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- PDB-8r96: Crystal structure of the cryorhodopsin CryoR2 at pH 4.6, type A c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r96
タイトルCrystal structure of the cryorhodopsin CryoR2 at pH 4.6, type A crystals
要素cryorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / retinal / rhodopsin / photocycle
機能・相同性EICOSANE / OLEIC ACID / PHOSPHATE ION / RETINAL
機能・相同性情報
生物種Subtercola endophyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Kovalev, K. / Lamm, G.H.U. / Marin, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND847543 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoRhodopsins: a new clade of microbial rhodopsins from cold environments
著者: Lamm, G.H.U. / Marin, E. / Guskov, A. / Kovalev, K.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cryorhodopsin
B: cryorhodopsin
C: cryorhodopsin
D: cryorhodopsin
E: cryorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,00330
ポリマ－174,8685
非ポリマー6,13525
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25230 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area47520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.565, 295.665, 185.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

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要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
cryorhodopsin


分子量: 34973.539 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Subtercola endophyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 56分子

#2: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 282.547 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL


分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) Subtercola endophyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.6 / 詳細: 1.2M Na/K-Pi pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.457→92.75 Å / Num. obs: 56393 / % possible obs: 65.6 % / 冗長度: 13.44 % / CC1/2: 0.9964 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 8.493
反射 シェル解像度: 2.457→2.719 Å / Num. unique obs: 38364 / CC1/2: 0.304 / Rpim(I) all: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 16.383 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.75 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25445 2746 4.9 %RANDOM
Rwork0.23874 ---
obs0.23952 53453 65.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.574 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å2-0 Å20 Å2
2---1.1 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10838 0 175 31 11044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01311238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.01511134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0621.62615377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0671.55525355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53451435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.4620.392434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.734151565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6421545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0260.21580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212480
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.726.1465755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7196.1465754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4089.2217185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.4089.2217186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7346.4215483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7586.4215484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3249.5138193
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.23875.31912944
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.23875.3212945
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A93580.05
12B93580.05
21A93420.05
22C93420.05
31A93120.06
32D93120.06
41A93370.06
42E93370.06
51B93320.05
52C93320.05
61B93100.06
62D93100.06
71B93060.06
72E93060.06
81C93140.06
82D93140.06
91C93250.06
92E93250.06
101D93150.05
102E93150.05
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.52 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 9 -
Rwork0.427 208 -
obs--3.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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