PDB-8r8c: Structure of the N-terminal domain of CMA from Cucumis melo in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r8c

タイトル

Structure of the N-terminal domain of CMA from Cucumis melo in complex with N-acetylgalactosamine

要素

Nigrin b-like

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / beta-trefoil / galactose / N-acetyllactosamine

機能・相同性

Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / : / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Nigrin b-like

機能・相同性情報

生物種

Cucumis melo (マスクメロン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Varrot, A.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Beilstein J Org Chem / 年: 2024
タイトル: Elucidating the glycan-binding specificity and structure of Cucumis melo agglutinin, a new R-type lectin.
著者: Lundstrom, J. / Gillon, E. / Chazalet, V. / Kerekes, N. / Di Maio, A. / Feizi, T. / Liu, Y. / Varrot, A. / Bojar, D.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r8c.cif.gz	49.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r8c.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r8c_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r8c_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	8r8c_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	8r8c_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Nigrin b-like

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.613, 36.860, 94.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.166, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-456- HOH

#1: タンパク質

Nigrin b-like

分子量: 13933.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Cucumis melo (マスクメロン) / 遺伝子: LOC107992255, 107992255 / Variant: makuva / プラスミド: pET40b-TEV-cma-Nter / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4E5V9

#2: 化合物

ChemComp-CD / CADMIUM ION

分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.93 % / 解説: diamond
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% Peg Smear Medium 0.1M Mes pH 6.5 5 mM of CaCl2, MgCl2, CsCl2, CdCl2, NiCl2 and Zinc acetate and GalNAc

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→35.68 Å / Num. obs: 18279 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4581 / CC_1/2: 0.857 / R_pim(I) all: 0.364 / R_rim(I) all: 0.618

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→35.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 1.527 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	905	4.951 %
R_work	0.1629	17373	-
all	0.165	-	-
obs	-	18278	99.667 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.871 Å²	0 Å²	0.034 Å²
2-	-	1.355 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	963	0	33	171	1167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.775	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.669	1.746	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.209	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.259	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.821	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.837	10	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	170
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.278	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.109	1.849	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.104	1.849	530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.025	3.317	666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.023	3.318	667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.151	2.044	513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.148	2.045	514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.608	3.628	773
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.605	3.628	774
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.658	22.353	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.615	21.072	1171

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.59	0.283	60	0.281	1288	X-RAY DIFFRACTION	99.7041
1.59-1.634	0.293	66	0.248	1233	X-RAY DIFFRACTION	99.8463
1.634-1.681	0.248	55	0.197	1228	X-RAY DIFFRACTION	99.8444
1.681-1.733	0.197	70	0.152	1156	X-RAY DIFFRACTION	100
1.733-1.789	0.205	61	0.143	1142	X-RAY DIFFRACTION	99.9169
1.789-1.852	0.19	57	0.146	1098	X-RAY DIFFRACTION	99.8271
1.852-1.922	0.226	65	0.146	1068	X-RAY DIFFRACTION	99.9118
1.922-2	0.183	51	0.161	1012	X-RAY DIFFRACTION	99.8122
2-2.088	0.208	42	0.157	991	X-RAY DIFFRACTION	99.6143
2.088-2.19	0.198	53	0.152	927	X-RAY DIFFRACTION	99.4924
2.19-2.308	0.208	52	0.152	905	X-RAY DIFFRACTION	99.7915
2.308-2.447	0.206	49	0.142	849	X-RAY DIFFRACTION	99.5565
2.447-2.615	0.157	41	0.154	792	X-RAY DIFFRACTION	99.7605
2.615-2.824	0.241	38	0.154	756	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.824-3.091	0.145	39	0.156	667	X-RAY DIFFRACTION	98.3287
3.091-3.453	0.221	33	0.165	634	X-RAY DIFFRACTION	99.8503
3.453-3.981	0.222	29	0.163	544	X-RAY DIFFRACTION	99.3068
3.981-4.86	0.19	18	0.143	477	X-RAY DIFFRACTION	99.3976
4.86-6.811	0.198	14	0.196	380	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
6.811-35.68	0.198	12	0.191	225	X-RAY DIFFRACTION	99.5798

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