PDB-8r36: Crystal structure of the Gluk1 ligand-binding domain in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r36

タイトル

Crystal structure of the Gluk1 ligand-binding domain in complex with kainate and BPAM538 at 1.90 A resolution

要素

Glutamate receptor ionotropic, kainate 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / GLUK1 LIGAND-BINDING DOMAIN / POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR / KAINATE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid secretion / L-glutamate transmembrane transporter activity / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / glutamate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bay, Y. / Frantsen, S.M. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.

資金援助

デンマーク,

スウェーデン, 4件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the GluK1 ligand-binding domain with kainate and the full-spanning positive allosteric modulator BPAM538.
著者: Bay, Y. / Cabello, F.J.M. / Koens, C.C. / Frantsen, S.M. / Pickering, D.S. / Frydenvang, K. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Kristensen, A.S. / Bowie, D. / Kastrup, J.S.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r36.cif.gz	231.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r36.ent.gz	184.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r36.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r36_validation.pdf.gz	372.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r36_full_validation.pdf.gz	373.3 KB	表示
XML形式データ	8r36_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	8r36_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r36	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e0xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (12) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 1

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 1

ヘテロ分子

60 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.485, 71.485, 232.902
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, kainate 1 / GluK1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 分子量: 29108.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 117 AND 118 OF THE ...詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 117 AND 118 OF THE STRUCTURE). THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (2-116, 119-257). RESIDUE 1 IS A REMNANT FROM CLONING. THIS RESIDUE NUMBERING IS ISOFORM GLUR5-2 OF P22756 IN UNP. THE CONFLICT OF GLY 34 IS REFERED TO ALA -> GLY SEQUENCE CONFLICT AT RESIDUE 462 IN UNP DATABASE. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1, Glur5 / プラスミド: pET28A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI 2 / 参照: UniProt: P22756

#1: タンパク質

Glutamate receptor ionotropic, kainate 1 / GluK1 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5

分子量: 29108.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK1. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 117 AND 118 OF THE ...
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik1, Glur5 / プラスミド: pET28A(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI 2 / 参照: UniProt: P22756

-
非ポリマー , 6種, 376分子

#2: 化合物	ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE 分子量: 213.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅NO₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-9TE / 4-cyclopropyl-7-(3-methoxyphenoxy)-2,3-dihydro-1$l^{6},2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide 分子量: 346.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈N₂O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15.2% PEG4000, 0.3 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.4 Å / Num. obs: 48841 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 1291136
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Num. measured all: 186128 / Num. unique obs: 6995 / CC_1/2: 0.989 / R_pim(I) all: 0.089 / R_rim(I) all: 0.465 / Net I/σ(I) obs: 7.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E0X

4e0x

解像度: 1.9→46.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 18.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	2451	5.03 %
R_work	0.1642	-	-
obs	0.1659	48706	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4050	0	106	357	4513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4308
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.808	5836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.738	1667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	731

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.267	123	0.2055	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.2037	135	0.1878	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.02	0.2188	115	0.1716	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.07	0.2016	124	0.164	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.12	0.2142	141	0.1623	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.17	0.232	132	0.1662	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.1812	128	0.1662	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.31	0.1896	126	0.1632	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.39	0.1938	131	0.1532	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.1986	143	0.1609	2526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.2018	169	0.1585	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.1914	131	0.1638	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2275	125	0.1803	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.14	0.2352	158	0.1734	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.45	0.2174	138	0.1601	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.1611	158	0.1493	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.98	0.1696	136	0.1358	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.98-46.37	0.2158	138	0.1963	2844	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1094	-0.8637	0.0681	3.5109	2.0431	4.8841	0.0101	0.1784	-0.6801	-0.68	0.179	-0.3911	0.367	0.2053	-0.1154	0.3909	0.0282	0.0332	0.1906	-0.044	0.288	-2.4913	21.9945	-16.7576
2	3.6979	-0.8305	-0.6931	2.4535	4.2336	7.7003	-0.1061	0.3327	-0.3502	-0.5166	0.1254	-0.3826	0.368	0.2842	0.0142	0.5325	0.0564	0.1051	0.2013	-0.0237	0.358	0.7986	16.1303	-15.2462
3	1.8633	0.5509	0.0681	1.8331	-0.1759	1.5998	-0.0315	0.0811	-0.1025	-0.2014	0.011	0.1448	0.2468	-0.1745	0.0113	0.251	-0.0199	0.0128	0.1671	-0.0106	0.1625	-9.7574	31.6169	-12.6838
4	7.3061	1.1958	-1.4329	4.1387	-1.1224	3.5938	0.1226	-0.012	0.5818	0.0147	0.0323	0.0333	-0.4136	0.1252	-0.0959	0.2884	-0.0345	0.0231	0.1682	-0.0307	0.2126	2.3478	51.5106	-12.7264
5	6.4546	-2.4796	-1.1746	8.5472	2.6063	5.8195	0.1683	0.4976	0.3991	-0.2882	-0.2227	0.3503	-0.4581	-0.3387	0.0377	0.2128	-0.0245	0.0281	0.1787	0.0553	0.2507	-2.2478	52.6552	-17.8483
6	2.3087	2.5236	-2.4846	4.6687	-4.399	5.1236	-0.018	-0.1086	-0.1456	-0.1908	-0.1458	-0.2134	0.1479	0.4613	0.1511	0.1712	0.0091	-0.0121	0.2469	-0.0264	0.2131	8.5551	40.9489	-14.2019
7	3.4492	-1.2822	0.6333	3.245	-1.5324	3.2142	-0.1006	-0.2733	-0.5171	0.1025	0.0397	-0.2448	0.2843	0.2467	0.0639	0.3537	0.0274	0.0341	0.1306	-0.0548	0.2115	-0.4784	23.822	-2.9026
8	2.5693	-2.4637	-2.7965	3.554	1.0076	5.4473	0.0444	-0.2504	0.1478	0.1529	0.2331	-0.1307	-0.2186	0.0893	-0.2451	0.1948	-0.0344	0.0071	0.1902	-0.0414	0.2376	-12.9772	46.1515	19.8656
9	2.0266	0.0521	0.7016	0.9854	-0.2896	2.4664	0.0511	-0.075	-0.0577	0.0316	-0.0687	-0.0706	0.236	0.3373	0.0199	0.2421	0.0157	0.0347	0.2395	-0.0088	0.2	0.9146	33.1142	15.8007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	48 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 151
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	152 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	173 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	217 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	48 - 257

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 376分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 376分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 376分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)