cryorhodopsin CryoR2 at pH 4.6, type B c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r97

タイトル

Crystal structure of the cryorhodopsin CryoR2 at pH 4.6, type B crystals, non-illuminated state

要素

cryorhodopsin CryoR2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / retinal / rhodopsin / photocycle

機能・相同性

EICOSANE / OLEIC ACID / PHOSPHATE ION / RETINAL

機能・相同性情報

生物種

Subtercola sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kovalev, K. / Lamm, G.H.U. / Marin, E.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoRhodopsins: a new clade of microbial rhodopsins from cold environments
著者: Lamm, G.H.U. / Marin, E. / Guskov, A. / Kovalev, K.

履歴

登録	2023年11月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r97.cif.gz	545 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r97.ent.gz	447.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r97_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r97_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	8r97_validation.xml.gz	116.5 KB	表示
CIF形式データ	8r97_validation.cif.gz	142.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/8r97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/8r97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r96C 8r98C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (2)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#199 - 2016年7月
モネリン (Monellin)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cryorhodopsin CryoR2

B: cryorhodopsin CryoR2

C: cryorhodopsin CryoR2

D: cryorhodopsin CryoR2

E: cryorhodopsin CryoR2

H: cryorhodopsin CryoR2

G: cryorhodopsin CryoR2

F: cryorhodopsin CryoR2

I: cryorhodopsin CryoR2

K: cryorhodopsin CryoR2

ヘテロ分子

362 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cryorhodopsin CryoR2

B: cryorhodopsin CryoR2

C: cryorhodopsin CryoR2

D: cryorhodopsin CryoR2

E: cryorhodopsin CryoR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: cryorhodopsin CryoR2

G: cryorhodopsin CryoR2

F: cryorhodopsin CryoR2

I: cryorhodopsin CryoR2

K: cryorhodopsin CryoR2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.763, 84.984, 296.404
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	cryorhodopsin CryoR2 分子量: 34973.539 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Subtercola sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	... ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₀H₂₈O / 由来: (組換発現) Subtercola sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₄O₂
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.2M Na/K-Pi pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.718→74.351 Å / Num. obs: 67679 / % possible obs: 67.67 % / 冗長度: 6.57 % / CC_1/2: 0.9984 / R_pim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 6.126
反射シェル	解像度: 2.718→3.046 Å / Num. unique obs: 4230 / CC_1/2: 0.4325 / R_pim(I) all: 1.049

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 36.909 / SU ML: 0.583 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.576 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30083	3192	4.9 %	RANDOM
R_work	0.26576	-	-	-
obs	0.26752	61380	86.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.363 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.83 Å²	-0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21608	0	345	0	21953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	22399
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.015	22192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.107	1.625	30653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.077	1.555	50526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.641	5	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.725	20.36	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.488	15	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.809	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.031	0.2	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	24876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.03	8.801	11486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.03	8.801	11485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.247	13.207	14340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.247	13.207	14341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.033	9.192	10913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.014	9.179	10874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.221	13.603	16254
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9406	0.06
1	2	B	9406	0.06
2	1	A	9335	0.06
2	2	C	9335	0.06
3	1	A	9346	0.07
3	2	D	9346	0.07
4	1	A	9327	0.06
4	2	E	9327	0.06
5	1	A	9276	0.07
5	2	H	9276	0.07
6	1	A	9504	0.04
6	2	G	9504	0.04
7	1	A	9409	0.06
7	2	F	9409	0.06
8	1	A	9281	0.06
8	2	I	9281	0.06
9	1	A	9336	0.06
9	2	K	9336	0.06
10	1	B	9286	0.07
10	2	C	9286	0.07
11	1	B	9370	0.07
11	2	D	9370	0.07
12	1	B	9352	0.07
12	2	E	9352	0.07
13	1	B	9258	0.07
13	2	H	9258	0.07
14	1	B	9409	0.06
14	2	G	9409	0.06
15	1	B	9610	0.03
15	2	F	9610	0.03
16	1	B	9344	0.07
16	2	I	9344	0.07
17	1	B	9356	0.07
17	2	K	9356	0.07
18	1	C	9272	0.07
18	2	D	9272	0.07
19	1	C	9236	0.07
19	2	E	9236	0.07
20	1	C	9439	0.04
20	2	H	9439	0.04
21	1	C	9276	0.07
21	2	G	9276	0.07
22	1	C	9308	0.07
22	2	F	9308	0.07
23	1	C	9210	0.07
23	2	I	9210	0.07
24	1	C	9231	0.07
24	2	K	9231	0.07
25	1	D	9298	0.06
25	2	E	9298	0.06
26	1	D	9247	0.07
26	2	H	9247	0.07
27	1	D	9368	0.07
27	2	G	9368	0.07
28	1	D	9378	0.07
28	2	F	9378	0.07
29	1	D	9403	0.05
29	2	I	9403	0.05
30	1	D	9305	0.06
30	2	K	9305	0.06
31	1	E	9188	0.07
31	2	H	9188	0.07
32	1	E	9308	0.06
32	2	G	9308	0.06
33	1	E	9355	0.06
33	2	F	9355	0.06
34	1	E	9297	0.06
34	2	I	9297	0.06
35	1	E	9526	0.03
35	2	K	9526	0.03
36	1	H	9246	0.07
36	2	G	9246	0.07
37	1	H	9266	0.07
37	2	F	9266	0.07
38	1	H	9204	0.07
38	2	I	9204	0.07
39	1	H	9176	0.07
39	2	K	9176	0.07
40	1	G	9407	0.06
40	2	F	9407	0.06
41	1	G	9294	0.06
41	2	I	9294	0.06
42	1	G	9299	0.07
42	2	K	9299	0.07
43	1	F	9327	0.06
43	2	I	9327	0.06
44	1	F	9345	0.07
44	2	K	9345	0.07
45	1	I	9296	0.06
45	2	K	9296	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.543	136	-
R_work	0.489	2321	-
obs	-	-	45.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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