PDB-8r0i: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 3-amino-N-(1,5-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r0i

タイトル

Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with 3-amino-N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)benzamide

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Yadrykhinsky, V. / Brenk, R.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2024
タイトル: Design, quality and validation of the EU-OPENSCREEN fragment library poised to a high-throughput screening collection.
著者: Jalencas, X. / Berg, H. / Espeland, L.O. / Sreeramulu, S. / Kinnen, F. / Richter, C. / Georgiou, C. / Yadrykhinsky, V. / Specker, E. / Jaudzems, K. / Miletic, T. / Harmel, R. / Gribbon, P. / ...

履歴

登録	2023年10月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r0i.cif.gz	317.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r0i.ent.gz	251.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r0i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r0i_validation.pdf.gz	971.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r0i_full_validation.pdf.gz	970.7 KB	表示
XML形式データ	8r0i_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	8r0i_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/8r0i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8pj0C 8r1vC 8pd1 8pfz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (12) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Literature data: A dimer is suggested via analysis of the apo structure using PISA (B. Baum 2015)
88.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.018, 103.667, 141.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-751- HOH
2	1	B-720- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 412 / Label seq-ID: 8 - 417

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 分子量: 43996.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C164A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabF1, PA2965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II

-
非ポリマー , 5種, 290分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID 分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-XG7 / 3-azanyl-N-(1,5-dimethyl-3-oxidanylidene-2-phenyl-pyrazol-4-yl)benzamide / 3-amino-N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)benzamide 分子量: 322.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→72.35 Å / Num. obs: 115834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / 冗長度: 5.9 % / Num. unique obs: 5652 / CC_1/2: 0.293 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2	3.12.0	データ削減
DIALS	3.12.1	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→72.349 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.186 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	5757	4.972 %
R_work	0.1916	110032	-
all	0.194	-	-
obs	-	115789	99.895 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.804 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.471 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.851 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→72.349 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6060	0	74	280	6414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	5959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.641	8558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	1.57	13665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.813	5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.619	5	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.024	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.65	10	992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.242	10	269
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	7796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	5617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.108	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.127	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.723	2.933	3321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.724	2.933	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.476	5.258	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.476	5.259	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.764	3.457	3007
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.763	3.458	3008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.57	6.125	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.569	6.125	4394
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.206	28.872	6948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.208	28.734	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	13148

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06567	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06567	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.51-1.549	0.375	365	0.387	7991	0.386	8443	0.887	0.882	98.9696	0.391
1.549-1.592	0.383	416	0.369	7886	0.37	8302	0.875	0.881	100	0.372
1.592-1.638	0.365	346	0.361	7716	0.361	8062	0.819	0.814	100	0.362
1.638-1.688	0.362	380	0.348	7482	0.349	7862	0.879	0.893	100	0.347
1.688-1.744	0.34	383	0.328	7177	0.329	7560	0.9	0.909	100	0.325
1.744-1.805	0.287	366	0.297	7028	0.296	7394	0.931	0.928	100	0.288
1.805-1.873	0.319	362	0.275	6700	0.277	7062	0.93	0.943	100	0.261
1.873-1.949	0.258	362	0.232	6474	0.233	6836	0.95	0.961	100	0.209
1.949-2.036	0.259	319	0.209	6257	0.211	6576	0.956	0.969	100	0.183
2.036-2.135	0.238	358	0.183	5929	0.186	6287	0.962	0.977	100	0.158
2.135-2.25	0.241	292	0.179	5700	0.182	5992	0.964	0.979	100	0.155
2.25-2.387	0.229	306	0.17	5327	0.173	5633	0.968	0.982	100	0.144
2.387-2.551	0.221	252	0.16	5096	0.163	5348	0.97	0.984	100	0.135
2.551-2.756	0.219	270	0.158	4702	0.161	4972	0.971	0.985	100	0.135
2.756-3.018	0.234	234	0.163	4381	0.167	4615	0.964	0.983	100	0.145
3.018-3.374	0.226	219	0.171	3943	0.174	4162	0.969	0.982	100	0.158
3.374-3.894	0.204	150	0.159	3552	0.16	3702	0.976	0.986	100	0.154
3.894-4.766	0.18	194	0.134	2954	0.137	3148	0.982	0.989	100	0.137
4.766-6.725	0.205	113	0.172	2369	0.174	2482	0.981	0.986	100	0.173
6.725-72.349	0.267	70	0.224	1368	0.226	1439	0.952	0.967	99.9305	0.25

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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