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万見
- PDB-8r5f: ERK2 covalently bound to RU83 cyclohexenone based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r5f
タイトルERK2 covalently bound to RU83 cyclohexenone based inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAPK / MAP kinase / Kinase / Inhibitor / Covalent Inhibitor / ERK2 / Mitogen-activated protein kinase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process ...phospho-PLA2 pathway / interleukin-34-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of the apoptosome activity / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / Signaling by LTK in cancer / regulation of Golgi inheritance / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / IFNG signaling activates MAPKs / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytoskeleton organization / ERK/MAPK targets / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / response to exogenous dsRNA / face development / MAPK1 (ERK2) activation / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / Recycling pathway of L1 / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / MAP kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mitogen-activated protein kinase / Signal attenuation / phosphatase binding / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / phosphotyrosine residue binding / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / NCAM signaling for neurite out-growth / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / Negative regulation of FGFR3 signaling / ESR-mediated signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / thymus development / Negative regulation of FGFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of PTEN gene transcription / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Signal transduction by L1 / Spry regulation of FGF signaling / response to nicotine / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / Oncogene Induced Senescence / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / caveola / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Negative regulation of MAPK pathway / long-term synaptic potentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / chemotaxis
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sok, P. / Poti, A. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeKKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The covalent coordination of cyclohexenone inhibitors in the MAP kinase docking groove
著者: Poti, A. / Sok, P. / Remenyi, A.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6404
ポリマ－41,7471
非ポリマー8933
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.486, 77.081, 123.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41746.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The dephosphorylated inactive ERK2 kinase with RU83 covalent inhibitor in the docking groove
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-Y3H / ~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-prop-2-ynyl (1~{S},3~{S})-1-methyl-4-oxidanylidene-cyclohexane-1,3-dicarboxylate


分子量: 294.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 % / 解説: rhomboid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 8000, 0.1 M TRIS pH 8.5, 1.25 M NaCl as reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→123.25 Å / Num. obs: 48540 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 19.6 / Num. measured all: 651533
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.895 / Num. measured all: 32888 / Num. unique obs: 2376 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.528 / Rrim(I) all: 1.968 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→65.35 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1998 4.12 %
Rwork0.193 --
obs0.194 48456 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→65.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 58 118 2901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3451111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.34971400.35013248X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.740.24261420.27353296X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.790.25111390.23463254X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.850.26781400.22923257X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.910.27931410.2283292X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.25521420.22463301X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.19691420.19333286X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.24651420.1873297X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.20391410.18953299X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.510.24461430.2013302X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9808-0.0718-5.05767.75644.48288.04360.3916-0.14580.4192-0.1085-0.53170.69-0.5409-0.44010.14020.22940.043-0.04880.4173-0.07680.2867-24.8193-12.61421.2163
23.61782.47910.33116.05694.55536.52180.24360.05680.12360.1283-0.56710.4756-0.2387-0.62190.330.18390.0273-0.03310.3078-0.01370.2058-19.1507-12.33465.2782
30.8954-0.2742-0.59466.5145-1.30857.03350.1119-0.05110.0684-0.02120.0578-0.0976-0.42710.3596-0.1240.1308-0.04950.03250.2993-0.04680.2768-10.0382-8.42179.4232
41.0536-0.22650.43031.9072-0.166.24460.1092-0.1082-0.16570.28010.01-0.040.79310.0496-0.11570.3362-0.0165-0.040.2251-0.02170.2657-16.8836-22.328121.4201
59.09693.87982.73792.35632.61657.2593-0.04620.14770.81370.40740.1203-0.0433-0.42110.7258-0.07160.3781-0.0521-0.01670.3069-0.02010.3591-10.1039-10.737122.5149
68.49920.4970.99293.13891.7248.32560.03950.18920.54940.27840.192-0.0676-0.27040.3701-0.21880.3799-0.0407-0.01930.21190.02220.1988-15.5374-12.042933.353
76.39950.03754.38667.79545.62539.2774-0.1257-0.25810.35760.0548-0.0880.1699-0.3547-0.23160.21080.4502-0.01410.04260.2866-0.00850.2816-24.5746-9.71238.3881
84.748-1.78131.11741.0226-1.75488.24010.0198-0.08890.3135-0.27490.0231-0.92950.22830.7398-0.08390.6225-0.0438-0.06730.3873-0.12440.505-11.7267-2.702647.521
92.0358-0.6707-0.83362.40510.49944.02070.0264-0.3621-0.18960.57460.109-0.11130.93390.7213-0.09920.65560.0965-0.12110.39430.00920.2973-12.8143-23.398138.0369
104.2401-1.84020.53187.2971-1.63674.56740.0092-0.20580.15160.16170.1273-0.7737-0.97670.8988-0.170.2899-0.14970.10420.4372-0.06730.4324-3.7555-2.22459.423
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 61 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 62 through 100 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 101 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 190 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 191 through 223 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 224 through 244 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 245 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 267 through 326 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 327 through 358 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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