PDB-8r45: Phytochromobilin-adducted PAS-GAF bidomain of Glycine max phytoch...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r45

タイトル

Phytochromobilin-adducted PAS-GAF bidomain of Glycine max phytochrome A

要素

Phytochrome A-2

キーワード

PLANT PROTEIN / phytochrome / phycocyanobilin (PCB)

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phycocyanobilin linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Guan, K. / Chen, P. / Nagano, S. / Hughes, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Pr and Pfr structures of plant phytochrome A.
著者: Nagano, S. / von Stetten, D. / Guan, K. / Chen, P.Y. / Song, C. / Barends, T. / Weiss, M.S. / Feiler, C.G. / Dorner, K. / de Diego Martinez, I. / Schubert, R. / Bielecki, J. / Brings, L. / ...

履歴

登録	2023年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r45.cif.gz	352.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r45.ent.gz	217.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r45_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r45_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8r45_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	8r45_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r44C 9er4C 9f4iC 9qztC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (23) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (23)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (7)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Phytochrome A-2

B: Phytochrome A-2

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.542, 112.526, 68.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.078, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phytochrome A-2 / GmphyA2 分子量: 40026.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: PHYA2, GLYMA_20G090000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4YB07
#2: 化合物	ChemComp-O6E / 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 586.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₈N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.04 M Ethylene glycols (0.01M Diethylene glycol; 0.01M Triethylene glycol; 0.01M Tetraethylene glycol; 0.01M Pentaethylene glycol); 0.1 M Tris (base); BICINE pH 9.0; 21% Precipitant Mix (7% ...詳細: 0.04 M Ethylene glycols (0.01M Diethylene glycol; 0.01M Triethylene glycol; 0.01M Tetraethylene glycol; 0.01M Pentaethylene glycol); 0.1 M Tris (base); BICINE pH 9.0; 21% Precipitant Mix (7% v/v MPD; 7% PEG 1000; 7% w/v PEG 3350)

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.04 M Ethylene glycols (0.01M Diethylene glycol; 0.01M Triethylene glycol; 0.01M Tetraethylene glycol; 0.01M Pentaethylene glycol); 0.1 M Tris (base); BICINE pH 9.0; 21% Precipitant Mix (7% ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→42.34 Å / Num. obs: 70335 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.88
反射シェル	解像度: 1.86→1.926 Å / Num. unique obs: 7013 / CC_1/2: 0.592

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→42.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 5.584 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.192	3578	5.087 %
R_work	0.1693	66756	-
all	0.17	-	-
obs	-	70334	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.988 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.503 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.381 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.124 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→42.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4979	0	99	465	5543

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.622	1.663	7069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.513	1.578	11547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.74	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.705	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.271	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.205	10	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	1.985	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.96	10	207
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	4446
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2484
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.318	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.156	2.69	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.147	2.691	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.721	4.797	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.726	4.801	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.174	3.387	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.173	3.387	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.464	5.948	3913
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.463	5.948	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.914	30.194	5762
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.893	28.902	5640

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.908	0.309	250	0.274	4946	X-RAY DIFFRACTION	99.9808
1.908-1.96	0.256	264	0.246	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.017	0.252	238	0.225	4677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.017-2.079	0.233	238	0.21	4528	X-RAY DIFFRACTION	99.9581
2.079-2.147	0.225	244	0.195	4398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.222	0.217	212	0.182	4268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.306	0.211	246	0.165	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
2.306-2.4	0.181	210	0.153	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.506	0.213	203	0.155	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.506-2.628	0.186	203	0.152	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.628-2.77	0.199	179	0.155	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.937	0.172	163	0.156	3280	X-RAY DIFFRACTION	99.9419
2.937-3.139	0.192	162	0.167	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.9689
3.139-3.389	0.178	126	0.172	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.9668
3.389-3.71	0.182	153	0.17	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-4.144	0.183	143	0.148	2373	X-RAY DIFFRACTION	99.9603
4.144-4.778	0.134	122	0.122	2112	X-RAY DIFFRACTION	99.9553
4.778-5.835	0.174	103	0.158	1778	X-RAY DIFFRACTION	99.9469
5.835-8.18	0.145	72	0.168	1409	X-RAY DIFFRACTION	100
8.18-42.34	0.211	47	0.197	801	X-RAY DIFFRACTION	98.8345

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9062	-0.0385	-0.101	0.0302	0.0311	0.2515	0.0561	-0.0721	-0.0771	-0.0023	-0.003	-0.0189	-0.0413	0.0262	-0.0531	0.0114	-0.0167	0.0027	0.0405	0.0031	0.0319	16.1505	14.212	22.6455
2	0.104	-0.1657	-0.1131	0.7522	-0.0897	0.3183	-0.0112	0.0397	-0.0033	-0.045	0.0085	-0.0577	0.0298	-0.0754	0.0027	0.0218	-0.0175	0.0195	0.0275	-0.0164	0.0356	0.8352	1.562	-6.5903

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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