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- PDB-8r1l: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase in complex with hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r1l
タイトルStructure of avian H5N1 influenza A polymerase in complex with human ANP32B.
要素
  • Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / Influenza virus / replication platform / H5N1 / influenza adaptive mutations / host adaptation / viral polymerase / cryo-EM / HPAI.
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / positive regulation of protein export from nucleus ...ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / positive regulation of protein export from nucleus / : / nucleosome assembly / histone binding / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein / Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Carrique, L. / Staller, E. / Keown, J.R. / Fan, H. / Fodor, E. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 6件
組織認可番号国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust222510/Z/21/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of H5N1 influenza polymerase with ANP32B reveal mechanisms of genome replication and host adaptation.
著者: Ecco Staller / Loïc Carrique / Olivia C Swann / Haitian Fan / Jeremy R Keown / Carol M Sheppard / Wendy S Barclay / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by ...Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by species-specific variation in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32) proteins, which are essential for viral RNA genome replication. Adaptive mutations enable the IAV RNA polymerase (FluPolA) to surmount this barrier. Here, we present cryo-electron microscopy structures of monomeric and dimeric avian H5N1 FluPolA with human ANP32B. ANP32B interacts with the PA subunit of FluPolA in the monomeric form, at the site used for its docking onto the C-terminal domain of host RNA polymerase II during viral transcription. ANP32B acts as a chaperone, guiding FluPolA towards a ribonucleoprotein-associated FluPolA to form an asymmetric dimer-the replication platform for the viral genome. These findings offer insights into the molecular mechanisms governing IAV genome replication, while enhancing our understanding of the molecular processes underpinning mammalian adaptations in avian-origin FluPolA.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM architecture of a native stretch-sensitive membrane microdomain
著者: Kefauver, J.M. / Hakala, M. / Zou, L. / Alba, J. / Espadas Moreno, J. / Tettamanti, M.G. / Estrozi, L. / Vanni, S. / Roux, A. / Desfosses, A. / Loewith, R.
履歴
登録2023年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32024年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,4134
ポリマ－299,4134
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B


分子量: 28816.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92688
#2: タンパク質 Polymerase acidic protein


分子量: 82600.281 Da / 分子数: 1 / Mutation: Q556R / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Polymerase Acidic Protein A
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) / 遺伝子: PA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A5Z236
#3: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 86616.312 Da / 分子数: 1 / Mutation: K577E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) / 遺伝子: PB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A5Z231, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Polymerase basic protein 2


分子量: 101380.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) / 遺伝子: PB2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Avian H5N1 apo influenza A polymerase in complex with human ANP32B.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMHEPES1
2150 mMKCl1
35 %Glycerol1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 24000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2粒子像選択
2EPU3.14画像取得
4cryoSPARC4.2CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Coot0.9.8.7モデル精密化
10PHENIX1.2モデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.2分類
14cryoSPARCV4.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 63000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-ID詳細Source nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
1ANP32 modelAlphaFoldin silico model
26RR7

6rr7

PDBexperimental model6RR72
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 64.49 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002611299
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.483315250
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03691678
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041961
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.35971486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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