PDB-8r44: PAS-GAF bidomain of Glycine max phytochrome A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r44

タイトル

PAS-GAF bidomain of Glycine max phytochrome A

要素

Phytochrome A-2

キーワード

PLANT PROTEIN / phytochrome / phycocyanobilin (PCB)

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-phycocyanobilin linkage / red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Guan, K. / Nagano, S. / Hughes, J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Pr and Pfr structures of plant phytochrome A.
著者: Nagano, S. / von Stetten, D. / Guan, K. / Chen, P.Y. / Song, C. / Barends, T. / Weiss, M.S. / Feiler, C.G. / Dorner, K. / de Diego Martinez, I. / Schubert, R. / Bielecki, J. / Brings, L. / ...

履歴

登録	2023年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年7月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r44.cif.gz	355.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r44.ent.gz	219.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r44.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r44_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r44_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8r44_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	8r44_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r44 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r4/8r44	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r45C 9er4C 9f4iC 9qztC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (23) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (4) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (23)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (7)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (4)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (4)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Phytochrome A-2

B: Phytochrome A-2

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.287, 111.812, 68.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.308, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Phytochrome A-2 / GmphyA2 分子量: 40026.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: PHYA2, GLYMA_20G090000 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4YB07

-
非ポリマー , 5種, 595分子

#2: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Ethylene glycols (0.3M diethylene glycol; 0.3M triethylene glycol; 0.3M tetraethylene glycol; 0.3M pentaethylene glycol), 0.1 M Tris (base);BICINE pH 8.5, 30% v/v Precipitant Mix 1 ...詳細: 0.12 M Ethylene glycols (0.3M diethylene glycol; 0.3M triethylene glycol; 0.3M tetraethylene glycol; 0.3M pentaethylene glycol), 0.1 M Tris (base);BICINE pH 8.5, 30% v/v Precipitant Mix 1 (20% v/v PEG 500 MME; 10 % w/v PEG 20000)

結晶

マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %

結晶化

温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Ethylene glycols (0.3M diethylene glycol; 0.3M triethylene glycol; 0.3M tetraethylene glycol; 0.3M pentaethylene glycol), 0.1 M Tris (base);BICINE pH 8.5, 30% v/v Precipitant Mix 1 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 40 K / Ambient temp details: liquid helium cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.896 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.896 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→43.841 Å / Num. obs: 112709 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.84
反射シェル	解像度: 1.58→1.636 Å / Num. unique obs: 11216 / CC_1/2: 0.418

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.58→43.841 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.167 / SU B: 4.154 / SU ML: 0.068 / Average fsc free: 0.9659 / Average fsc work: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	5372	4.767 %
R_work	0.175	107308	-
all	0.176	-	-
obs	-	112680	99.614 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.064 Å²	0 Å²	0.128 Å²
2-	-	0.004 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.049 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→43.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4924	0	158	587	5669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.623	1.681	7032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.526	1.573	11474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.537	5	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.465	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.062	10	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.482	10	204
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	4398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.248	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.884	2.396	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.882	2.396	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.613	4.266	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.613	4.269	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.037	3.049	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.038	3.049	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.258	5.335	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.257	5.336	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.361	27.126	5898
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.309	26.375	5697

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.58-1.621	0.294	384	0.307	7946	0.306	8355	0.935	0.928	99.7008	0.308
1.621-1.665	0.286	378	0.289	7716	0.289	8114	0.942	0.94	99.7535	0.289
1.665-1.714	0.281	341	0.272	7503	0.273	7858	0.947	0.95	99.8218	0.268
1.714-1.766	0.26	395	0.236	7293	0.237	7694	0.958	0.964	99.922	0.227
1.766-1.824	0.235	357	0.21	7046	0.212	7412	0.967	0.971	99.8786	0.196
1.824-1.888	0.217	387	0.193	6844	0.195	7232	0.971	0.976	99.9862	0.176
1.888-1.959	0.257	323	0.243	6552	0.243	6951	0.954	0.959	98.9066	0.221
1.959-2.039	0.202	350	0.176	6340	0.177	6696	0.975	0.981	99.9104	0.157
2.039-2.129	0.187	336	0.166	6091	0.167	6431	0.976	0.984	99.9378	0.15
2.129-2.233	0.194	263	0.171	5841	0.172	6112	0.976	0.982	99.8691	0.154
2.233-2.353	0.222	248	0.18	5456	0.182	5861	0.96	0.976	97.3213	0.157
2.353-2.496	0.19	277	0.146	5235	0.148	5516	0.978	0.987	99.9275	0.134
2.496-2.667	0.181	256	0.144	4934	0.145	5201	0.98	0.987	99.7885	0.133
2.667-2.88	0.187	250	0.148	4590	0.15	4848	0.979	0.987	99.835	0.141
2.88-3.154	0.181	201	0.161	4240	0.161	4443	0.979	0.985	99.955	0.157
3.154-3.524	0.194	180	0.167	3858	0.168	4050	0.979	0.984	99.7037	0.166
3.524-4.065	0.154	161	0.154	3366	0.154	3574	0.985	0.986	98.685	0.159
4.065-4.967	0.14	135	0.133	2903	0.133	3046	0.99	0.99	99.7374	0.148
4.967-6.98	0.188	102	0.188	2257	0.188	2364	0.983	0.985	99.7885	0.203
6.98-43.841	0.172	48	0.179	1297	0.179	1354	0.982	0.98	99.3353	0.208

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7949	0.0017	-0.0192	0.0392	-0.0224	0.2228	0.0355	-0.0581	-0.0958	0.0012	0.0104	-0.0077	-0.0559	0.0337	-0.0459	0.0168	-0.0187	0.0087	0.0535	-0.0022	0.0263	15.3858	14.5836	22.5775
2	0.0797	-0.085	-0.0822	0.7239	-0.071	0.1913	-0.0108	0.0448	-0.0217	-0.0425	0.0149	-0.0409	0.0053	-0.0581	-0.0041	0.0185	-0.0155	0.0203	0.0331	-0.0211	0.039	0.4983	2.0293	-6.1759

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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