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- PDB-8r4j: Plastidial phosphorylase Pho1 from Solanum tuberosum in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r4j
タイトルPlastidial phosphorylase Pho1 from Solanum tuberosum in complex with caffeine
要素Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
キーワードTRANSFERASE / plastidial phosphorylase / carbohydrate metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


amyloplast / maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site.
類似検索 - ドメイン・相同性
CAFFEINE / Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Koulas, S.M. / Leonidas, D.D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2024
タイトル: Kinetic and Structural Studies of the Plastidial Solanum tuberosum Phosphorylase.
著者: Koulas, S.M. / Kyriakis, E. / Tsagkarakou, A.S. / Leonidas, D.D.
履歴
登録2023年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
B: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
C: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,4967
ポリマ－312,0253
非ポリマー4704
水32418
1
A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子

A: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,3856
ポリマ－208,0172
非ポリマー3684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area61270 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
C: Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,3034
ポリマ－208,0172
非ポリマー2862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area61320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.828, 136.093, 123.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 23 - 916 / Label seq-ID: 23 - 916

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-1,4 glucan phosphorylase L-1 isozyme, chloroplastic/amyloplastic / Starch phosphorylase L-1


分子量: 104008.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 参照: UniProt: P04045, glycogen phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976256 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976256 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→49.54 Å / Num. obs: 37747 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.947 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 3.7→3.86 Å / Num. unique obs: 4635 / CC1/2: 0.378

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 87.415 / SU ML: 1.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.874 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30787 1906 5 %RANDOM
Rwork0.27879 ---
obs0.28029 35841 97.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.68 Å2-0 Å20.25 Å2
2--13.04 Å2-0 Å2
3----9.35 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.7→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19920 0 104 18 20042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01220478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1551.63427722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88352484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36522.9271107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.886153546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.19715117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.22622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A286670.06
12B286670.06
21A281510.09
22C281510.09
31B283440.08
32C283440.08
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 148 -
Rwork0.392 2686 -
obs--99.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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