PDB-8r1v: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(1,5-dimethyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r1v

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-2-(4-methoxyphenoxy)acetamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.087 Å

データ登録者

Yadrykhinsky, V. / Brenk, R.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: Design, quality and validation of the EU-OPENSCREEN fragment library poised to a high-throughput screening collection.
著者: Jalencas, X. / Berg, H. / Espeland, L.O. / Sreeramulu, S. / Kinnen, F. / Richter, C. / Georgiou, C. / Yadrykhinsky, V. / Specker, E. / Jaudzems, K. / Miletic, T. / Harmel, R. / Gribbon, P. / ...

履歴

登録	2023年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r1v.cif.gz	767.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r1v.ent.gz	483.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r1v_validation.pdf.gz	847.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r1v_full_validation.pdf.gz	857 KB	表示
XML形式データ	8r1v_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	8r1v_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pj0C 8r0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Literature data: A dimer is suggested via analysis of the apo structure using PISA (B.Baum 2015)
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.947, 104.339, 144.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 411 / Label seq-ID: 8 - 416

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C164A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: 化合物	ChemComp-XJR / N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-2-(4-methoxyphenoxy)acetamide / N-(1,5-dimethyl-3-oxidanylidene-2-phenyl-pyrazol-4-yl)-2-(4-methoxyphenoxy)ethanamide 分子量: 367.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.087→72.655 Å / Num. obs: 45462 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 2.09→2.14 Å / 冗長度: 6.6 % / Num. unique obs: 3420 / CC_1/2: 0.436 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS	Sep 15, 2023	データ削減
Aimless	0.7.7 :23/04/21	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.087→72.655 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 16.656 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2542	2472	5.442 %
R_work	0.1889	42956	-
all	0.192	-	-
obs	-	45428	99.794 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.496 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.66 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.891 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.769 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.087→72.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6058	0	83	113	6254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	6268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	5891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.108	1.64	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.911	1.569	13502
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.563	5	826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.154	6.324	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	49.717	12.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.187	10	977
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.605	10	266
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.139	0.2	5313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	3031
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	3427
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.086	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.023	3.206	3292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.023	3.206	3293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.172	5.771	4113
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.172	5.772	4114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.338	3.861	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.338	3.858	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.593	6.835	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.592	6.835	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.98	31.767	6640
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.982	31.769	6637
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	12615

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07724	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07724	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.087-2.141	0.368	161	0.342	3084	0.343	3326	0.883	0.9	97.5646	0.343
2.141-2.2	0.348	159	0.297	3104	0.3	3263	0.902	0.928	100	0.295
2.2-2.263	0.32	192	0.275	2927	0.277	3119	0.919	0.941	100	0.272
2.263-2.333	0.286	175	0.247	2892	0.25	3067	0.935	0.952	100	0.241
2.333-2.409	0.28	183	0.235	2813	0.238	2996	0.942	0.959	100	0.227
2.409-2.494	0.298	165	0.228	2713	0.232	2878	0.938	0.963	100	0.219
2.494-2.588	0.275	156	0.217	2637	0.22	2793	0.95	0.969	100	0.203
2.588-2.693	0.28	158	0.197	2526	0.202	2684	0.955	0.975	100	0.18
2.693-2.813	0.266	130	0.175	2421	0.18	2551	0.957	0.98	100	0.159
2.813-2.95	0.239	166	0.17	2294	0.175	2460	0.962	0.981	100	0.152
2.95-3.109	0.241	127	0.165	2226	0.169	2353	0.96	0.981	100	0.149
3.109-3.298	0.246	118	0.156	2127	0.16	2246	0.959	0.984	99.9555	0.143
3.298-3.525	0.231	109	0.155	1965	0.158	2074	0.967	0.985	100	0.146
3.525-3.807	0.241	109	0.161	1856	0.166	1966	0.971	0.985	99.9491	0.155
3.807-4.169	0.182	100	0.136	1699	0.139	1801	0.979	0.989	99.889	0.135
4.169-4.659	0.187	75	0.127	1576	0.129	1653	0.982	0.99	99.879	0.132
4.659-5.376	0.172	79	0.147	1379	0.148	1460	0.983	0.988	99.863	0.158
5.376-6.575	0.277	49	0.21	1207	0.213	1259	0.942	0.974	99.7617	0.22
6.575-9.261	0.223	41	0.199	943	0.199	984	0.967	0.974	100	0.224
9.261-72.655	0.66	20	0.294	567	0.304	589	0.673	0.937	99.6604	0.37

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6412	-0.0344	0.2803	0.144	0.0078	0.1317	-0.029	-0.0525	-0.022	-0.0351	0.0102	0.0439	-0.0221	-0.0296	0.0189	0.0119	0.0091	-0.0126	0.127	0.0022	0.0666	35.9289	3.4609	32.665
2	0.3223	0.068	-0.0167	0.3973	-0.1446	0.179	-0.0034	-0.015	0.0571	-0.014	0.0264	0.0731	-0.0088	0.0493	-0.023	0.0263	-0.003	0.0029	0.1017	-0.0065	0.0454	5.2909	14.3142	68.4815

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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