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- PDB-8r8o: Hallucinated de novo TIM barrel with three helical extensions - H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r8o
タイトルHallucinated de novo TIM barrel with three helical extensions - HalluTIM3-1
要素HalluTIM3-1
キーワードDE NOVO PROTEIN / Hallucination / TIM barrel
機能・相同性ACETATE ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Beck, J. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Diversifying de novo TIM barrels by hallucination.
著者: Beck, J. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HalluTIM3-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,87514
ポリマ－32,0251
非ポリマー85013
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.360, 122.360, 165.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HalluTIM3-1


分子量: 32024.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% Glycerol, 1.55M Ammoniumsulfate, 0.08M Sodium acetate pH 4.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月8日
放射モノクロメーター: Oxford-FMB, UK; Si(111) or Si(311); both crystals LN2 cooled, fixed exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→38.23 Å / Num. obs: 40404 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 39.3 % / Biso Wilson estimate: 67.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1358 / Rpim(I) all: 0.02208 / Rrim(I) all: 0.1376 / Net I/σ(I): 17.65
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 41.6 % / Rmerge(I) obs: 5.774 / Mean I/σ(I) obs: 0.46 / Num. unique obs: 3948 / CC1/2: 0.342 / CC star: 0.714 / Rpim(I) all: 0.8997 / Rrim(I) all: 5.845 / % possible all: 95.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDS20230630データ削減
Coot0.9.8.92モデル構築
PHASER2.8.3位相決定
XDS20230630データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→38.23 Å / SU ML: 0.3974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.0344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2598 2008 4.99 %
Rwork0.2453 38227 -
obs0.246 40235 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2140 0 47 50 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00172263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.41853046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.9602323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.48621310.50332534X-RAY DIFFRACTION94.54
2.2-2.260.4431400.3872690X-RAY DIFFRACTION99.82
2.26-2.330.3861410.34672673X-RAY DIFFRACTION99.96
2.33-2.410.35291420.31552698X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.490.31631420.2982711X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.30451420.29682685X-RAY DIFFRACTION99.96
2.59-2.710.36991430.32562717X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-2.850.35971430.29852718X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.030.25871430.27992731X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.260.30941440.26522725X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.590.2641450.24112759X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.110.21241460.21352778X-RAY DIFFRACTION100
4.11-5.180.20591490.20242823X-RAY DIFFRACTION99.97
5.18-38.230.25791570.23972985X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5850148832650.725867069267-0.1993538386611.24962560365-0.5990456704950.4205912306560.345747419825-0.3434585766870.2249018188450.721733248913-0.06048002096020.9090784226210.0853596776409-0.728693365135-0.005111217488381.20116656223-0.40491369825-0.00779410037771.080498615910.01892816770140.887252396964-57.82999111948.7353064841633.2675620243
21.129812428860.4514705310280.5604413399432.254263845451.248085514263.249339769990.177645800840.0400755722488-0.03530296806020.0750628216685-0.0927187709739-0.372665553887-0.0811051459050.316566242758-0.0004555727967570.636106150299-0.127306050558-0.05560387646390.447226162391-0.0003493143256330.611832159242-43.57077199839.2819028011410.7662564609
30.622996040234-0.8673357920.04340174417211.446924705930.3737549538920.7896634414870.701956939814-0.35774603503-0.5980432395971.18392594351-0.0441573677792-0.8768045926780.9961946422110.760413870007-0.0004557693120751.11836622011-0.106812300613-0.3174596650251.00776578335-0.08201405834450.952359658883-35.86668459038.2464167755629.8902293628
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 41 through 89 )41 - 8935 - 83
22chain 'A' and (resid 90 through 268 )90 - 26884 - 262
33chain 'A' and (resid 7 through 40 )7 - 401 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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