PDB-8r32: Crystal structure of the GluK2 ligand-binding domain in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r32

タイトル

Crystal structure of the GluK2 ligand-binding domain in complex with L-glutamate and BPAM344 at 1.60 A resolution

要素

Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / IONOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR / GLUK2 LIGAND-BINDING DOMAIN / POSITIVE ALLOSTERIC MODULATOR / L-glutamate

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / ubiquitin conjugating enzyme binding / glutamate receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bay, Y. / Jeppesen, M.E. / Frydenvang, K. / Kastrup, J.S.

資金援助

3件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2024
タイトル: The positive allosteric modulator BPAM344 and L-glutamate introduce an active-like structure of the ligand-binding domain of GluK2.
著者: Bay, Y. / Egeberg Jeppesen, M. / Frydenvang, K. / Francotte, P. / Pirotte, B. / Pickering, D.S. / Kristensen, A.S. / Kastrup, J.S.

履歴

登録	2023年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r32.cif.gz	324.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r32.ent.gz	267.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r32_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r32_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8r32_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	8r32_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/8r32	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xxrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (14) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

ヘテロ分子

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

ヘテロ分子

A: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Chain A generates a dimer with a symmetry-related Chain A.
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

ヘテロ分子

B: Glutamate receptor ionotropic, kainate 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Chain B generates a dimer with a symmetry-related Chain B.
59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.197, 100.746, 48.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-903- CL
2	1	B-903- CL

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / GluK2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 分子量: 29242.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 545 AND 546 OF THE ...詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 545 AND 546 OF THE STRUCTURE). THEREFORE, THE SEQUENCE MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE (429-544, 667-805). RESIDUE 428 IS A REMNANT FROM CLONING. 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik2, Glur6 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: P42260

#1: タンパク質

Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 / GluK2 / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6

分子量: 29242.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN CRYSTALLIZED IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLUK2. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A GLY-THR LINKER (RESIDUES 545 AND 546 OF THE ...
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grik2, Glur6 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: P42260

-
非ポリマー , 5種, 555分子

#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-2J9 / 4-cyclopropyl-7-fluoro-3,4-dihydro-2H-1,2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide / 3,4-ジヒドロ-4-シクロプロピル-7-フルオロ-2H-1,2,4-ベンゾチアジアジン1,1-ジオキシド分子量: 242.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁FN₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG4000, 9% propan-2-ol, 0.1 mM sodium acetate, pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→48.16 Å / Num. obs: 63898 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 869168
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.789 / Num. measured all: 41810 / Num. unique obs: 3075 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.218 / R_rim(I) all: 0.819 / Χ²: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20_4459: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xxr

2xxr

解像度: 1.6→48.16 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.96 / 位相誤差: 16.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1785	3201	5.02 %
R_work	0.1525	-	-
obs	0.1538	63827	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4028	0	59	544	4631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.032	5896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.208	625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	648
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.27	129	0.2308	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.62-1.65	0.2225	137	0.1994	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2176	142	0.1924	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.71	0.2372	153	0.1871	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.1999	126	0.1666	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.1839	132	0.1568	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.2113	124	0.1583	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.84	0.2048	158	0.1606	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.1815	116	0.166	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.214	139	0.1675	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.99	0.2011	130	0.164	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.05	0.1841	176	0.1504	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.1808	149	0.142	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.1535	147	0.1318	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.28	0.173	144	0.1335	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.38	0.163	119	0.1391	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.5	0.1775	126	0.1466	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.66	0.1598	118	0.1493	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.87	0.2022	142	0.1464	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.15	0.1681	144	0.148	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.61	0.1641	140	0.1409	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-4.55	0.1332	142	0.1326	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-48.16	0.1895	168	0.1746	2844	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0664	0.5861	0.1095	1.9382	0.5081	1.0095	-0.0347	0.1242	0.1493	-0.1397	0.048	0.2147	-0.1362	-0.0534	-0.0157	0.0957	0.002	-0.0194	0.1018	0.0331	0.1068	30.6248	7.004	-8.2094
2	0.6669	0.2944	-0.3927	1.0247	-0.5829	1.6874	-0.0088	-0.0082	-0.0202	0.0291	0.0308	0.0161	-0.009	-0.0099	-0.0252	0.0545	0.0025	-0.0061	0.0623	-0.0089	0.0819	36.507	-6.2505	2.7283
3	1.7064	0.1195	-0.6331	2.6909	-0.0137	2.4496	-0.0629	0.1123	-0.072	0.0347	0.0619	0.2446	0.1397	-0.1695	0.0096	0.0698	-0.0051	-0.0054	0.0799	0.0105	0.0879	29.7761	-10.0997	6.8499
4	0.8723	0.3272	-0.3557	1.5053	-0.2143	0.4529	0.0335	-0.0257	0.0632	0.1041	-0.0066	-0.0255	-0.0803	0.0187	-0.06	0.0798	-0.0018	-0.0046	0.0873	-0.0066	0.0858	42.016	6.7341	1.6137
5	1.431	-0.0097	-0.4309	1.0248	0.3718	1.7882	0.0668	0.015	0.1602	-0.1572	0.1975	-0.514	-0.2651	0.3219	-0.1959	0.1207	-0.0244	0.0377	0.1448	-0.0578	0.2591	15.7413	15.4471	-26.69
6	4.3817	-1.4262	-1.3471	2.3384	0.6357	0.7915	0.1121	0.2734	0.5068	-0.3371	0.0574	-0.2734	-0.1996	0.0158	-0.1897	0.1364	-0.0177	0.0366	0.1061	0.0189	0.1503	6.5452	19.5306	-32.1519
7	1.1198	-0.5016	-0.2307	1.4133	0.2133	1.3529	0.0616	0.1388	0.136	-0.1738	-0.0425	-0.0329	-0.182	-0.0808	-0.0152	0.0863	0.0156	-0.0024	0.0713	0.0098	0.0856	-1.9411	13.6713	-28.6828
8	3.3245	-0.0622	4.5783	4.631	-0.2046	6.7822	-0.1065	-0.6903	-0.0833	0.6832	0.1681	0.2982	0.4083	-0.0776	-0.0682	0.2	0.039	0.061	0.2264	-0.0186	0.0977	-13.8202	17.0604	-2.7242
9	4.3469	0.6951	-1.1077	4.8709	1.0648	4.2532	-0.0992	0.1821	0.0039	-0.1382	0.0875	-0.055	-0.0329	-0.1998	0.0226	0.0606	0.0375	-0.0036	0.0503	0.0227	0.0444	-11.367	17.9335	-19.6842
10	6.7122	4.3533	2.1042	2.9611	1.76	1.8159	-0.1824	-0.0857	0.4401	-0.1198	0.0123	0.3876	-0.202	-0.146	0.1049	0.1088	0.0371	0.0153	0.1184	-0.0131	0.1031	-15.974	22.0059	-15.9257
11	2.7488	-0.7602	-0.2143	2.9543	1.8331	2.2241	-0.0726	-0.1311	0.2036	0.1069	0.2235	-0.2669	-0.0488	0.1957	-0.1079	0.0903	0.0055	-0.0134	0.0787	-0.0322	0.1056	-0.9908	20.7906	-11.1249
12	1.0847	-0.1339	0.0121	0.2003	0.6776	2.857	-0.2116	-0.3943	0.206	0.2943	0.1666	-0.1218	-0.0377	0.2713	0.0351	0.2008	0.0606	-0.054	0.2013	-0.0452	0.1452	-0.3413	11.8562	-9.3811
13	1.6635	-2.6616	1.6179	5.1798	-3.2383	4.4828	0.1574	0.1802	-0.0795	-0.3113	-0.1012	0.091	0.192	0.0332	-0.0668	0.0529	-0.0067	0.0085	0.0805	-0.0075	0.0754	7.5648	1.771	-32.7467
14	2.5273	0.7648	-1.3925	1.667	-0.0596	3.7666	-0.1188	-0.4165	0.2264	0.4277	0.2782	-0.4705	-0.0968	0.3583	-0.1938	0.1546	0.045	-0.092	0.1954	-0.0407	0.1919	14.0146	6.1567	-12.972

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 430 through 506 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 507 through 680 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 681 through 748 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 749 through 805 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 431 through 474 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 475 through 492 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 493 through 543 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 544 through 680 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 681 through 699 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 700 through 716 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 717 through 746 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 747 through 764 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 765 through 787 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 788 through 805 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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