PDB-8r2v: Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Gelatopor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r2v

タイトル

Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Gelatoporia subvermispora (GsHDX1)

要素

Intradiol ring-cleavage dioxygenases domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / fungi / hydroxyquinol / 1 / 2-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase activity / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Gelatoporia subvermispora (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Salvachua, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of enzymes in the 4-hydroxybenzoate catabolic pathway of lignin-degrading white-rot fungi.
著者: Kuatsjah, E. / Schwartz, A. / Zahn, M. / Tornesakis, K. / Kellermyer, Z.A. / Ingraham, M.A. / Woodworth, S.P. / Ramirez, K.J. / Cox, P.A. / Pickford, A.R. / Salvachua, D.

履歴

登録	2023年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r2v.cif.gz	357 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r2v.ent.gz	222.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r2v_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r2v_full_validation.pdf.gz	5.8 MB	表示
XML形式データ	8r2v_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	8r2v_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r2tC 8r2uC 8r2wC 8r2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Intradiol ring-cleavage dioxygenases domain-containing protein

B: Intradiol ring-cleavage dioxygenases domain-containing protein

ヘテロ分子

79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.433, 148.662, 157.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 322 / Label seq-ID: 4 - 322

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Intradiol ring-cleavage dioxygenases domain-containing protein 分子量: 38658.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gelatoporia subvermispora (菌類) / 遺伝子: CERSUDRAFT_116134 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2PH20
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Structure Screen 1+2 from Molecular Dimensions condition F11 (1.6 M ammonium sulfate, 10% 1,4-dioxane, 0.1 M MES pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.777→108.189 Å / Num. obs: 79137 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.777→1.971 Å / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 1.942 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3957 / CC_1/2: 0.638 / R_pim(I) all: 0.526 / % possible all: 67.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→108.189 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 5.231 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1971	3939	4.978 %
R_work	0.1731	75197	-
all	0.174	-	-
obs	-	79136	71.824 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.612 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.064 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→108.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4970	0	147	523	5640

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	5245
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.662	7126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.497	1.57	11439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.915	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.281	10	835
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.554	10	241
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	445
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.169	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.983	2.081	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.982	2.081	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.921	3.718	3196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.92	3.721	3197
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.093	2.723	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.999	2.696	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.129	4.734	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.022	4.685	3903
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.222	23.61	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.143	22.939	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.064	0.05	10064

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06443	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06443	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.78-1.826	0.326	12	0.294	162	0.297	8020	0.922	0.926	2.1696	0.291
1.826-1.876	0.35	34	0.272	750	0.275	7863	0.909	0.947	9.9707	0.264
1.876-1.931	0.267	66	0.262	1372	0.262	7666	0.953	0.954	18.7582	0.252
1.931-1.99	0.258	121	0.254	2393	0.254	7386	0.959	0.959	34.0374	0.237
1.99-2.055	0.276	178	0.258	3783	0.259	7184	0.95	0.957	55.1364	0.238
2.055-2.127	0.267	275	0.24	5094	0.241	6968	0.954	0.963	77.0522	0.218
2.127-2.208	0.228	348	0.225	6241	0.225	6753	0.965	0.967	97.5714	0.2
2.208-2.298	0.236	359	0.216	6136	0.217	6495	0.962	0.969	100	0.185
2.298-2.4	0.211	312	0.193	5905	0.194	6217	0.97	0.976	100	0.163
2.4-2.517	0.189	278	0.178	5681	0.179	5959	0.978	0.981	100	0.147
2.517-2.653	0.207	256	0.172	5418	0.174	5674	0.974	0.983	100	0.143
2.653-2.814	0.197	278	0.162	5123	0.164	5401	0.977	0.984	100	0.136
2.814-3.008	0.202	232	0.169	4867	0.17	5099	0.974	0.983	100	0.147
3.008-3.249	0.193	253	0.163	4480	0.164	4733	0.977	0.983	100	0.146
3.249-3.559	0.189	238	0.16	4122	0.162	4360	0.977	0.985	100	0.152
3.559-3.978	0.173	186	0.151	3797	0.152	3983	0.983	0.987	100	0.149
3.978-4.592	0.167	181	0.135	3365	0.137	3546	0.985	0.99	100	0.142
4.592-5.622	0.166	154	0.144	2870	0.145	3024	0.986	0.989	100	0.155
5.622-7.94	0.187	110	0.16	2293	0.162	2403	0.982	0.986	100	0.175
7.94-108.189	0.177	68	0.171	1343	0.172	1411	0.981	0.971	100	0.195

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3701	-0.304	0.429	0.742	-0.9393	1.3872	-0.0126	-0.0241	0.0992	0.018	0.0309	-0.0186	-0.0847	-0.0431	-0.0183	0.0526	-0.0141	0.0143	0.0278	0.0138	0.0685	1.5644	-2.3918	-18.4256
2	0.4729	-0.4614	0.4162	1.0924	-0.9379	0.9934	-0.0131	-0.0938	0.0192	0.0298	-0.0243	-0.0432	-0.0215	-0.0245	0.0374	0.0336	-0.0078	0.0134	0.0492	-0.0013	0.0091	-13.9685	19.0388	-42.6734

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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