[日本語] English
万見
- PDB-8r8n: Hallucinated de novo TIM barrel with two helical extensions - Hal... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r8n
タイトルHallucinated de novo TIM barrel with two helical extensions - HalluTIM2-2
要素HalluTIM2-2
キーワードDE NOVO PROTEIN / Hallucination / TIM barrel
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Beck, J. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Diversifying de novo TIM barrels by hallucination.
著者: Beck, J. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HalluTIM2-2
B: HalluTIM2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5705
ポリマ－58,2822
非ポリマー2883
水1448
1
A: HalluTIM2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4294
ポリマ－29,1411
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HalluTIM2-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1411
ポリマ－29,1411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.710, 71.200, 88.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Space group name HallP22ab(y,z,x)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y,-z+1/2
#3: -x,y,-z
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 3 through 52 or resid 54 through 120 or resid 122 through 242))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 3 through 52 or resid 54...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ASPASPALAALAAA3 - 524 - 53
d_12ALAALAVALVALAA54 - 12055 - 121
d_13ALAALATHRTHRAA122 - 242123 - 243
d_21ASPASPALAALABB3 - 524 - 53
d_22ALAALAVALVALBB54 - 12055 - 121
d_23ALAALAARGARGBB122 - 176123 - 177
d_24ALAALATHRTHRBB188 - 242189 - 243

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.582845791642, 0.461710720353, -0.668665831246), (-0.546345625254, 0.386458136078, 0.743072383301), (0.601495836171, 0.798419263151, 0.0270081339391)ベクター: 19. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.582845791642, 0.461710720353, -0.668665831246), (-0.546345625254, 0.386458136078, 0.743072383301), (0.601495836171, 0.798419263151, 0.0270081339391)
ベクター: 19.7595826098, 31.0568787416, -3.16724085766)

-
要素

#1: タンパク質 HalluTIM2-2


分子量: 29140.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris pH8.6, 25% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→47.63 Å / Num. obs: 19244 / % possible obs: 97.11 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 91.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07381 / Rpim(I) all: 0.04118 / Rrim(I) all: 0.08514 / Net I/σ(I): 8.98
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.654 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1921 / CC1/2: 0.302 / CC star: 0.681 / Rpim(I) all: 0.8896 / Rrim(I) all: 1.89 / % possible all: 96.36

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20230630データ削減
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.92モデル構築
PHASER2.8.3位相決定
XDS20230630データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→47.63 Å / SU ML: 0.5839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.8115
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 958 5 %
Rwork0.2465 18219 -
obs0.2495 19177 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 110.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→47.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3764 0 15 8 3787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00263848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49925178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0427539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.95241475
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.65486584776 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.680.4061330.37942552X-RAY DIFFRACTION97.11
2.68-2.850.53241380.44452618X-RAY DIFFRACTION98.89
2.85-3.070.4031370.35622599X-RAY DIFFRACTION98.63
3.07-3.380.31421360.27462587X-RAY DIFFRACTION97.91
3.38-3.870.27951350.23582567X-RAY DIFFRACTION96.16
3.87-4.880.27171380.22332622X-RAY DIFFRACTION96.88
4.88-47.630.2981410.22212674X-RAY DIFFRACTION94.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.33886985084-0.645333857807-2.324993897722.074772058230.5128968990083.61275083501-0.04109956103620.2436761586740.0702457169468-0.496721636146-0.0774303667007-0.0142096651526-0.254558080931-0.2388414248730.001245144911110.7035089429710.0507896018828-0.06576579735960.7027543299110.007059573865570.5947647995681.68048697613-34.7243716317-20.473020474
20.977677007151-0.0912415877947-0.3665077834446.65543053182-0.8348675773831.54321086079-0.02450844324380.0349888794341-0.4981024045210.626896926585-0.0667328161399-0.3301211626510.4563479761580.0856440405662-0.0001203377577121.0255250083-0.04550374012170.0434519039710.856362891576-0.06067471748371.1266116506116.48413831641.58723652777-30.3271985317
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 1 through 242)AA1 - 2421 - 231
22(chain 'B' and resid 3 through 242)BB3 - 2421 - 230

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る