PDB-8r2x: Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Rhodococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r2x

タイトル

Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Rhodococcus jostii RHA1 (RjTsdC)

要素

6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / fungi / hydroxyquinol / 1 / 2-dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

catechol-containing compound metabolic process / catechol 1,2-dioxygenase activity / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.573 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Salvachua, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of enzymes in the 4-hydroxybenzoate catabolic pathway of lignin-degrading white-rot fungi.
著者: Kuatsjah, E. / Schwartz, A. / Zahn, M. / Tornesakis, K. / Kellermyer, Z.A. / Ingraham, M.A. / Woodworth, S.P. / Ramirez, K.J. / Cox, P.A. / Pickford, A.R. / Salvachua, D.

履歴

登録	2023年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r2x.cif.gz	307.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r2x.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r2x_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r2x_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8r2x_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	8r2x_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r2tC 8r2uC 8r2vC 8r2wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase

B: 6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase

ヘテロ分子

68.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.610, 107.411, 117.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 279 / Label seq-ID: 23 - 299

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase 分子量: 33319.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア) 遺伝子: tcpC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0SFL8
#2: 化合物	ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: PACT screen from Molecular Dimensions condition C10 (20% PEG 6000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.573→79.375 Å / Num. obs: 42534 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.149 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.573→1.764 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 1.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2127 / CC_1/2: 0.603 / R_pim(I) all: 0.484 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.573→79.375 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.164 / SU B: 5.148 / SU ML: 0.09 / Average fsc free: 0.9601 / Average fsc work: 0.9735 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	2165	5.09 %
R_work	0.1825	40369	-
all	0.185	-	-
obs	-	42534	53.517 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.149 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.139 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.573→79.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4320	0	102	344	4766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	4533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.658	6144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.52	1.574	9565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.812	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.236	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.318	10	673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.771	10	231
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	2497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.058	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.211	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.923	1.68	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.924	1.68	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.202	3.007	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.202	3.007	2771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.791	2.072	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.791	2.074	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.478	3.665	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.478	3.666	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.849	19.616	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.818	18.885	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	8853

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08384	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08384	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.573-1.614	0.241	11	0.275	209	0.274	5789	0.925	0.928	3.8003	0.254
1.614-1.658	0.369	19	0.273	313	0.279	5677	0.844	0.937	5.8482	0.256
1.658-1.706	0.294	36	0.261	551	0.263	5505	0.937	0.945	10.663	0.243
1.706-1.759	0.346	44	0.257	840	0.261	5315	0.917	0.947	16.6322	0.234
1.759-1.817	0.29	63	0.234	1250	0.237	5201	0.941	0.956	25.2451	0.204
1.817-1.88	0.276	83	0.233	1679	0.235	5023	0.931	0.958	35.0786	0.202
1.88-1.951	0.268	106	0.22	1998	0.222	4853	0.952	0.966	43.3546	0.186
1.951-2.031	0.228	117	0.211	2362	0.212	4696	0.962	0.969	52.7896	0.171
2.031-2.121	0.247	99	0.197	1985	0.199	4507	0.96	0.973	46.2392	0.156
2.121-2.225	0.24	155	0.202	3172	0.203	4278	0.964	0.972	77.77	0.163
2.225-2.345	0.261	154	0.201	2802	0.204	4115	0.956	0.97	71.8347	0.155
2.345-2.487	0.24	192	0.197	3673	0.199	3872	0.959	0.973	99.8192	0.153
2.487-2.658	0.242	214	0.185	3446	0.189	3660	0.963	0.978	100	0.15
2.658-2.871	0.233	161	0.164	3238	0.167	3399	0.967	0.983	100	0.138
2.871-3.145	0.232	170	0.171	3026	0.174	3196	0.967	0.981	100	0.148
3.145-3.515	0.219	132	0.167	2740	0.17	2872	0.97	0.982	100	0.152
3.515-4.058	0.195	117	0.162	2445	0.163	2562	0.975	0.984	100	0.154
4.058-4.967	0.2	132	0.153	2053	0.156	2185	0.979	0.986	100	0.155
4.967-7.01	0.219	103	0.197	1616	0.198	1719	0.975	0.98	100	0.195
7.01-79.375	0.223	57	0.203	971	0.204	1033	0.958	0.969	99.516	0.212

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3653	0.0706	0.51	0.5737	0.6162	1.4211	-0.0203	0.0218	0.0107	-0.0186	0.022	-0.0306	-0.0615	0.0701	-0.0017	0.0071	-0.0011	0.0047	0.0059	0.0046	0.011	-4.2244	-3.2832	-0.4101
2	0.3432	0.0259	0.0432	1.1077	0.5065	0.7407	0.0114	0.0261	-0.0696	-0.0703	-0.0327	-0.0309	0.0617	0.0115	0.0213	0.0227	0.0045	0.004	0.0273	-0.0002	0.0358	-12.7322	-27.0029	-26.9525

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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