PDB-8r5u: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with benzebisheterocycle ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r5u

タイトル

VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with benzebisheterocycle compound 14

要素

Beta-lactamase VIM-2

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / metallo-beta-lactamase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Rational Design of Benzobisheterocycle Metallo-beta-Lactamase Inhibitors: A Tricyclic Scaffold Enhances Potency against Target Enzymes.
著者: Villamil, V. / Rossi, M.A. / Mojica, M.F. / Hinchliffe, P. / Martinez, V. / Castillo, V. / Saiz, C. / Banchio, C. / Macias, M.A. / Spencer, J. / Bonomo, R.A. / Vila, A. / Moreno, D.M. / Mahler, G.

履歴

登録	2023年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r5u.cif.gz	285.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r5u.ent.gz	235.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r5u_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r5u_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8r5u_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	8r5u_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8r5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.636, 79.375, 67.585
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.430, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / Mettalo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 25693.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-Y4E / [(1~{R},3~{a}~{R})-1,3,3~{a},4-tetrahydro-[1,3]thiazolo[3,4-a]benzimidazol-1-yl]methanethiol 分子量: 224.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 28% PEG3350, 0.1M Mg(HCO2)2

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→33.79 Å / Num. obs: 58649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2895 / CC_1/2: 0.466 / R_pim(I) all: 0.829

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.56→33.789 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1986	2816	4.8 %
R_work	0.1613	55796	-
obs	0.1631	58612	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.25 Å² / B_iso mean: 26.2711 Å² / B_iso min: 9.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.56→33.789 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3492	0	79	398	3969
B_iso mean	-	-	28.65	36.72	-
残基数	-	-	-	-	463

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.56-1.5869	0.3468	130	0.3102	2793
1.5869-1.6158	0.3059	113	0.2842	2784
1.6158-1.6468	0.3068	118	0.266	2781
1.6468-1.6805	0.2609	126	0.2523	2811
1.6805-1.717	0.2871	140	0.2242	2777
1.717-1.7569	0.2474	147	0.2095	2759
1.7569-1.8009	0.2182	160	0.2024	2792
1.8009-1.8496	0.2302	130	0.1902	2779
1.8496-1.904	0.2462	143	0.1738	2772
1.904-1.9654	0.2114	164	0.1683	2789
1.9654-2.0357	0.2001	134	0.1439	2780
2.0357-2.1172	0.1876	122	0.1415	2789
2.1172-2.2135	0.1736	143	0.1386	2770
2.2135-2.3302	0.1713	126	0.1441	2837
2.3302-2.4761	0.1713	203	0.1422	2722
2.4761-2.6672	0.1874	147	0.1452	2770
2.6672-2.9355	0.169	133	0.1458	2818
2.9355-3.3599	0.205	132	0.1412	2806
3.3599-4.2319	0.1683	152	0.1299	2806
4.2319-33.789	0.1942	153	0.1601	2861

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.578	-1.5368	-2.1756	7.7025	3.9297	6.9833	-0.3588	-1.0602	-0.9639	1.0281	0.4916	0.3436	0.6817	0.4159	-0.1193	0.3095	0.0617	-0.0611	0.3368	0.1538	0.3398	-14.3991	0.7809	68.0131
2	7.3943	1.9909	-4.5024	4.0391	-1.1338	5.5212	0.0856	-0.0611	-0.1438	0.1036	0.0249	-0.1846	0.2993	0.0661	-0.0473	0.2226	0.0065	-0.06	0.129	-0.0013	0.1706	-12.9341	4.8925	62.1062
3	3.9016	-0.7073	-1.1664	1.7225	-0.1857	3.915	0.1183	-0.2762	-0.0232	0.018	-0.0267	-0.2043	-0.0047	0.179	-0.0768	0.1257	-0.0121	-0.0302	0.0764	-0.0074	0.1301	-12.0899	10.7572	58.1852
4	5.6752	-0.0539	2.0048	1.7792	0.7896	3.0884	0.1114	-0.3501	-0.0745	0.1102	0.0079	-0.1317	0.1203	-0.0262	-0.1011	0.1855	-0.0221	0.005	0.0857	-0.0118	0.137	-14.0988	14.6337	61.3169
5	1.5882	0.3794	0.4065	1.8956	0.5575	1.3472	-0.0294	0.0698	0.0446	-0.2971	0.0196	-0.0545	-0.2137	0.0233	0.0046	0.1999	-0.0152	0.0143	0.0783	0.0096	0.1038	-18.799	14.9373	48.464
6	5.3421	-3.9648	2.3764	4.8902	-2.792	1.6001	-0.073	-0.2963	-0.2022	0.1999	0.0958	0.2683	0.1904	-0.2613	-0.0417	0.2451	-0.0263	-0.007	0.0962	-0.0174	0.1577	-27.3868	-1.4556	53.3294
7	8.9413	2.2015	-1.8586	4.1172	-0.0419	3.0604	-0.1021	0.6046	-0.4011	-0.3678	0.0711	-0.0245	-0.0031	0.0674	0.0721	0.2261	-0.0096	-0.0078	0.106	-0.034	0.1113	-23.1258	0.977	39.6139
8	2.7574	0.348	-1.3494	1.2023	-0.5086	3.9637	0.1009	-0.1052	-0.2097	-0.0053	-0.0057	-0.1913	0.1921	0.2986	0.0346	0.2146	0.0149	0.0052	0.1021	-0.0212	0.1743	-12.5776	-0.7883	50.0828
9	6.2917	2.8223	0.223	2.0022	-0.9597	1.9515	-0.1609	-0.0609	-0.1199	-0.1339	0.0961	-0.0594	0.2105	-0.0291	0.0269	0.2183	0.0005	-0.0062	0.0691	-0.0231	0.145	-27.2269	-6.2498	46.7417
10	2.9608	-0.4507	-1.463	5.5667	1.8111	3.1469	-0.3855	-0.3991	0.8425	-0.0083	0.0872	-0.8284	-0.8867	1.3581	-0.0698	0.3672	-0.1597	-0.1789	0.4614	0.0616	0.4326	-24.2584	-4.5069	79.4481
11	3.2458	1.0025	-1.3107	3.6448	-1.1176	5.338	-0.0458	-0.1064	0.1153	0.1785	-0.0526	-0.1235	-0.1489	0.1877	0.1062	0.1359	0.0059	-0.0459	0.0968	0.0183	0.1411	-31.6264	-12.6786	81.7545
12	4.0274	0.9503	0.7578	5.96	3.5868	8.0146	0.0226	0.1164	0.2567	0.369	0.0678	-0.4272	0.0921	0.7008	-0.0867	0.1815	0.0166	-0.0514	0.2216	0.0772	0.2476	-23.2194	-17.2002	83.3381
13	2.9821	-0.6168	2.2869	2.2782	-0.9288	4.2491	-0.0948	-0.067	0.031	0.0535	-0.0908	-0.219	0.0341	0.0549	0.1659	0.1972	0.0305	0.0136	0.0795	0.0194	0.163	-34.6539	-19.6563	77.9637
14	3.6766	-0.5652	1.3302	2.4902	-0.705	3.9734	0.0899	0.1476	-0.2051	-0.2846	-0.0666	-0.0811	0.4182	0.185	-0.0132	0.2407	0.0275	0.0317	0.063	-0.0038	0.141	-37.1993	-25.9967	72.2687
15	1.2081	-0.4337	0.4227	2.3401	-0.524	1.6734	-0.012	-0.1083	-0.0944	0.0857	0.029	0.1252	0.0277	-0.0834	-0.0058	0.1513	-0.0034	0.0135	0.0892	0.0123	0.1215	-45.6012	-17.2551	77.8855
16	2.6519	3.8772	3.0927	6.1036	4.1285	5.6159	-0.0531	0.2344	-0.0031	-0.2545	0.1335	-0.2094	-0.2035	0.2832	-0.1799	0.1841	0.0234	-0.0143	0.1154	-0.0005	0.1749	-39.9503	-3.0364	67.8818
17	4.2497	1.009	-0.3499	4.109	-3.048	2.3169	-0.1025	-0.0672	0.1466	0.1224	0.1124	0.358	-0.3239	-0.27	-0.038	0.1652	0.0274	0.0063	0.0845	0.0049	0.1535	-53.1962	-6.755	72.677
18	7.5522	0.3801	-3.1696	0.7397	-0.4328	2.6318	0.0285	-0.344	0.2339	0.2621	-0.0393	-0.0225	-0.3225	0.0741	0.0097	0.2614	0.0225	-0.0202	0.1009	-0.0075	0.1509	-42.0492	-4.5149	82.428
19	4.7583	-0.7865	0.567	4.8151	-0.8564	2.0284	0.0006	0.1202	0.165	0.1065	0.0011	0.1488	-0.165	0.0501	-0.0708	0.1604	0.0053	-0.0075	0.0581	0.0125	0.1416	-46.7945	1.5254	68.2356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 44 )	A	32 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 64 )	A	45 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 88 )	A	65 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 122 )	A	89 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 123 through 199 )	A	123 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 200 through 215 )	A	200 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	A	216 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	A	230 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 262 )	A	246 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 32 through 44 )	B	32 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 45 through 88 )	B	45 - 88
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 89 through 102 )	B	89 - 102
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 103 through 122 )	B	103 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 146 )	B	123 - 146
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 147 through 199 )	B	147 - 199
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 200 through 215 )	B	200 - 215
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 216 through 229 )	B	216 - 229
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 230 through 245 )	B	230 - 245
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 246 through 263 )	B	246 - 263

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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