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- PDB-8r5u: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with benzebisheterocycle ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r5u | ||||||
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Title | VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with benzebisheterocycle compound 14 | ||||||
![]() | Beta-lactamase VIM-2 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() antibiotic catabolic process / ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hinchliffe, P. / Spencer, J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Rational Design of Benzobisheterocycle Metallo-beta-Lactamase Inhibitors: A Tricyclic Scaffold Enhances Potency against Target Enzymes. Authors: Villamil, V. / Rossi, M.A. / Mojica, M.F. / Hinchliffe, P. / Martinez, V. / Castillo, V. / Saiz, C. / Banchio, C. / Macias, M.A. / Spencer, J. / Bonomo, R.A. / Vila, A. / Moreno, D.M. / Mahler, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 285.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 235.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8r5tC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25693.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FMT / ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | Mass: 224.346 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C10H12N2S2 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.68 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 28% PEG3350, 0.1M Mg(HCO2)2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.56→33.79 Å / Num. obs: 58649 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.56→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2895 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 0.829 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.25 Å2 / Biso mean: 26.2711 Å2 / Biso min: 9.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.56→33.789 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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