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- PDB-8r3r: Transketolase from Streptococcus pneumoniae in complex with thiam... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r3r | ||||||
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Title | Transketolase from Streptococcus pneumoniae in complex with thiamin pyrophosphate | ||||||
![]() | Probable transketolase | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / transketolase / pentose phosphate pathway / infectious organism | ||||||
Function / homology | ![]() transketolase / transketolase activity / DNA recombination / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ballut, L. / Georges, R.N. / Aghajari, N. / Hecquet, L. / Charmantray, F. / Doumeche, B. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Are Transketolases relevant Targets fighting Human Pathogens? A comparative Biochemical, Bioinformatic and Structural Study Authors: Georges, R.N. / Ballut, L. / Aghajari, N. / Hecquet, L. / Charmantray, F. / Doumeche, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 686.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 445.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 108.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 164.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8r3oC ![]() 8r3pC ![]() 8r3qC ![]() 8r3sC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 73092.469 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TPP / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.5 M Li2Cl2, 0.1 M Tris pH 8.5, 28 % (w/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9676 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→34.05 Å / Num. obs: 118040 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 7.07 % / Biso Wilson estimate: 15.57 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 10.78 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.4 Å / Num. unique obs: 7205 / CC1/2: 0.853 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→34.05 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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