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Yorodumi- PDB-8r1v: Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(1,5-dimethyl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8r1v | |||||||||
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Title | Pseudomonas aeruginosa FabF C164A in complex with N-(1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl)-2-(4-methoxyphenoxy)acetamide | |||||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / inhibitor / protein-ligand complex / FabF | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.087 Å | |||||||||
Authors | Yadrykhinsky, V. / Brenk, R. | |||||||||
Funding support | Norway, 2items
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Citation | Journal: Rsc Med Chem / Year: 2024 Title: Design, quality and validation of the EU-OPENSCREEN fragment library poised to a high-throughput screening collection. Authors: Jalencas, X. / Berg, H. / Espeland, L.O. / Sreeramulu, S. / Kinnen, F. / Richter, C. / Georgiou, C. / Yadrykhinsky, V. / Specker, E. / Jaudzems, K. / Miletic, T. / Harmel, R. / Gribbon, P. / ...Authors: Jalencas, X. / Berg, H. / Espeland, L.O. / Sreeramulu, S. / Kinnen, F. / Richter, C. / Georgiou, C. / Yadrykhinsky, V. / Specker, E. / Jaudzems, K. / Miletic, T. / Harmel, R. / Gribbon, P. / Schwalbe, H. / Brenk, R. / Jirgensons, A. / Zaliani, A. / Mestres, J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8r1v.cif.gz | 767.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8r1v.ent.gz | 483.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8r1v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/8r1v | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8pj0C 8r0iC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 3 - 411 / Label seq-ID: 8 - 416
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 43996.496 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C164A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: fabF1, PA2965 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: G3XDA2, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II #2: Chemical | Mass: 367.398 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C20H21N3O4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.24M ammonium formate and 35% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.8731 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 15, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8731 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.087→72.655 Å / Num. obs: 45462 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.14 Å / Redundancy: 6.6 % / Num. unique obs: 3420 / CC1/2: 0.436 / % possible all: 97.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.087→72.655 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 16.656 / SU ML: 0.194 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.207 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.496 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.087→72.655 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Selection: ALL |