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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r5v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of bovine pancreatic ribonuclease A in complex with [Sp-PS]-mU-dT dinucleotide | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / complex / dinucleotide / inhibitor / ribonuclease / RNase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dolot, R. / Jastrzebska, K. / Antonczyk, P. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Synthesis of P-stereodefined morpholino dinucleoside-3',6'-thiophosphoramidates using unexpected activator. 著者: Jastrzebska, K. / Antonczyk, P. / Dolot, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r5v.cif.gz | 79 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r5v.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16480.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: pancreas / 参照: UniProt: P61823 #2: 化合物 | ChemComp-Y4I / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.57 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 22-25 % (w/v) PEG 4000, 20 mM sodium citrate pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU PhotonJet-S / 波長: 1.54184 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→17.435 Å / Num. obs: 22015 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1248 / CC1/2: 0.93 / Rpim(I) all: 0.161 / Rrim(I) all: 0.294 / Χ2: 0.68 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→17.435 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.22 / WRfactor Rwork: 0.154 / SU B: 3.168 / SU ML: 0.098 / Average fsc free: 0.9629 / Average fsc work: 0.9811 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.904 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→17.435 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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