PDB-8r2u: Crystal structure of hydroquinone-2-hydroxylase from Trametes ver...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r2u

タイトル

Crystal structure of hydroquinone-2-hydroxylase from Trametes versicolor (TvMNX3)

要素

Phenol 2-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / fungi / hydroquinone / hydroxylase

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

Trametes versicolor (カワラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kuatsjah, E. / Salvachua, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of enzymes in the 4-hydroxybenzoate catabolic pathway of lignin-degrading white-rot fungi.
著者: Kuatsjah, E. / Schwartz, A. / Zahn, M. / Tornesakis, K. / Kellermyer, Z.A. / Ingraham, M.A. / Woodworth, S.P. / Ramirez, K.J. / Cox, P.A. / Pickford, A.R. / Salvachua, D.

履歴

登録	2023年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r2u.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r2u.ent.gz	769.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r2u_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r2u_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8r2u_validation.xml.gz	98 KB	表示
CIF形式データ	8r2u_validation.cif.gz	127.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r2tC 8r2vC 8r2wC 8r2xC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenol 2-monooxygenase

B: Phenol 2-monooxygenase

C: Phenol 2-monooxygenase

D: Phenol 2-monooxygenase

ヘテロ分子

279 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenol 2-monooxygenase

C: Phenol 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phenol 2-monooxygenase

D: Phenol 2-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.169, 178.193, 124.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.301, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 606 / Label seq-ID: 5 - 606

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Phenol 2-monooxygenase 分子量: 68961.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trametes versicolor (カワラタケ) 遺伝子: TRAPUB_13730 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Structure Screen 1+2 from Molecular Dimensions condition E12 (10 % PEG 6000, 5% MPD, 0.1 M HEPES pH 7.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.408→107.884 Å / Num. obs: 78277 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.973 / R_merge(I) obs: 0.28 / R_pim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 4.1
反射シェル	解像度: 2.408→2.595 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3915 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.464 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→107.884 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 23.223 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2255	3986	5.093 %
R_work	0.1918	74278	-
all	0.194	-	-
obs	-	78264	68.732 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.863 Å²	0 Å²	-0.405 Å²
2-	-	1.032 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→107.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18676	0	212	421	19309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	19381
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	18035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.491	1.649	26365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.479	1.577	41506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.121	5	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.138	5	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.06	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.936	10	3066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.874	10	891
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	22929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	3722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	16783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	9500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	10376
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	554
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.269	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.761	1.539	9634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.761	1.539	9634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.981	2.759	12037
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.981	2.76	12038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.247	1.778	9747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.242	1.778	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.758	3.189	14325
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.758	3.19	14326
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.165	17.559	21506
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.165	17.567	21490
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.064	0.05	19364
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.059	0.05	19428
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.057	0.05	19524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.063	0.05	19463
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.068	0.05	19344
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.065	0.05	19398

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06415	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06415	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05907	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05907	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05719	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05719	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0629	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0629	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06825	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06825	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06467	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06467	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.41-2.473	0.349	42	0.285	687	0.289	8371	0.929	0.946	8.7086	0.284
2.473-2.54	0.347	74	0.274	1438	0.277	8208	0.926	0.954	18.4211	0.268
2.54-2.614	0.345	109	0.276	2150	0.279	7943	0.92	0.952	28.4401	0.27
2.614-2.694	0.293	136	0.259	2663	0.26	7737	0.951	0.959	36.1768	0.252
2.694-2.783	0.286	138	0.268	3198	0.269	7497	0.942	0.955	44.4978	0.26
2.783-2.88	0.282	210	0.249	3770	0.25	7227	0.952	0.964	55.0713	0.238
2.88-2.989	0.286	274	0.243	4652	0.245	7037	0.949	0.963	70.0014	0.229
2.989-3.111	0.28	295	0.243	5457	0.245	6719	0.948	0.961	85.608	0.228
3.111-3.249	0.272	345	0.231	6030	0.233	6452	0.95	0.966	98.8066	0.217
3.249-3.407	0.254	347	0.218	5819	0.22	6170	0.958	0.971	99.9352	0.204
3.407-3.592	0.219	272	0.2	5622	0.201	5897	0.971	0.976	99.9491	0.19
3.592-3.809	0.218	265	0.188	5303	0.189	5570	0.97	0.979	99.9641	0.18
3.809-4.072	0.213	277	0.173	4947	0.175	5235	0.973	0.982	99.7899	0.167
4.072-4.397	0.196	263	0.153	4625	0.155	4889	0.976	0.986	99.9795	0.151
4.397-4.816	0.17	224	0.144	4256	0.145	4485	0.982	0.989	99.8885	0.145
4.816-5.384	0.176	198	0.143	3859	0.145	4057	0.982	0.989	100	0.144
5.384-6.214	0.185	193	0.144	3410	0.146	3604	0.98	0.989	99.9723	0.141
6.214-7.604	0.16	151	0.14	2876	0.141	3028	0.986	0.988	99.967	0.14
7.604-10.727	0.155	104	0.122	2261	0.124	2365	0.985	0.991	100	0.133
10.727-107.884	0.244	69	0.257	1253	0.257	1345	0.964	0.956	98.29	0.294

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5457	0.0691	0.0963	0.6301	-0.0533	0.9124	-0.016	-0.0651	0.0919	0.0084	0.0022	-0.0669	-0.1213	0.0307	0.0137	0.0607	0.0115	0.0328	0.0152	-0.0007	0.0537	-5.6695	0.4622	48.6081
2	0.7504	-0.1405	-0.0526	0.5125	-0.173	0.6765	-0.0237	-0.0271	0.146	0.0517	0.0044	-0.0618	-0.0935	0.098	0.0193	0.0971	-0.02	0.0304	0.017	-0.0068	0.0513	42.2835	-1.9449	8.8649
3	0.4965	-0.0757	0.0867	0.6115	-0.0683	0.8902	0.0511	0.0264	-0.1426	-0.0133	-0.0086	0.0343	0.171	-0.0638	-0.0426	0.0747	-0.0121	0.0165	0.011	-0.0023	0.0801	-4.987	-40.9081	51.1361
4	0.694	-0.0786	-0.0739	0.7059	0.1131	0.5423	0.0066	0.0377	-0.1082	0.0098	0.0007	0.0135	0.0843	-0.0203	-0.0074	0.0796	0.0091	0.0248	0.0073	0.0044	0.0385	45.0832	-43.363	10.2007

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)