[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8r2x: Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Rhodococc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r2x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of hydroxyquinol-1,2-dioxygenase from Rhodococcus jostii RHA1 (RjTsdC) | ||||||
Components | 6-chlorohydroxyquinol-1,2-dioxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / fungi / hydroxyquinol / 1 / 2-dioxygenase | ||||||
Function / homology | : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.573 Å | ||||||
Authors | Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Salvachua, D. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Biochemical and structural characterization hydroquinone catabolic pathway from white-rot fungi Authors: Schwartz, A. / Kuatsjah, E. / Zahn, M. / Salvachua, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8r2x.cif.gz | 306.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8r2x.ent.gz | 188.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8r2x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8r2x_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8r2x_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 8r2x_validation.xml.gz | 30.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8r2x_validation.cif.gz | 41.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8r2tC 8r2uC 8r2vC 8r2wC C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 279 / Label seq-ID: 23 - 299
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 33319.895 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus jostii RHA1 (bacteria) / Gene: tcpC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q0SFL8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.92 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: PACT screen from Molecular Dimensions condition C10 (20% PEG 6000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9762 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.573→79.375 Å / Num. obs: 42534 / % possible obs: 89.5 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.573→1.764 Å / Redundancy: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.581 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2127 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.484 / % possible all: 76.7 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.573→79.375 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.207 / WRfactor Rwork: 0.164 / SU B: 5.148 / SU ML: 0.09 / Average fsc free: 0.9601 / Average fsc work: 0.9735 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.155 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.895 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.573→79.375 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection: ALL |