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- PDB-8r3q: Transketolase from Plasmodium falciparum in complex with thiamin ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r3q | ||||||
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Title | Transketolase from Plasmodium falciparum in complex with thiamin pyrophosphate | ||||||
![]() | transketolase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ballut, L. / Georges, R.N. / Aghajari, N. / Hecquet, L. / Charmantray, F. / Doumeche, B. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Are Transketolases relevant Targets fighting Human Pathogens? A comparative Biochemical, Bioinformatic and Structural Study Authors: Georges, R.N. / Ballut, L. / Aghajari, N. / Hecquet, L. / Charmantray, F. / Doumeche, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 750.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 489.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8r3oC ![]() 8r3pC ![]() 8r3rC ![]() 8r3sC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BACD
#1: Protein | ![]() Mass: 77833.062 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: PF3D7_0610800 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 2946 molecules ![](data/chem/img/TPP.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-TPP / ![]() #3: Chemical | ChemComp-CIT / ![]() #4: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.95 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Li2SO4, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 12 % (w/v |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.88→46.81 Å / Num. obs: 265236 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 6.93 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.84 |
Reflection shell | Resolution: 1.88→1.9 Å / Num. unique obs: 8293 / CC1/2: 0.847 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.88→46.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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